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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3q3i | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Actinobacillus pleuropneumoniae HMW1C glycosyltransferase in the presence of peptide N1131 | ||||||
![]() | HMW1C-like glycosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / HMW1C / HMW1 / N-glycosylation | ||||||
機能・相同性 | Rossmann fold - #11380 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kawai, F. / Yeo, H.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into the Glycosyltransferase Activity of the Actinobacillus pleuropneumoniae HMW1C-like Protein. 著者: Kawai, F. / Grass, S. / Kim, Y. / Choi, K.J. / St Geme, J.W. / Yeo, H.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 248.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 199.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 490.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71870.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 4074 / 遺伝子: APL_1635, appser1_17560 / プラスミド: PET45B / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | S428P POSSIBLE NATURAL VARIANT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES, 0.1-0.16 M ammonium sulfate, 20-30% w/v PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月16日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97943 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 46099 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / % possible all: 83.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.56 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.52 Å / Total num. of bins used: 20
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