PDB-3psk: Crystal Structure of the Spt6 Tandem SH2 Domain from Saccharomyce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3psk

タイトル

Crystal Structure of the Spt6 Tandem SH2 Domain from Saccharomyces cerevisiae, Form Native Spt6 (1247-1451)

要素

Transcription elongation factor SPT6

キーワード

TRANSCRIPTION / Tandem SH2 Domain / Transcription Elongation / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription antitermination factor activity, DNA binding / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / regulation of mRNA 3'-end processing / nucleosome organization / poly(A)+ mRNA export from nucleus / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / cellular response to stress / nucleosome binding / transcription elongation factor complex / transcription antitermination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Close, D. / Hill, C.P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of the S. cerevisiae Spt6 core and C-terminal tandem SH2 domain.
著者: Close, D. / Johnson, S.J. / Sdano, M.A. / McDonald, S.M. / Robinson, H. / Formosa, T. / Hill, C.P.

履歴

登録	2010年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3psk.cif.gz	477.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3psk.ent.gz	403.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3psk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/3psk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/3psk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3psfC 3psiC 3psjSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fid-d 4c9f-2 6ya0-2 1qyr-1 6isl-1 6kl6-2 4dx2-2 2y39-1 3omc-1 3e8t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcription elongation factor SPT6

B: Transcription elongation factor SPT6

C: Transcription elongation factor SPT6

D: Transcription elongation factor SPT6

ヘテロ分子

101 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcription elongation factor SPT6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcription elongation factor SPT6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Transcription elongation factor SPT6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Transcription elongation factor SPT6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

B: Transcription elongation factor SPT6

ヘテロ分子

C: Transcription elongation factor SPT6

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
50.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

A: Transcription elongation factor SPT6

ヘテロ分子

D: Transcription elongation factor SPT6

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
50.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.778, 105.176, 119.481
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Transcription elongation factor SPT6 / Chromatin elongation factor SPT6 分子量: 25065.430 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 1247-1451 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288C / 遺伝子: SPT6, CRE2, SSN20, YGR116W, G6169 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P23615
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.17 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Tris pH5.5 25% PEG 3350 0.2M (NH4)2SO4 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月1日

放射

モノクロメーター: Varimax confocal optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 58489 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Χ²: 0.978 / Net I/σ(I): 15.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.18	4.3	0.478	5752	1.033	1	99.2
2.18-2.26	4.3	0.358	5731	1.06	1	99
2.26-2.37	4.4	0.275	5743	1.058	1	99.2
2.37-2.49	4.4	0.221	5781	1.052	1	99.4
2.49-2.65	4.5	0.171	5813	1.044	1	99.6
2.65-2.85	4.5	0.128	5824	1.008	1	99.7
2.85-3.14	4.5	0.089	5857	0.961	1	100
3.14-3.59	4.5	0.061	5890	0.857	1	99.9
3.59-4.52	4.5	0.047	5935	0.826	1	99.9
4.52-30	4.2	0.042	6163	0.899	1	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	29.45 Å
Translation	2.5 Å	29.45 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	1.3.3	位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PSJ

3psj

解像度: 2.1→28.229 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.03 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2134	1931	3.43 %	Random
R_work	0.1841	-	-	-
obs	0.1851	56332	95.93 %	-
all	-	58263	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.727 Å² / k_sol: 0.423 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 179.27 Å² / B_iso mean: 50.7154 Å² / B_iso min: 19.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3119 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.9742 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.2861 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.229 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6444	0	60	280	6784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6652
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.687	8998
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	946
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1140
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.706	2464

