PDB-3q20: Crystal structure of RbcX C103A mutant from Thermosynechococcus e...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q20

タイトル

Crystal structure of RbcX C103A mutant from Thermosynechococcus elongatus

要素

RbcX protein

キーワード

CHAPERONE / helix bundle / RuBisCO assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis / protein folding chaperone / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Tarnawski, M. / Krzywda, S. / Szczepaniak, A. / Jaskolski, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of the RuBisCO chaperone RbcX from the thermophilic cyanobacterium Thermosynechococcus elongatus
著者: Tarnawski, M. / Krzywda, S. / Bialek, W. / Jaskolski, M. / Szczepaniak, A.

履歴

登録	2010年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2011年1月26日	ID: 3KA1
改定 1.0	2011年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月24日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q20.cif.gz	115.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q20.ent.gz	90.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q20.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/3q20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/3q20	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2peqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2peq-d 2z46-2 2qvl-d 3ec1-2 6luf-2 2mkh-d 2pem-2 2pej-1 2pei-4 2rbi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RbcX protein

B: RbcX protein

ヘテロ分子

29.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.780, 67.733, 94.544
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RbcX protein 分子量: 14572.369 Da / 分子数: 2 / 変異: C103A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 遺伝子: rbcX, tll1505 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DIS6
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.09 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M sodium acetate, 1.0M 1,6-hexanediol, 0.01M cobalt(II) chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月2日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→41.2 Å / Num. obs: 31245 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 31.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 29.9
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 71.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PEQ

2peq

解像度: 1.71→41.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 4.771 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: R FREE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21112	1280	4.1 %	RANDOM
R_work	0.18203	-	-	-
obs	0.1833	29886	95.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.773 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→41.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1797	0	24	208	2029

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.592	1.968	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.233	3	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.13	5	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.927	24.141	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.255	15	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.474	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2037
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	367
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.908	1.5	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.296	1.5	439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.517	2	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.289	3	758
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.754	4.5	722
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.71→1.754 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	49	-
R_work	0.264	1457	-
obs	-	-	63.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	16.8749	4.2645	0.2678	3.4645	0.4289	2.0121	0.0509	-0.1013	0.4488	-0.1945	0.1	0.3283	-0.4117	0.0327	-0.151	0.1882	-0.054	0.0448	0.1216	-0.0367	0.1364	10.22	0.6932	17.6936
2	5.3719	2.3522	2.7101	3.0607	0.1421	6.1638	-0.2772	-0.0379	0.8597	-0.0189	0.173	0.3952	-1.4483	0.5465	0.1042	0.5011	-0.3397	0.1066	0.3392	-0.1329	0.1922	30.5633	10.4284	14.2417
3	3.6821	1.296	-2.2661	1.3907	0.9262	6.0952	0.0585	0.127	0.0431	-0.3091	0.2209	-0.038	-0.9134	0.6979	-0.2794	0.2877	-0.2148	0.082	0.3216	-0.0981	0.2059	25.0493	1.8042	10.6144
4	5.3484	-4.3626	-5.6291	10.8098	8.8413	10.5502	-0.3411	-0.1217	-0.203	0.5759	0.1789	-0.0915	0.5299	0.3245	0.1622	0.1349	0.0034	-0.0158	0.146	0.059	0.1617	11.912	-4.4387	32.4933
5	4.3409	-3.0062	-0.3341	12.7392	2.3208	12.469	-0.1656	-0.3069	0.18	0.9623	0.1701	-0.1108	-0.5166	0.3409	-0.0046	0.2202	-0.0469	-0.031	0.1248	0.0103	0.0565	4.3397	8.5619	43.1998
6	16.6751	-22.1049	-7.8314	29.3264	10.3729	3.6853	-1.4902	-1.2825	-0.5708	1.8025	1.377	0.7696	0.5651	0.6921	0.1132	1.4952	-0.21	0.2281	1.7662	-0.203	0.3324	0.1031	17.3601	50.2188
7	9.274	-2.8069	-2.2181	6.4428	1.1612	6.1737	-0.1122	-0.3281	0.1114	0.1822	0.2746	-0.8067	0.1879	0.8965	-0.1623	0.2143	0.0269	-0.021	0.3651	-0.0275	0.3516	20.6566	1.5227	28.5152
8	2.2751	-2.0292	0.2916	3.481	-1.2314	2.2923	0.2324	0.2057	0.0234	-0.25	-0.1234	0.1754	-0.0449	-0.151	-0.109	0.284	-0.004	-0.0048	0.2319	-0.0012	0.2973	-2.9881	11.8002	25.5655
9	3.1698	-1.6592	-0.0844	3.8137	-0.2331	2.0774	-0.017	-0.0317	0.1343	0.1186	0.0292	-0.0515	-0.1645	0.0602	-0.0121	0.2897	-0.0234	0.0004	0.2438	0.0062	0.2797	1.6058	9.457	32.8023
10	3.8429	0.8601	-4.3423	1.2584	-1.5636	6.5863	0.0478	0.105	-0.0593	-0.1263	-0.0508	-0.0598	-0.1809	0.2505	0.003	0.232	-0.064	0.0126	0.2269	-0.0493	0.2125	16.2602	-5.3761	10.2854

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	22 - 52
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	53 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	84 - 97
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	98 - 107
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	108 - 114
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 13
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	14 - 48
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	49 - 81
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	82 - 107

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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