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- PDB-3q3g: Crystal Structure of A-domain in complex with antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q3g
タイトルCrystal Structure of A-domain in complex with antibody
要素
  • Antibody Heavy chain
  • Antibody Light Chain
  • Integrin alpha-M
キーワードIMMUNE SYSTEM/CELL ADHESION / IMMUNE SYSTEM-CELL ADHESION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ectodermal cell differentiation / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / positive regulation of neutrophil degranulation / response to curcumin / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning ...ectodermal cell differentiation / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / positive regulation of neutrophil degranulation / response to curcumin / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / negative regulation of dopamine metabolic process / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement receptor mediated signaling pathway / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / cargo receptor activity / cell adhesion mediated by integrin / phagocytosis, engulfment / plasma membrane raft / amyloid-beta clearance / tertiary granule membrane / positive regulation of protein targeting to membrane / Integrin cell surface interactions / response to mechanical stimulus / specific granule membrane / forebrain development / heat shock protein binding / cell-matrix adhesion / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of superoxide anion generation / integrin-mediated signaling pathway / response to ischemia / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / cell-cell adhesion / integrin binding / response to estradiol / amyloid-beta binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell adhesion / external side of plasma membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : ...: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Integrin alpha-M
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Mahalingam, B. / Xiong, J.P. / Arnaout, M.A.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2011
タイトル: Stable Coordination of the Inhibitory Ca2+ Ion at the Metal Ion-Dependent Adhesion Site in Integrin CD11b/CD18 by an Antibody-Derived Ligand Aspartate: Implications for Integrin ...タイトル: Stable Coordination of the Inhibitory Ca2+ Ion at the Metal Ion-Dependent Adhesion Site in Integrin CD11b/CD18 by an Antibody-Derived Ligand Aspartate: Implications for Integrin Regulation and Structure-Based Drug Design.
著者: Mahalingam, B. / Ajroud, K. / Alonso, J.L. / Anand, S. / Adair, B.D. / Horenstein, A.L. / Malavasi, F. / Xiong, J.P. / Arnaout, M.A.
履歴
登録2010年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Antibody Light Chain
D: Antibody Heavy chain
G: Integrin alpha-M
A: Antibody Light Chain
B: Antibody Heavy chain
E: Integrin alpha-M
F: Antibody Light Chain
H: Antibody Heavy chain
I: Integrin alpha-M
J: Antibody Light Chain
K: Antibody Heavy chain
L: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,19661
ポリマ－281,11912
非ポリマー3,07749
水5,765320
1
C: Antibody Light Chain
D: Antibody Heavy chain
G: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,33519
ポリマ－70,2803
非ポリマー1,05616
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9610 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area26970 Å2
手法PISA
2
A: Antibody Light Chain
B: Antibody Heavy chain
E: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,16417
ポリマ－70,2803
非ポリマー88414
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7830 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area27050 Å2
手法PISA
3
F: Antibody Light Chain
H: Antibody Heavy chain
I: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5348
ポリマ－70,2803
非ポリマー2545
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6900 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area27360 Å2
手法PISA
4
J: Antibody Light Chain
K: Antibody Heavy chain
L: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,16417
ポリマ－70,2803
非ポリマー88414
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8460 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area27960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.939, 157.218, 232.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 GEIL

#3: タンパク質
Integrin alpha-M / CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit ...CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit alpha / Leukocyte adhesion receptor MO1 / Neutrophil adherence receptor


分子量: 21778.887 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 148-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAM, CD11B, CR3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11215

-
抗体 , 2種, 8分子 CAFJDBHK

#1: 抗体
Antibody Light Chain


分子量: 24457.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体
Antibody Heavy chain


分子量: 24043.818 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 7種, 369分子

#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 15% PEG4000, Tris pH 8.2, 0.3M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 81032 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 68.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 11.31
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 80.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.1.4位相決定
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→47.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9174 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2442 4048 5 %RANDOM
Rwork0.2108 ---
obs0.2125 80896 --
原子変位パラメータBiso mean: 54.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4166 Å20 Å20 Å2
2---6.9525 Å20 Å2
3---2.5359 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.405 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19752 0 185 320 20257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00920352HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1927570HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6945SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes500HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2900HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it20352HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.94
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion27125
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact223074
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3393 219 4.63 %
Rwork0.2829 4508 -
all0.2855 4727 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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