PDB-3pss: Crystal Structure of AhQnr, the Qnr protein from Aeromonas hydrop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pss

タイトル

Crystal Structure of AhQnr, the Qnr protein from Aeromonas hydrophila (P21 crystal form)

要素

Qnr

キーワード

CELL CYCLE / pentapeptide repeat / antibiotic resistance / DNA topoisomerase II

機能・相同性

: / Pentapeptide repeats (8 copies) / E3 ubiquitin-protein ligase SopA / Pentapeptide repeat / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta / Qnr

機能・相同性情報

生物種

Aeromonas hydrophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Xiong, X. / Spencer, J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Structural insights into quinolone antibiotic resistance mediated by pentapeptide repeat proteins: conserved surface loops direct the activity of a Qnr protein from a Gram-negative bacterium
著者: Xiong, X. / Bromley, E.H.C. / Oelschlaeger, P. / Woolfson, D.N. / Spencer, J.

履歴

登録	2010年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pss.cif.gz	190.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pss.ent.gz	163.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pss.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pss_validation.pdf.gz	426.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pss_full_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示
XML形式データ	3pss_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	3pss_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/3pss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/3pss	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pszC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xtx-d 3psz-d 5lfv-2 6fls-1 2xtw-2 5dns-1 5lfv-1 6fls-2 5vkm-d 2w7z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Qnr

B: Qnr

48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.230, 57.710, 85.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.96, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	1 - 216
2	1	1	6	B	1 - 216

#1: タンパク質	Qnr 分子量: 24334.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア) 株: hydrophila ATCC 7966 / 遺伝子: AHA_0291 / プラスミド: pET-26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0KF03
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.21 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M bis-tris propane, 0.2M potassium thiocyanate, 20% PEG 3350, 16% glycerol, 40mM DTT, 18mM spermine-HCl Reductively methylated protein, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月18日
放射	モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→49.96 Å / Num. all: 32803 / Num. obs: 32765 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 23.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.562 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 4744 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→49.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 9.545 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23277	1662	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17867	-	-	-
obs	0.18137	31090	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.142 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.78 Å²	0 Å²	-2.09 Å²
2-	-	0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→49.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3382	0	0	302	3684

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	3482
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.211	1.957	4699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.033	3	5701
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.206	5	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.448	25.127	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.174	15	566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.236	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	493
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4068
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	751
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.297	1.5	2149
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.09	1.5	903
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.52	2	3403
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.029	3	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.616	4.5	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2767 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
loose positional	0.63	5
loose thermal	0.82	10

