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- PDB-3q5i: Crystal Structure of PBANKA_031420 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q5i
タイトルCrystal Structure of PBANKA_031420
要素Protein kinase
キーワードTRANSFERASE / CDPK / plasmodium / malaria / calcium dependent protein kinase / phosphotransferase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / :
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Panico, E. / Crombet, L. / Cossar, D. / Hassani, A. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Panico, E. / Crombet, L. / Cossar, D. / Hassani, A. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R. / Neculai, A.M. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of CDPK1 from Plasmodium Bergheii, PBANKA_031420
著者: Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Panico, E. / Crombet, L. / Cossar, D. / Hassani, A. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R. / ...著者: Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Panico, E. / Crombet, L. / Cossar, D. / Hassani, A. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R. / Neculai, A.M. / Amani, M.
履歴
登録2010年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7399
ポリマ－58,9681
非ポリマー7718
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.467, 107.138, 54.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein kinase


分子量: 58968.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
株: ANKA / 遺伝子: PB000158.03.0, PBANKA_031420 / プラスミド: PET15mlh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q4YRR5
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20 % PEG 3350, 0.2 M CaCl2, 5 mM AMPPNP, 5 mM CaCL2, 2.5 mM MgCl2, glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→53.57 Å / Num. all: 30757 / Num. obs: 30757 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.144.20.9161.72199.9
2.14-2.184.20.8261.951100
2.18-2.224.20.7142.31100
2.22-2.264.20.618199.9
2.26-2.314.20.5851100
2.31-2.374.30.4791100
2.37-2.424.30.451100
2.42-2.494.30.4031100
2.49-2.564.30.3481100
2.56-2.654.30.3061100
2.65-2.744.30.2551100
2.74-2.854.30.2051100
2.85-2.984.30.1641100
2.98-3.144.30.1221100
3.14-3.334.30.0881100
3.33-3.594.30.0721100
3.59-3.954.30.0671100
3.95-4.524.30.0471100
4.52-5.74.30.0371100
5.7-504.20.029199.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 53.39 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å46.47 Å
Translation2.5 Å46.47 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3hx4

3hx4


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.606 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25025 1545 5 %RANDOM
Rwork0.19443 ---
obs0.19723 29135 99.72 %-
all-30757 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.752 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.17 Å20 Å20.08 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3----0.62 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.272 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3707 0 38 222 3967
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223861
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5141.9675214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.22336336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6915478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.93225.135185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.49415689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0861515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02790
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2051.52355
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1391.5972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.19323763
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.06531506
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2044.51448
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 108 -
Rwork0.301 2114 -
obs--98.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7171-0.5294-1.03191.20380.86311.5980.13980.08320.0180.1217-0.05960.0982-0.0247-0.1739-0.08030.2849-0.0116-0.01230.2907-0.01240.2917-12.1109-13.9389-11.6306
20.2598-0.3778-0.40521.3408-0.28171.68440.13580.02490.0181-0.232-0.06060.0132-0.014-0.0241-0.07520.32670.0499-0.01310.2970.00030.2656-3.8011-14.8823-30.7292
31.3516-0.7925-0.89640.9680.53720.9835-0.08110.0598-0.0560.0572-0.00210.02670.201-0.09110.08320.3187-0.0169-0.00140.2851-0.0080.2618-0.1219-33.8875-34.6015
40.1321-0.073-0.41160.32470.58061.9669-0.0295-0.12950.00030.150.13910.03910.10450.4235-0.10960.32840.0538-0.01940.3586-0.00610.24597.8646-18.0839-10.2612
50.9864-0.9570.03710.9779-0.24941.2386-0.0883-0.1970.02860.0180.1768-0.04920.21820.1945-0.08850.30540.0637-0.06240.341-0.00430.25696.1013-21.7294-3.4272
65.7596-0.0120.16910.0397-0.02783.1315-0.21290.43842.00270.0980.05830.0906-1.2719-0.29270.15460.87250.1865-0.07070.31560.25821.1124-5.55450.6862-9.9614
70.8869-0.4996-0.53460.61150.43311.40080.08470.0169-0.07630.1163-0.02530.1327-0.0259-0.1264-0.05940.3527-0.00390.04440.25290.03890.3098-15.065-5.43721.2989
82.5757-0.8419-0.0185.1958-0.41960.121-0.1605-0.13310.43460.69790.1882-0.8904-0.1523-0.1521-0.02770.44610.1273-0.00910.2874-0.00690.473-4.70352.0045-0.7996
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2A56 - 182
3X-RAY DIFFRACTION3A183 - 330
4X-RAY DIFFRACTION4A331 - 404
5X-RAY DIFFRACTION5A405 - 446
6X-RAY DIFFRACTION6A447 - 472
7X-RAY DIFFRACTION7A473 - 502
8X-RAY DIFFRACTION8A503 - 518

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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