PDB-3q17: Structure of a slow CLC Cl-/H+ antiporter from a cyanobacterium i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q17

タイトル

Structure of a slow CLC Cl-/H+ antiporter from a cyanobacterium in Bromide

要素

Sll0855 protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / CLC Cl-/H+ exchange transporter / CLC family / cyanobacterium / transporter / integral membrane protein / CLC_Ec1 / chloride proton antiport

機能・相同性

機能・相同性情報

voltage-gated chloride channel activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Jayaram, H. / Robertson, J.L. / Fang, W. / Williams, C. / Miller, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structure of a Slow CLC Cl(-)/H(+) Antiporter from a Cyanobacterium.
著者: Jayaram, H. / Robertson, J.L. / Wu, F. / Williams, C. / Miller, C.

履歴

登録	2010年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q17.cif.gz	328 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q17.ent.gz	273.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q17.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q17_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q17_full_validation.pdf.gz	472.8 KB	表示
XML形式データ	3q17_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	3q17_validation.cif.gz	42.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/3q17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/3q17	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nd0SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nd0-d 3ah5-1 3n3y-d 1utc-d 3ah5-2 3ge8-2 4ftp-1 3mk0-1 3bdf-d 5aam-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sll0855 protein

B: Sll0855 protein

ヘテロ分子

100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	207.209, 207.209, 105.981
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	Sll0855 protein / CLC Cl-/H+ exchange transporter / CLC_SY1 分子量: 50105.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: sll0855, syn:sll0855 / プラスミド: pAsk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P73745
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br

#1: タンパク質

Sll0855 protein / CLC Cl-/H+ exchange transporter / CLC_SY1

分子量: 50105.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: sll0855, syn:sll0855 / プラスミド: pAsk / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P73745

#2: 化合物

ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド

分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.554019 Å³/Da / 溶媒含有率: 81.232887 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 30% PEG400, 0.1 M Tris-HBr, 0.2 M CaCl2 with 14 mM C-Hega-11, 6.2% PEG400 added to protein, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9199

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月30日

放射

モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9199 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.6→68.479 Å / Num. all: 30660 / Num. obs: 29893 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 16.8 % / R_sym value: 0.257 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
3.6-3.79	16.4	0.016	0.5	1.57	1	96.9
3.79-4.02	16.3	0.016	0.7	1.103	1	96.9
4.02-4.3	16.3	0.016	1.3	0.591	1	96.8
4.3-4.65	16.2	0.016	2	0.389	1	96.6
4.65-5.09	16.1	0.016	2.3	0.328	1	96.7
5.09-5.69	16.1	0.016	2.4	0.315	1	98.8
5.69-6.57	16.9	0.016	2.5	0.3	1	100
6.57-8.05	18	0.016	4.6	0.151	1	100
8.05-11.38	20.6	0.016	7.1	0.09	1	100
11.38-74.085	19.6	0.016	3	0.099	1	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 39.02 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.6 Å	68.48 Å
Translation	3.6 Å	68.48 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.6.1_357	精密化
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ND0

3nd0

解像度: 3.6→68.479 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.79 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.758 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.48 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 33.8 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3102	1492	5 %
R_work	0.2805	-	-
obs	0.2819	29827	97.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.317 Å² / k_sol: 0.268 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-29.0273 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-29.0273 Å²	-0 Å²
3-	-	-	58.0547 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→68.479 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6398	0	2	0	6400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6552
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.708	8914
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.258	2308
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1060
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1102

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.6-3.7162	0.4533	142	0.3888	2500	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7162-3.849	0.3325	122	0.3443	2550	X-RAY DIFFRACTION	96
3.849-4.0031	0.3564	137	0.3332	2513	X-RAY DIFFRACTION	96
4.0031-4.1853	0.2927	134	0.2889	2503	X-RAY DIFFRACTION	96
4.1853-4.4059	0.2728	133	0.2532	2543	X-RAY DIFFRACTION	96
4.4059-4.6819	0.2752	113	0.243	2538	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6819-5.0433	0.2524	131	0.2305	2530	X-RAY DIFFRACTION	96
5.0433-5.5506	0.2642	153	0.2389	2581	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5506-6.3533	0.3251	135	0.2513	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3533-8.0025	0.2539	140	0.2122	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
8.0025-68.4913	0.3092	152	0.2974	2736	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1745	-0.3926	0.0371	0.9864	0.124	0.0249	-0.1019	-0.0148	0.3877	-0.157	0.0885	-0.7499	0.083	0.0147	-0.0001	0.7321	-0.1023	0.0312	0.7445	-0.0254	1.0575	-65.8647	64.718	2.0613
2	0.3638	0.1039	-0.2379	0.5866	0.2604	0.3392	-0.0354	-0.2778	0.1041	0.3076	0.1193	-0.934	-0.0243	0.1317	-0	0.9636	-0.0221	-0.3116	0.9996	-0.1365	1.1773	-74.3618	84.2765	32.6109

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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