LS精密化シェル

解像度: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	123	-
R_work	0.277	2286	-
obs	-	-	99.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4722	-5.538	0.2445	8.1197	0.1048	4.1305	0.0301	1.143	-0.0593	-0.5723	0.1273	1.1694	0.2579	-1.9979	-0.1574	0.4314	-0.1621	-0.3505	1.7718	0.1953	0.5638	-27.208	14.196	-6.471
2	8.145	5.5843	0.6744	12.8608	-7.1015	22.8077	0.4013	0.4535	-0.5801	-0.3354	-0.3682	-0.1181	0.4018	-0.5114	-0.0331	0.5035	0.181	-0.3711	0.6518	-0.1211	0.4197	-22.108	10.445	-5.669
3	5.6082	-1.4804	2.1586	7.2682	1.0533	6.082	-0.0828	0.2624	0.1072	-0.5318	0.184	0.1456	-0.1506	0.0379	-0.1012	0.2335	-0.0199	-0.1028	0.4883	0.0087	0.2374	-18.198	15.711	-3.509
4	4.3089	-0.2303	0.3291	5.7181	0.8541	4.6668	-0.0177	0.3534	0.0683	-0.2826	-0.0175	0.1271	-0.1405	-0.4292	0.0353	0.1648	0.0251	-0.087	0.4268	0.0106	0.188	-16.332	16.183	2.324
5	4.0236	-0.6622	-0.9672	4.4443	0.8302	7.8915	0.0544	0.3533	0.132	-0.0066	0.0297	0.0463	-0.3712	-0.1724	-0.0841	0.1292	0.0293	-0.0675	0.3163	0.0145	0.211	-12.781	17.606	7.311
6	2.1436	-3.7444	-3.9706	6.1583	6.2877	9.732	0.1219	0.2544	-0.006	-0.1734	-0.3712	0.019	-0.3046	-0.3118	0.2493	0.1998	0.05	-0.0048	0.1431	0.013	0.208	-13.944	21.75	22.405
7	3.1018	0.25	0.5996	1.8421	-0.2759	4.0772	-0.0411	0.5156	0.0905	-0.2266	-0.0624	-0.2493	-0.1049	0.1843	0.1035	0.1595	0.0233	-0.028	0.2704	0.0182	0.2588	-1.868	15.1	10.662
8	9.0359	0.3165	0.8942	1.512	-0.0451	3.11	0.0734	0.4082	0.2505	0.0528	-0.0156	-0.0862	-0.2042	0.1151	-0.0578	0.1805	0.0249	-0.0418	0.1668	0.0747	0.2609	6.75	13.445	18.642
9	11.6622	-0.9448	1.2698	1.8983	-0.1009	1.8652	0.006	0.4057	-0.6017	-0.0689	0.1171	0.0134	0.1773	0.0945	-0.1231	0.1937	0.014	-0.051	0.1364	-0.0157	0.1978	14.738	6.731	21.397
10	2.7762	-0.4365	-0.8436	3.5948	-1.5204	6.2352	0.0049	-0.1581	-0.094	0.708	-0.051	-0.5845	0.0381	0.2023	0.0461	0.267	-0.0254	-0.1907	0.1564	0.0028	0.3319	55.781	8.541	57.903
11	15.6591	6.4438	27.7966	36.5507	22.9098	40.8354	-0.2034	1.285	-0.3344	-0.3903	1.2508	-1.9278	-0.4829	2.075	-1.0474	0.3243	-0.1483	-0.0492	0.4006	0.0137	0.6632	61.564	11.932	51.1
12	2.7589	0.2446	-0.0595	8.1345	-0.9344	5.3551	0.0166	-0.0138	-0.051	0.1876	-0.0225	-0.3204	0.105	0.0855	0.0059	0.0782	-0.0204	-0.1236	0.0437	0.0114	0.2482	52.39	10.725	51.794
13	2.5422	-0.7345	0.775	5.1316	-0.1466	4.295	0.0922	-0.406	-0.0313	0.6498	-0.0593	0.1484	-0.1616	-0.3836	-0.0329	0.1656	-0.0336	-0.0624	0.0793	0.0069	0.2002	45.186	11.876	54.826
14	2.0217	0.4572	1.7091	6.5139	-0.0095	3.0236	-0.0205	0.0816	0.1294	0.0834	-0.0298	-0.0955	-0.1027	0.0005	0.0502	0.0984	-0.0229	-0.0573	0.0141	0.0126	0.1743	45.157	12.347	47.259
15	9.1793	8.6829	-5.362	12.3309	-7.4508	7.612	-0.0727	0.2755	-0.0942	-0.2093	0.1223	-0.0597	0.0526	-0.0704	-0.0496	0.1009	0.0044	-0.0814	0.0115	-0.0002	0.1817	44.626	9.393	41.943
16	1.3508	0.0814	1.0024	3.9702	-1.0432	4.526	-0.0258	0.0425	0.1893	-0.0961	-0.0554	-0.1107	-0.2773	0.084	0.0812	0.107	-0.0157	-0.043	0.0104	-0.0136	0.2042	40.791	16.605	38.874
17	3.9251	0.3923	0.3154	4.9319	0.0499	4.4978	-0.0037	-0.1694	0.1467	0.093	-0.0561	0.1854	-0.0423	-0.3753	0.0598	0.1035	-0.0015	-0.0747	0.0301	-0.0066	0.1859	30.702	12.957	37.299
18	10.1435	-0.2277	1.7748	0.5738	-0.2927	2.7351	0.0067	-0.1619	-0.007	0.0983	0.1156	0.111	-0.0579	-0.3668	-0.1223	0.1704	0.0117	-0.0327	0.0634	0.01	0.2083	18.851	9.097	29.193

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	31 - 56
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	57 - 79
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	80 - 105
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	106 - 117
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	118 - 171
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	172 - 193
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	194 - 216
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	1 - 14
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	15 - 20
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	21 - 41
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	42 - 63
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	64 - 81
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	82 - 92
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	93 - 131
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	132 - 172
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	173 - 216

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)