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- PDB-3ah5: Crystal Structure of flavin dependent thymidylate synthase ThyX f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ah5
タイトルCrystal Structure of flavin dependent thymidylate synthase ThyX from helicobacter pylori complexed with FAD and dUMP
要素Thymidylate synthase thyX
キーワードTRANSFERASE / Helicobacter pylori / ThyX / FAD / dUMP
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能
Gyrase A; domain 2 - #170 / Thymidylate synthase ThyX / Thymidylate synthase ThyX superfamily / Thymidylate synthase complementing protein / Flavin-dependent thymidylate synthase (thyX) domain profile. / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Flavin-dependent thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, X. / Zhang, J. / Hu, Y. / Zou, Q. / Wang, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure and functional analysis of a flavin dependent thymidylate synthase from helicobacter pylori
著者: Zhang, X. / Zhang, J. / Hu, Y. / Zou, Q. / Wang, D.
履歴
登録2010年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase thyX
B: Thymidylate synthase thyX
C: Thymidylate synthase thyX
D: Thymidylate synthase thyX
E: Thymidylate synthase thyX
F: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,69129
ポリマ－151,0726
非ポリマー7,61923
水9,692538
1
A: Thymidylate synthase thyX
B: Thymidylate synthase thyX
C: Thymidylate synthase thyX
D: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,85820
ポリマ－100,7154
非ポリマー5,14316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14280 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area33440 Å2
手法PISA
2
E: Thymidylate synthase thyX
F: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子

E: Thymidylate synthase thyX
F: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,66618
ポリマ－100,7154
非ポリマー4,95114
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area14370 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area32580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)221.920, 49.430, 143.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細4

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要素

#1: タンパク質
Thymidylate synthase thyX / TS / TSase


分子量: 25178.699 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP_1533, thyX / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O26061, thymidylate synthase (FAD)
#2: 化合物
ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.4M ammonium sulfate, 100mM HEPES pH7.0, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 0.97898 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97898 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→55.641 Å / Num. obs: 53927 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.107
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.5-2.647.60.3931.85915777960.393100
2.64-2.87.60.2952.45587773690.295100
2.8-2.997.60.2333.15276669520.233100
2.99-3.237.60.164.34907364680.16100
3.23-3.547.60.1096.14553360170.109100
3.54-3.957.60.0867.74069653840.086100
3.95-4.567.50.0728.63626848270.072100
4.56-5.597.40.0698.93038940810.069100
5.59-7.917.30.078.42337432020.07100
7.91-55.646.80.0549.81250418310.05499.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
PHASES位相決定
精密化解像度: 2.5→55.63 Å / FOM work R set: 0.837 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 5207 9.7 %
Rwork0.194 --
obs-53795 99.8 %
溶媒の処理Bsol: 48.424 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 33.858 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.417 Å20 Å26.814 Å2
2--2.062 Å20 Å2
3---1.355 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→55.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10175 0 493 538 11206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.334
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5-2.520.335560.28710281084
2.52-2.530.367520.3019851037
2.53-2.550.34750.2989981073
2.55-2.570.32800.25510151095
2.57-2.590.295830.249801063
2.59-2.610.3591030.279821085
2.61-2.630.281890.2439601049
2.63-2.650.364930.2739611054
2.65-2.670.311100.259461056
2.67-2.690.305960.2449531049
2.69-2.720.3091130.2399971110
2.72-2.740.2591140.2319641078
2.74-2.760.2851080.239471055
2.76-2.790.292880.2319511039
2.79-2.820.2771010.2219601061
2.82-2.840.3031140.2379731087
2.84-2.870.288950.2299561051
2.87-2.90.3281220.25310081130
2.9-2.930.3151070.2519281035
2.93-2.960.3081170.2269541071
2.96-30.321100.2249311041
3-3.030.2621210.2169651086
3.03-3.070.3081110.29831094
3.07-3.110.2931120.2379681080
3.11-3.150.312890.2189601049
3.15-3.190.26980.2199611059
3.19-3.240.2761100.2059751085
3.24-3.290.2521090.29841093
3.29-3.340.2391040.1899621066
3.34-3.390.2261090.1839391048
3.39-3.450.2531190.1889681087
3.45-3.510.2151100.1769911101
3.51-3.580.2141110.1929571068
3.58-3.650.2571120.1819381050
3.65-3.730.2481200.1859461066
3.73-3.820.2381170.17910001117
3.82-3.920.214910.179731064
3.92-4.020.2211100.1699671077
4.02-4.140.2091210.1629831104
4.14-4.270.2221060.1559441050
4.27-4.430.1691220.1349751097
4.43-4.60.2261090.1449841093
4.6-4.810.1941120.1469731085
4.81-5.070.2191030.1369891092
5.07-5.380.2011110.1679841095
5.38-5.80.2461160.1999801096
5.8-6.380.2351130.1979881101
6.38-7.30.2481080.20110021110
7.3-9.20.2990.17910221121
9.2-55.630.2041080.1799501058
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2fad.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION5ump.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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