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万見
- PDB-3q2c: Binding properties to HLA class I molecules and the structure of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q2c
タイトルBinding properties to HLA class I molecules and the structure of the leukocyte Ig-like receptor A3 (LILRA3/ILT6/LIR4/CD85e)
要素Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 3
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / LILRA3 / ILT6 / Activating receptor / HLA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


neutrophil degranulation / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / specific granule membrane / antigen binding / defense response / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / signaling receptor activity / 獲得免疫系 / Neutrophil degranulation ...neutrophil degranulation / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / specific granule membrane / antigen binding / defense response / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / signaling receptor activity / 獲得免疫系 / Neutrophil degranulation / シグナル伝達 / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Alpha-1B-glycoprotein/leukocyte immunoglobulin-like receptor / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 ...Alpha-1B-glycoprotein/leukocyte immunoglobulin-like receptor / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ryu, M. / Chen, Y. / Qi, J.X. / Liu, J. / Shi, Y. / Cheng, H. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: LILRA3 binds both classical and non-classical HLA class I molecules but with reduced affinities compared to LILRB1/LILRB2: structural evidence
著者: Ryu, M. / Chen, Y. / Qi, J. / Liu, J. / Fan, Z. / Nam, G. / Shi, Y. / Cheng, H. / Gao, G.F.
履歴
登録2010年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7921
ポリマ－10,7921
非ポリマー00
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.308, 27.817, 48.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 3 / CD85 antigen-like family member E / Immunoglobulin-like transcript 6 / ILT-6 / Leukocyte ...CD85 antigen-like family member E / Immunoglobulin-like transcript 6 / ILT-6 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 4 / LIR-4 / Monocyte inhibitory receptor HM43/HM31


分子量: 10792.341 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 24-120 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N6C8
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IS BASED ON REFERENCE 3 OF DATABASE Q8N6C8 (LIRA3_HUMAN). RESIDUE VAL 82 (UNP RESIDUE ...THE SEQUENCE IS BASED ON REFERENCE 3 OF DATABASE Q8N6C8 (LIRA3_HUMAN). RESIDUE VAL 82 (UNP RESIDUE NUMBER 105) IS A SEQUENCE CONFLICT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.0M ammonium sulfate, 0.1M HEPES buffer (pH 7.5), 0.75% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年12月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 3558 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VDG

1vdg


解像度: 2.5→23.947 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 29.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2574 153 4.37 %
Rwork0.2247 --
obs0.2261 3503 94.45 %
all-3503 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.554 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.4937 Å20 Å20.5254 Å2
2--16.1412 Å20 Å2
3----3.6475 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→23.947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数755 0 0 32 787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0251058
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.681282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075120
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5004-2.86170.30611080.2798974X-RAY DIFFRACTION90
2.8617-3.60340.24211190.24381060X-RAY DIFFRACTION96
3.6034-23.94850.24191240.2171117X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.2116 Å / Origin y: 1.8417 Å / Origin z: 14.1459 Å
111213212223313233
T0.2216 Å2-0.0119 Å20.0103 Å2-0.2248 Å20.0088 Å2--0.2323 Å2
L0.9517 °20.2607 °20.2347 °2-0.8385 °2-0.3426 °2--0.7364 °2
S-0.0667 Å °-0.0035 Å °-0.0911 Å °-0.1321 Å °0.0703 Å °-0.0731 Å °0.0744 Å °-0.0462 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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