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- PDB-3q1s: HIV-1 neutralizing antibody Z13e1 in complex with epitope display... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q1s
タイトルHIV-1 neutralizing antibody Z13e1 in complex with epitope display protein
要素
  • Interleukin-22
  • Z13e1 Fab heavy chain
  • Z13e1 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/CYTOKINE / immunoglobulin fold / antibody / gp41 / IMMUNE SYSTEM-CYTOKINE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-22 receptor binding / Interleukin-20 family signaling / response to glucocorticoid / acute-phase response / cytokine activity / negative regulation of inflammatory response / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / inflammatory response / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-22 / Interleukin 22 IL-10-related T-cell-derived-inducible factor / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like ...Interleukin-22 / Interleukin 22 IL-10-related T-cell-derived-inducible factor / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Interleukin-22
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Julien, J.-P. / Pejchal, R. / Gach, J.S. / Zwick, M.B. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure-Based Design of a Protein Immunogen that Displays an HIV-1 gp41 Neutralizing Epitope.
著者: Stanfield, R.L. / Julien, J.P. / Pejchal, R. / Gach, J.S. / Zwick, M.B. / Wilson, I.A.
履歴
登録2010年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Z13e1 Fab light chain
H: Z13e1 Fab heavy chain
I: Interleukin-22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,17615
ポリマ－65,1343
非ポリマー1,04112
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7870 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.623, 99.216, 105.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 I

#3: タンパク質 Interleukin-22 / IL-22 / Cytokine Zcyto18 / IL-10-related T-cell-derived-inducible factor / IL-TIF


分子量: 17370.980 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 29-179 / Mutation: S64W, L65N, A66W, N68D, N69I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL22, ILTIF, ZCYTO18, UNQ3099/PRO10096 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZX6

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 Z13e1 Fab light chain


分子量: 23096.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Z13e1 Fab heavy chain


分子量: 24666.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 215分子

#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 19% PEG 4000, 10% isopropanol, 0.1M hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.058 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.058 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→49.63 Å / Num. all: 33242 / Num. obs: 33242 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 16

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3fn0

3fn0


解像度: 2.15→49.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 12.738 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26024 1639 5 %RANDOM
Rwork0.2072 ---
obs0.20984 31381 99.84 %-
all-31381 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.892 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→49.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4116 0 68 203 4387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0224264
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7011.9745770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07437082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4345526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.45524.035171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.93815707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7141523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5741.52655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1761.51079
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9924284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.69231609
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4514.51486
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 122 -
Rwork0.264 2273 -
obs-2395 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2918-0.7127-0.01554.24251.31153.8030.01990.0319-0.1268-0.01980.0464-0.18920.42880.0921-0.06630.08610.02740.01660.15830.00990.12341.82781.9729-6.3252
21.7156-0.3121-0.59983.5539-1.41493.6030.16180.17470.2552-0.3635-0.1376-0.1711-0.20270.0493-0.02410.31360.06850.06140.1963-0.02970.198710.84445.8006-41.1966
31.3645-0.3187-0.61212.2121-0.28583.2497-0.00990.09890.0126-0.21470.00930.0712-0.0282-0.12580.00060.02430.002-0.0070.119-0.01940.0972-7.41221.6848-7.8888
41.51060.41350.12597.93921.73133.9010.22450.2642-0.1337-0.5729-0.19940.67850.074-0.4394-0.02510.30710.0646-0.02820.3147-0.0270.2784-5.115710.5087-40.6243
55.4319-0.79816.79140.1462-0.99048.5309-0.3706-1.2029-0.11490.20820.28170.0978-0.6082-1.52170.08880.73820.05370.29320.6873-0.0690.49130.036320.928425.6427
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L3 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2L108 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3H1 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4H124 - 137
5X-RAY DIFFRACTION4H143 - 195
6X-RAY DIFFRACTION4H205 - 225
7X-RAY DIFFRACTION5I40 - 46
8X-RAY DIFFRACTION5I58 - 102
9X-RAY DIFFRACTION5I119 - 179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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