PDB-3pyz: Crystal structure of bifunctional folylpolyglutamate synthase/dih...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pyz

タイトル

Crystal structure of bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase complexed with AMPPNP and Mn ion from Yersinia pestis c092

要素

Bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase

キーワード

LIGASE / FolC / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase / AMPPNP

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydrofolate synthase activity / tetrahydrofolylpolyglutamate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Nocek, B. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase complexed with AMPpnp and Mn ion from Yersinia pestis c092
著者: Nocek, B. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2010年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pyz.cif.gz	178.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pyz.ent.gz	140.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pyz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/3pyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/3pyz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3n2aS 3nrs S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3n2a-d 3voe-d 5yez-1 2xgx-d 1w7k-d 5iqi-4 5byl-2 2xkp-1 3uki-1 6cgd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90784

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase

ヘテロ分子

48.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.627, 77.713, 122.292
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase / FolC bifunctional protein 分子量: 47550.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: folC, YPN_2178, YP516_2438 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic 参照: UniProt: Q1CHM3, UniProt: Q8D0U0*PLUS, dihydrofolate synthase, tetrahydrofolate synthase
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.8 Sodium acetate trihydrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月5日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 34020 / Num. obs: 33985 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 52.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1664 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
CCP4		モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3N2A

3n2a

解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 9.503 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22805	1717	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17643	-	-	-
all	0.179	33836	-	-
obs	0.17899	32119	98.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.151 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3093	0	32	100	3225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.021	3193
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2084
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.744	1.969	4346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.111	3	5080
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6	5	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.621	23.806	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.525	15	497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.704	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	501
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3577
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	629
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.808	1.5	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.616	1.5	834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.924	2	3239
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.429	3	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.749	4.5	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.155	3	5277
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.104→2.159 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	113	-
R_work	0.241	2323	-
obs	-	-	98.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8354	2.8868	1.9532	11.1873	1.2162	30.4326	0.3051	-0.0541	0.3113	1.4853	-0.2359	1.1173	-0.8366	0.2699	-0.0692	0.4699	0.0745	-0.2245	0.063	-0.207	0.7118	7.8269	40.7257	1.5225
2	0.7531	0.002	-0.8491	0.6614	-1.4667	4.3866	0.0337	0.0719	0.1431	0.1497	0.0521	0.0443	-0.4811	-0.2479	-0.0858	0.249	-0.0035	-0.0245	0.2041	-0.0106	0.2268	5.0446	38.0785	-8.6487
3	6.7407	-4.7763	-1.1738	6.3666	0.9464	2.5806	-0.0603	0.2386	0.1976	-0.3629	0.0612	-0.2335	-0.3111	0.1568	-0.0009	0.2522	-0.045	-0.0571	0.1948	0.0323	0.2127	16.0006	34.2214	-18.3435
4	0.4372	0.2477	0.5711	0.7068	0.3869	0.9075	0.0111	-0.0101	-0.025	0.0623	0.0046	-0.1002	0.0487	0.0854	-0.0157	0.1854	0.0081	0.0022	0.1868	0.0046	0.1783	4.7567	18.9812	-12.205
5	0.6884	0.479	0.1214	2.0704	0.4416	1.3409	-0.0222	-0.0055	0.0321	0.044	0.01	-0.1364	-0.0483	0.1297	0.0121	0.153	0.0057	0.0059	0.1953	0.0013	0.174	10.2031	27.0686	-14.4051
6	1.3665	0.1505	0.2496	1.6217	-0.803	1.6399	-0.0266	0.0821	0.2084	0.0074	0.0729	0.0993	-0.1855	-0.1075	-0.0463	0.2107	-0.0138	0.0048	0.2155	-0.0014	0.1725	0.2692	24.2695	-33.0498
7	5.1507	3.4065	0.119	2.4603	-0.3387	0.9983	-0.1184	0.3416	-0.0054	-0.1596	0.1639	-0.0159	-0.0155	0.1667	-0.0454	0.2552	0.0138	0.0303	0.2551	-0.0361	0.1955	2.6917	13.3552	-36.762
8	6.6086	0.58	-2.2246	5.2978	0.6585	8.997	-0.2605	0.0572	-0.2514	0.1123	0.1341	0.0614	0.2782	-0.1045	0.1264	0.2529	0.0075	-0.0288	0.1502	-0.0142	0.1711	-5.3248	0.6096	-31.0591
9	0.8275	0.4491	-0.1302	1.4757	0.1709	1.0021	-0.0194	0.0378	-0.1918	-0.0238	0.0311	-0.1756	0.1911	0.1144	-0.0117	0.1867	0.0093	-0.0061	0.1682	-0.0031	0.161	-0.5632	5.2552	-25.3361
10	2.1051	-0.9135	0.2436	0.5174	0.253	1.1207	-0.0014	-0.0782	-0.1414	0.0727	0.0006	0.0876	0.1882	-0.1166	0.0007	0.2132	-0.0239	-0.002	0.21	0.0035	0.1787	-12.9226	11.7556	-16.5557
11	9.8391	3.6973	-4.2669	4.8311	-2.331	2.577	-0.2675	0.316	-0.3111	-0.3321	0.1309	-0.0418	0.435	-0.2519	0.1366	0.2714	-0.0314	-0.0283	0.2066	-0.0216	0.1275	-21.5515	13.5121	-24.7175
12	6.0113	-0.5679	-1.0079	0.1297	-0.4278	3.9645	0.0866	0.201	0.6141	-0.0235	-0.0077	-0.0402	0.0339	-0.2874	-0.0789	0.1399	0.0714	0.0118	0.2511	0.0123	0.2842	-24.7692	25.9611	-20.7593
13	9.1289	-5.5517	0.1305	17.6191	8.3967	5.0463	0.1334	-2.3429	0.941	-1.3641	-1.1667	1.1536	-0.7688	-1.5774	1.0332	0.3918	0.213	-0.0829	1.0858	-0.4686	0.9007	-16.1772	37.0752	-12.0645
14	2.8524	1.3184	-2.0229	3.5144	-2.5241	2.7887	0.2413	-0.0301	0.8519	0.1853	0.095	0.2088	-0.0612	-0.4406	-0.3363	0.1832	0.0221	0.1206	0.5384	-0.0971	0.4753	-27.9049	30.1374	-13.2773
15	3.6824	0.683	-0.8055	1.6298	-0.8162	2.4907	-0.0085	-0.5045	0.2958	-0.023	-0.0427	0.0961	0.1246	-0.1476	0.0512	0.1591	0.0142	0.0218	0.3001	-0.0417	0.2006	-22.1825	20.3065	-9.8806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	9 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	33 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	40 - 110
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	111 - 160
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	161 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	214 - 229
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	230 - 255
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	256 - 285
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	286 - 322
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	323 - 341
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	342 - 374
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	375 - 381
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	382 - 406
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	407 - 434

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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