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- PDB-3pyi: Structure of the N-terminal domain of C. elegans SAS-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pyi
タイトルStructure of the N-terminal domain of C. elegans SAS-6
要素Spindle assembly abnormal protein 6
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / beta-sandwich / dimer / alpha-beta protein / cytoplasmic / centriolar
機能・相同性
機能・相同性情報


centriole assembly / centriole replication / centrosome duplication / centriole / protein localization / regulation of cell cycle / protein domain specific binding / centrosome / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Centriolar protein SAS, helical domain / Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal domain / Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1 / Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal / SAS-6, N-terminal domain superfamily / Centriolar protein SAS N-terminal domain / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spindle assembly abnormal protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.104 Å
データ登録者Vakonakis, I. / Steinmetz, M.O.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: Structural basis of the 9-fold symmetry of centrioles.
著者: Kitagawa, D. / Vakonakis, I. / Olieric, N. / Hilbert, M. / Keller, D. / Olieric, V. / Bortfeld, M. / Erat, M.C. / Fluckiger, I. / Gonczy, P. / Steinmetz, M.O.
履歴
登録2010年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Spindle assembly abnormal protein 6
A: Spindle assembly abnormal protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8497
ポリマ－38,8762
非ポリマー9725
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area17120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.273, 73.153, 79.596
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and not (resid 18:27 or resid 58:62 or...
211chain B and not (resid 18:27 or resid 58:62 or...

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要素

#1: タンパク質 Spindle assembly abnormal protein 6


分子量: 19438.242 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 1-168 / 変異: S123E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: sas-6, Y45F10D.9 / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O62479
#2: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30% v/v PEG200, 5% w/v PEG3000, 0.1 M MES, seeding with crushed original crystals, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月22日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator with dual channel cut crystals in (+--+) geometry
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.104→73.153 Å / Num. all: 24437 / Num. obs: 24368 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 31.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.104→2.22 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 3498 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIX(phenix.autosol)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
XSCALEデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.104→50.678 Å / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS restraints / σ(F): 1.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2574 2220 4.94 %Random
Rwork0.2101 ---
obs0.2124 23106 97.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.464 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.0832 Å2-0 Å2-0 Å2
2---11.7579 Å2-0 Å2
3----2.3252 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.104→50.678 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2317 0 49 146 2512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072445
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0233285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.866955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004410
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A925X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B925X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1039-2.17910.34512280.28494223446497
2.1791-2.26630.31512200.26294304453398
2.2663-2.36950.28292240.23794306455198
2.3695-2.49440.2712240.22284285451598
2.4944-2.65070.31722250.21024318454998
2.6507-2.85530.28042200.21594299453099
2.8553-3.14260.26552220.224292451998
3.1426-3.59720.28612230.20944294451998
3.5972-4.53170.19882160.17574216443397
4.5317-50.69280.2052180.18324224445196
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.249-0.1020.24642.93240.7521.68260.0321-0.0191-0.0460.14990.034-0.07340.0768-0.0275-0.06180.1255-0.01110.02680.18230.00620.18921.0494-9.290416.1836
20.7640.0706-0.20482.2110.26861.46140.10110.08430.1344-0.35690.0514-0.2524-0.23580.1155-0.13250.291-0.00670.00790.18160.00230.240.4763-2.1058-15.7368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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