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- PDB-3pya: Crystal structure of ent-copalyl diphosphate synthase from Arabid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pya
タイトルCrystal structure of ent-copalyl diphosphate synthase from Arabidopsis thaliana in complex with (S)-15-aza-14,15-dihydrogeranylgeranyl thiolodiphosphate
要素Ent-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic
キーワードISOMERASE / class I and II terpene cyclase fold / class II diterpene cyclase / DXXDD motif / gibberellin biosynthesis / Biosynthesis of ent-copalyl diphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


ent-copalyl diphosphate synthase / ent-copalyl diphosphate synthase activity / gibberellin biosynthetic process / gibberellic acid mediated signaling pathway / terpene synthase activity / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyltransferase - #160 / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase ...: / Glycosyltransferase - #160 / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AG8 / Ent-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Koksal, M. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of ent-Copalyl Diphosphate Synthase from Arabidopsis thaliana, a Protonation-Dependent Diterpene Cyclase
著者: Koksal, M. / Hu, H. / Coates, R.M. / Peters, R.J. / Christianson, D.W.
履歴
登録2010年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ent-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6404
ポリマ－84,8401
非ポリマー8003
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.316, 114.314, 129.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ent-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic / AtCPS / Ent-CDP synthase / Ent-kaurene synthase A / KSA


分子量: 84840.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: vector: pET22bTV is a derivative of pET22b
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At4g02780, GA1, T5J8.9, TPSGA1 / プラスミド: pET22bCV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): OverExpress C41 (DE3) / 参照: UniProt: Q38802, ent-copalyl diphosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-AG8 / S-[(2E,6E,10E)-14-(dimethylamino)-3,7,11-trimethyltetradeca-2,6,10-trien-1-yl] trihydrogen thiodiphosphate / りん酸[[[(2E,6E,10E)-14-(ジメチルアミノ)-3,7,11-トリメチル-2,6,10-テトラデカトリエ(以下略)


分子量: 469.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H37NO6P2S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.02 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 100 mM sodium citrate (pH 5.4), 30 % polyethylene glycol 400, 200 mM KH2PO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月11日 / 詳細: Kirpatrick Baez focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator (Kohzu HLD8-24 Monochromator)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 38730 / Num. obs: 38730 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 11.049
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.048 / Num. unique all: 3758 / Rsym value: 0.78 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
APS24IDC Softwareデータ収集
PHENIX(PHASER)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(PHASER)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3P5P

3p5p


解像度: 2.25→40.359 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1871 5.18 %RANDOM
Rwork0.1725 ---
all0.1756 38730 --
obs0.1756 36117 91.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.82 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3308 Å2-0 Å20 Å2
2---9.14 Å2-0 Å2
3---4.8092 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→40.359 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5642 0 51 263 5956
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055866
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8687919
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5952158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067826
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1998-2.25930.333980.24911813X-RAY DIFFRACTION64
2.2593-2.32580.33131340.22892401X-RAY DIFFRACTION84
2.3258-2.40080.27711380.20042476X-RAY DIFFRACTION87
2.4008-2.48660.26231310.19442470X-RAY DIFFRACTION88
2.4866-2.58620.24231400.1742574X-RAY DIFFRACTION90
2.5862-2.70380.2631490.16952650X-RAY DIFFRACTION93
2.7038-2.84640.25831430.16952675X-RAY DIFFRACTION93
2.8464-3.02460.23951520.17172688X-RAY DIFFRACTION94
3.0246-3.25810.23991500.16842776X-RAY DIFFRACTION96
3.2581-3.58580.23751520.16692848X-RAY DIFFRACTION99
3.5858-4.10420.19411570.13652877X-RAY DIFFRACTION99
4.1042-5.16920.18881610.14832943X-RAY DIFFRACTION100
5.1692-40.36610.22911660.19813055X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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