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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pv7 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of NKp30 ligand B7-H6 | |||||||||
要素 | Ig-like domain-containing protein DKFZp686O24166/DKFZp686I21167 | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / NK cell receptor / receptor-ligand complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Li, Y. | |||||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Structure of the activating natural killer cell receptor NKp30 bound to its ligand B7-H6 reveals basis for tumor cell recognition in humans 著者: Li, Y. / Wang, Q. / Mariuzza, R.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pv7.cif.gz | 55 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pv7.ent.gz | 41 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pv7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/3pv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/3pv7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27816.373 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-262 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pAcGP67-B / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q68D85 | ||
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#3: 糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.18 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 3350, LiCl2, pH 7.0, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.502 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.502 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 21873 / Num. obs: 21807 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.057 / Χ2: 1.167 / Net I/σ(I): 13.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 42.2194 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.22 Å2 / Biso mean: 42.6759 Å2 / Biso min: 25.33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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