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- PDB-3q4f: Crystal structure of xrcc4/xlf-cernunnos complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q4f
タイトルCrystal structure of xrcc4/xlf-cernunnos complex
要素
  • DNA repair protein XRCC4
  • Non-homologous end-joining factor 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/PROTEIN BINDING / DSB repair / nuclear / recombination-recombination complex / DNA BINDING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FHA domain binding / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / immunoglobulin V(D)J recombination / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / nonhomologous end joining complex / protein localization to site of double-strand break / response to ionizing radiation ...FHA domain binding / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / immunoglobulin V(D)J recombination / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / nonhomologous end joining complex / protein localization to site of double-strand break / response to ionizing radiation / cellular response to lithium ion / 2-LTR circle formation / response to X-ray / T cell differentiation / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / DNA polymerase binding / B cell differentiation / central nervous system development / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / fibrillar center / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / site of double-strand break / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
XLF, N-terminal / : / : / XLF N-terminal domain / XLF protein coiled-coil region / XRCC4, N-terminal domain superfamily / DNA repair protein XRCC4 / : / : / : ...XLF, N-terminal / : / : / XLF N-terminal domain / XLF protein coiled-coil region / XRCC4, N-terminal domain superfamily / DNA repair protein XRCC4 / : / : / : / XRCC4 N-terminal domain / XRCC4 coiled-coil / XRCC4 C-terminal region / XRCC4-like, N-terminal domain superfamily / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein XRCC4 / Non-homologous end-joining factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Ropars, V. / Legrand, P. / Charbonnier, J.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural characterization of filaments formed by human Xrcc4-Cernunnos/XLF complex involved in nonhomologous DNA end-joining.
著者: Ropars, V. / Drevet, P. / Legrand, P. / Baconnais, S. / Amram, J. / Faure, G. / Marquez, J.A. / Pietrement, O. / Guerois, R. / Callebaut, I. / Le Cam, E. / Revy, P. / de Villartay, J.P. / Charbonnier, J.B.
履歴
登録2010年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Non-homologous end-joining factor 1
F: Non-homologous end-joining factor 1
C: DNA repair protein XRCC4
D: DNA repair protein XRCC4
A: Non-homologous end-joining factor 1
B: Non-homologous end-joining factor 1
G: DNA repair protein XRCC4
H: DNA repair protein XRCC4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,5188
ポリマ－191,5188
非ポリマー00
水00
1
A: Non-homologous end-joining factor 1
B: Non-homologous end-joining factor 1
G: DNA repair protein XRCC4
H: DNA repair protein XRCC4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7594
ポリマ－95,7594
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Non-homologous end-joining factor 1
F: Non-homologous end-joining factor 1
C: DNA repair protein XRCC4
D: DNA repair protein XRCC4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7594
ポリマ－95,7594
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.860, 103.860, 855.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS COMPOSED OF COMBINATION OF DIMERS AB, EF, CD AND GH

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要素

#1: タンパク質
Non-homologous end-joining factor 1 / Protein cernunnos / XRCC4-like factor


分子量: 26286.348 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 1-224 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NHEJ1, XLF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H9Q4
#2: タンパク質
DNA repair protein XRCC4 / X-ray repair cross-complementing protein 4


分子量: 21593.174 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 1-157 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13426

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 9% v/v MPD, 50 mM MgSO4, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.044 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.044 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.5→58.9 Å / Num. obs: 9895 / % possible obs: 85.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 315.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rsym value: 0.162 / Net I/σ(I): 13.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.35 Å58.9 Å
Translation5.35 Å58.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 5.5→48.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.82 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3093 494 4.99 %RANDOM
Rwork0.2495 ---
obs0.2523 9894 --
all-13058 --
原子変位パラメータBiso mean: 267.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--74.2485 Å20 Å20 Å2
2---74.2485 Å20 Å2
3---148.497 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.776 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.5→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12296 0 0 0 12296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00912556HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.116992HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4448SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes356HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1776HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12556HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion15955
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact137994
LS精密化 シェル解像度: 4.99→5.39 Å
Rfactor反射数
Rfree0.3311 -
Rwork0.2976 2397
all0.2634 2689

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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