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万見
- PDB-3q4t: Crystal structure of Activin receptor type-IIA (ACVR2A) kinase do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q4t
タイトルCrystal structure of Activin receptor type-IIA (ACVR2A) kinase domain in complex with dorsomorphin
要素Activin receptor type-2A
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics Consortium / SGC / Protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


inhibin-betaglycan-ActRII complex / Regulation of signaling by NODAL / inhibin binding / TGFBR3 regulates activin signaling / penile erection / positive regulation of activin receptor signaling pathway / activin receptor activity / Sertoli cell proliferation / sperm ejaculation / BMP receptor activity ...inhibin-betaglycan-ActRII complex / Regulation of signaling by NODAL / inhibin binding / TGFBR3 regulates activin signaling / penile erection / positive regulation of activin receptor signaling pathway / activin receptor activity / Sertoli cell proliferation / sperm ejaculation / BMP receptor activity / embryonic skeletal system development / activin receptor complex / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / activin binding / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / activin receptor signaling pathway / Signaling by Activin / Signaling by NODAL / gastrulation with mouth forming second / regulation of nitric oxide biosynthetic process / determination of left/right symmetry / anterior/posterior pattern specification / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / odontogenesis of dentin-containing tooth / mesoderm development / growth factor binding / positive regulation of SMAD protein signal transduction / BMP signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of bone mineralization / coreceptor activity / positive regulation of erythrocyte differentiation / PDZ domain binding / cellular response to growth factor stimulus / spermatogenesis / receptor complex / positive regulation of protein phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TAK / Activin receptor type-2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Alfano, I. / Mahajan, P. / Cooper, C.D.O. / Sanvitale, C. / Vollmar, M. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Raynor, J. / von Delft, F. ...Chaikuad, A. / Alfano, I. / Mahajan, P. / Cooper, C.D.O. / Sanvitale, C. / Vollmar, M. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Raynor, J. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Small Molecules Dorsomorphin and LDN-193189 Inhibit Myostatin/GDF8 Signaling and Promote Functional Myoblast Differentiation.
著者: Horbelt, D. / Boergermann, J.H. / Chaikuad, A. / Alfano, I. / Williams, E. / Lukonin, I. / Timmel, T. / Bullock, A.N. / Knaus, P.
履歴
登録2010年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年12月10日Group: Database references
改定 1.32015年2月25日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activin receptor type-2A
B: Activin receptor type-2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,77830
ポリマ－73,0982
非ポリマー2,68128
水8,935496
1
A: Activin receptor type-2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,95515
ポリマ－36,5491
非ポリマー1,40714
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Activin receptor type-2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,82315
ポリマ－36,5491
非ポリマー1,27414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.100, 110.100, 206.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Activin receptor type-2A / Activin receptor type IIA / ACTR-IIA / ACTRIIA


分子量: 36548.766 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain (UNP residues 191-488) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACVR2, ACVR2A / プラスミド: pFB-LIC-Bse / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P27037, receptor protein serine/threonine kinase

-
非ポリマー , 5種, 524分子

#2: 化合物 ChemComp-TAK / 6-[4-(2-piperidin-1-ylethoxy)phenyl]-3-pyridin-4-ylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine / Dorsomorphin / ドルソモルフィン


分子量: 399.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H25N5O
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 28% PEG 3350, 0.2M LiSO4, 0.1M Tris, pH 8.8, 10% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC Q315 3x3 CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月21日 / 詳細: Kirkpatrick Baez bimorph mirror pair
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→48.6 Å / Num. all: 53883 / Num. obs: 53760 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.96→2.07 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.783 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 7727 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb id 2qlu

2qlu


解像度: 1.96→45.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.75 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IN REFINEMENT BUT NOT OUTPUT TO PDB
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22301 2733 5.1 %RANDOM
Rwork0.16847 ---
obs0.17124 51027 99.8 %-
all-53760 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.429 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20.42 Å20 Å2
2--0.83 Å20 Å2
3----1.25 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.209 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→45.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4857 0 177 496 5530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225174
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5611.9746958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9753.0028631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.325628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.94324.486243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.57315885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1931529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.97433065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9631257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4654906
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.17682109
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.781112043
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.011 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 189 -
Rwork0.26 3713 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61540.27280.92971.52590.56051.4236-0.07080.09330.013-0.12670.06720.0778-0.08730.1340.00360.0459-0.0325-0.02140.12220.02070.0703-15.185262.58765.9993
20.32740.2236-0.03310.49-0.00560.00830.0143-0.05320.015-0.00760.00020.0336-0.01040.019-0.01450.0527-0.0229-0.00220.1237-0.00630.0604-11.006246.692112.2453
30.85240.37780.39431.54090.40741.8710.08480.0068-0.00810.1104-0.03680.03930.1065-0.04-0.04790.0545-0.04420.01060.11560.03020.0454-18.083832.822923.0042
40.1589-0.1028-0.17390.4735-0.04881.3515-0.00260.0108-0.0958-0.02450.0520.04940.0849-0.0271-0.04940.0585-0.0345-0.02190.07580.01220.0885-21.455226.80426.5423
50.31250.56250.23491.19070.72060.6901-0.0128-0.01080.00670.0329-0.03640.03210.0545-0.03330.04920.05320.00040.00690.11260.02240.0689-43.916657.4763-12.1713
60.2931-0.0851-0.18850.5094-0.38770.537-0.0473-0.05360.0109-0.02070.0660.03250.0485-0.0165-0.01870.05850.0171-0.0030.12390.01680.0615-37.867260.15613.2839
72.82430.2908-1.40260.8545-0.29480.767-0.0031-0.20490.395-0.05560.11270.0787-0.01450.0483-0.10970.06530.0625-0.04570.129-0.04730.1972-47.084273.527412.7608
80.5921-0.0635-0.49471.38080.04310.525-0.0951-0.3408-0.07740.00990.00590.02530.03530.17970.08920.06770.09290.0180.29710.01990.0216-47.930256.911621.5462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B-14 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2B215 - 347
3X-RAY DIFFRACTION3B348 - 390
4X-RAY DIFFRACTION4B391 - 485
5X-RAY DIFFRACTION5A-10 - 226
6X-RAY DIFFRACTION6A227 - 347
7X-RAY DIFFRACTION7A348 - 378
8X-RAY DIFFRACTION8A379 - 484

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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