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- PDB-3pyy: Discovery and Characterization of a Cell-Permeable, Small-molecul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pyy
タイトルDiscovery and Characterization of a Cell-Permeable, Small-molecule c-Abl Kinase Activator that Binds to the Myristoyl Binding Site
要素V-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 isoform b variant
キーワードTRANSFERASE / Tyrosine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of actin filament binding / positive regulation of oxidoreductase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / podocyte apoptotic process / DN4 thymocyte differentiation / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / response to epinephrine / transitional one stage B cell differentiation ...: / positive regulation of actin filament binding / positive regulation of oxidoreductase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / podocyte apoptotic process / DN4 thymocyte differentiation / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / response to epinephrine / transitional one stage B cell differentiation / activation of protein kinase C activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / regulation of modification of synaptic structure / positive regulation of microtubule binding / delta-catenin binding / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of extracellular matrix organization / neuroepithelial cell differentiation / microspike assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / cerebellum morphogenesis / positive regulation of blood vessel branching / B-1 B cell homeostasis / mitochondrial depolarization / neuropilin signaling pathway / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / neuropilin binding / bubble DNA binding / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / activated T cell proliferation / cellular response to dopamine / regulation of cell motility / regulation of Cdc42 protein signal transduction / proline-rich region binding / positive regulation of dendrite development / mitogen-activated protein kinase binding / myoblast proliferation / syntaxin binding / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / alpha-beta T cell differentiation / cardiac muscle cell proliferation / regulation of T cell differentiation / regulation of axon extension / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / Myogenesis / positive regulation of osteoblast proliferation / regulation of microtubule polymerization / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of focal adhesion assembly / associative learning / Bergmann glial cell differentiation / regulation of endocytosis / neuromuscular process controlling balance / negative regulation of mitotic cell cycle / actin monomer binding / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of long-term synaptic potentiation / endothelial cell migration / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of T cell migration / signal transduction in response to DNA damage / BMP signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of cell adhesion / mismatch repair / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / canonical NF-kappaB signal transduction / four-way junction DNA binding / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of vasoconstriction / spleen development / positive regulation of stress fiber assembly / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / ruffle / positive regulation of establishment of T cell polarity / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-2 production / ephrin receptor binding / actin filament polymerization / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of endothelial cell migration / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of mitotic cell cycle / substrate adhesion-dependent cell spreading / SH2 domain binding / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / post-embryonic development / thymus development / regulation of autophagy / neural tube closure / establishment of localization in cell / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / protein kinase C binding
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase ABL1/transforming protein Abl / F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains ...Tyrosine-protein kinase ABL1/transforming protein Abl / F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3YY / Chem-STI / Tyrosine-protein kinase ABL1 / Tyrosine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Yang, J. / Campobasso, N. / Biju, M.P. / Fisher, K. / Pan, X.Q. / Cottom, J. / Galbraith, S. / Ho, T. / Zhang, H. / Hong, X. ...Yang, J. / Campobasso, N. / Biju, M.P. / Fisher, K. / Pan, X.Q. / Cottom, J. / Galbraith, S. / Ho, T. / Zhang, H. / Hong, X. / Ward, P. / Hofmann, G. / Siegfried, B.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Discovery and Characterization of a Cell-Permeable, Small-Molecule c-Abl Kinase Activator that Binds to the Myristoyl Binding Site.
著者: Yang, J. / Campobasso, N. / Biju, M.P. / Fisher, K. / Pan, X.Q. / Cottom, J. / Galbraith, S. / Ho, T. / Zhang, H. / Hong, X. / Ward, P. / Hofmann, G. / Siegfried, B. / Zappacosta, F. / ...著者: Yang, J. / Campobasso, N. / Biju, M.P. / Fisher, K. / Pan, X.Q. / Cottom, J. / Galbraith, S. / Ho, T. / Zhang, H. / Hong, X. / Ward, P. / Hofmann, G. / Siegfried, B. / Zappacosta, F. / Washio, Y. / Cao, P. / Qu, J. / Bertrand, S. / Wang, D.Y. / Head, M.S. / Li, H. / Moores, S. / Lai, Z. / Johanson, K. / Burton, G. / Erickson-Miller, C. / Simpson, G. / Tummino, P. / Copeland, R.A. / Oliff, A.
履歴
登録2010年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 isoform b variant
B: V-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 isoform b variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,87211
ポリマ－69,4172
非ポリマー2,4559
水3,873215
1
A: V-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 isoform b variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7315
ポリマ－34,7091
非ポリマー1,0224
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: V-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 isoform b variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1416
ポリマ－34,7091
非ポリマー1,4335
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.391, 95.432, 115.502
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 V-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 isoform b variant


分子量: 34708.566 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 266-549 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q59FK4, UniProt: P00519*PLUS

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非ポリマー , 6種, 224分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-STI / 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE / STI-571 / IMATINIB / イマチニブ


分子量: 493.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31N7O / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-3YY / (5R)-5-[3-(4-fluorophenyl)-1-phenyl-1H-pyrazol-4-yl]imidazolidine-2,4-dione


分子量: 336.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H13FN4O2
#5: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20 mgs/ml protein in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 100 mM NaCl, 3 mM DTT and 5% (v/v) glycerol. Reservoir with 0.4 M ammonium phosphate. Cryo w/ 15%-30% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月17日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 69872 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→29.963 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2039 1922 2.87 %Random
Rwork0.1886 ---
obs0.1891 66950 94.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.008 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.378 Å20 Å2-0 Å2
2--3.617 Å2-0 Å2
3----5.995 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.963 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4223 0 173 215 4611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074528
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0766125
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8361620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071631
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004803
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.89860.24451190.23493972X-RAY DIFFRACTION82
1.8986-1.94990.2461220.22154149X-RAY DIFFRACTION86
1.9499-2.00730.24411310.2044400X-RAY DIFFRACTION91
2.0073-2.0720.221320.19764482X-RAY DIFFRACTION93
2.072-2.14610.20531380.1894598X-RAY DIFFRACTION95
2.1461-2.2320.22061340.18174604X-RAY DIFFRACTION95
2.232-2.33350.221370.18824692X-RAY DIFFRACTION96
2.3335-2.45650.21391400.18714728X-RAY DIFFRACTION97
2.4565-2.61030.221400.1914772X-RAY DIFFRACTION98
2.6103-2.81170.19081420.194808X-RAY DIFFRACTION98
2.8117-3.09440.23691460.20364873X-RAY DIFFRACTION99
3.0944-3.54160.17971440.19274900X-RAY DIFFRACTION99
3.5416-4.45960.18481460.16554940X-RAY DIFFRACTION99
4.4596-29.96720.19321510.18485110X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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