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1735	0.2641	179	0.2241	4996	5175	89
2.1735-2.2605	0.244	190	0.2071	5119	5309	92
2.2605-2.3634	0.2699	181	0.2004	5219	5400	93
2.3634-2.4879	0.2607	186	0.2025	5358	5544	95
2.4879-2.6437	0.2395	192	0.1904	5407	5599	96
2.6437-2.8476	0.2261	195	0.194	5467	5662	97
2.8476-3.1338	0.2429	195	0.188	5560	5755	98
3.1338-3.5865	0.216	200	0.1802	5651	5851	99
3.5865-4.5156	0.1736	203	0.1572	5713	5916	100
4.5156-28.2312	0.1975	210	0.1898	5911	6121	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.28	1.9511	0.0821	4.5086	-0.8793	1.3633	-1.0059	0.7055	0.4026	-0.9254	0.4792	-0.6677	-0.1573	-0.1631	0.4574	0.3406	-0.0195	-0.0093	0.3074	-0.0254	0.3987	41.3392	-8.6429	59.5431
2	0.3091	0.0448	-0.2021	3.0456	-0.0802	1.9456	0.0558	-0.2519	-0.0448	0.1336	-0.1846	-0.5738	0.2595	0.3683	0.1231	0.2932	0.0034	0.0277	0.3239	-0.0231	0.332	40.5599	-8.8044	44.2
3	2.6006	0.131	0.3258	0.6728	1.2324	1.8255	-0.217	0.0362	0.0932	-0.2301	0.1171	-0.1318	-0.3503	0.1291	0.0517	0.2834	-0.0432	-0.0215	0.2567	-0.016	0.2653	33.5286	-0.374	44.9505
4	0.1674	-0.213	0.6499	0.9285	-0.3633	1.5433	0.0411	-0.0524	0.0184	-0.1084	0.012	0.1566	0.0109	-0.1242	-0.0159	0.2145	-0.0286	-0.0055	0.2469	0.0013	0.3036	28.5547	-16.1531	46.1648
5	1.0191	-0.8504	0.4776	1.4268	0.3155	0.5037	0.0699	0.0871	0.2196	-0.2687	-0.3141	-0.1167	-0.2118	-0.3659	0.2341	0.2737	0.0666	-0.0352	0.2782	-0.0469	0.2601	18.2612	5.8563	35.2856
6	5.4842	-1.6013	1.7691	5.1432	-1.5705	3.6262	0.1406	-0.0845	0.0987	0.7995	0.0196	0.3096	-0.3892	0.2234	-0.1127	0.448	0.1702	-0.0298	0.4622	-0.069	0.4938	10.5647	23.3721	39.4746
7	2.4508	0.5875	-0.0845	1.7607	-1.5191	0.7445	0.1131	-0.3313	0.5568	0.4052	0.0687	0.238	-0.1552	-0.4234	-0.0854	0.3975	0.1295	0.0007	0.3416	-0.0783	0.4116	13.1135	11.8313	42.0905
8	0.0938	-0.4115	-0.2348	3.8498	-0.1188	0.9204	-0.1253	-0.0483	0.2163	1.1079	0.1918	0.7316	-0.5736	-0.2662	-0.0957	0.5829	0.2765	0.1627	0.5041	0.0051	0.558	5.3287	15.5726	45.4601
9	0.0798	-0.0153	-0.1269	1.9304	0.3205	1.4796	-0.2211	-0.296	-0.3175	0.0693	0.213	0.7994	-0.3132	-0.8158	0.0421	0.2682	0.0748	0.0006	0.4266	0.0125	0.4759	9.6677	-1.0285	40.2667
10	0.0843	0.2155	-0.428	0.6405	-0.5815	3.5341	-0.0877	0.7245	1.211	-0.0503	0.0105	0.4849	0.2747	-0.9725	-0.1364	0.3789	0.1594	-0.0439	0.6998	-0.1571	0.9323	-1.5325	6.4531	41.8108
11	0.4873	0.6022	0.5541	0.3076	0.4179	1.1167	-0.0155	-0.2588	-0.0448	-0.0339	0.014	0.3622	-0.21	0.2309	0.0664	0.3011	-0.0063	-0.0171	0.3551	-0.0131	0.4309	-1.5134	-9.4649	7.9941
12	0.8345	0.4297	-0.1839	0.7423	-0.6302	0.6668	-0.216	0.109	0.06	0.057	0.1121	0.1754	-0.1902	-0.1649	0.0779	0.2168	0.0445	-0.042	0.2334	-0.0198	0.3095	4.7239	-0.9637	14.867
13	1.0206	0.908	0.6495	2.2834	0.3156	0.8934	-0.2795	0.1005	0.1575	-0.1971	0.3464	-0.1714	-0.2956	0.4738	0.0172	0.3264	0.006	-0.0568	0.2885	-0.0052	0.2425	11.36	1.7777	13.9763
14	1.8298	-0.4993	0.5295	0.0567	-0.1849	1.491	-0.0666	0.1865	-0.2105	0.0844	0.1419	0.0658	0.3306	0.0023	-0.0614	0.2921	0.0098	-0.0167	0.2288	-0.0146	0.3466	9.4392	-17.888	10.1741
15	1.2138	1.7173	1.4647	3.2591	1.8057	1.7089	0.3303	-0.1067	0.0056	0.6173	-0.2537	0.1998	0.4511	-0.0231	-0.1106	0.3317	-0.0019	-0.0398	0.2713	-0.0029	0.292	16.3359	-7.3395	22.5751
16	2.503	0.0295	0.211	2.507	0.5618	0.2071	0.0282	-0.6261	0.2857	0.5602	0.0958	0.1679	-0.15	-0.2637	0.0313	0.3203	-0.0847	-0.0159	0.4329	0.0358	0.2667	25.7145	11.9166	23.2107
17	1.3207	0.7769	-0.3428	2.6182	0.456	0.6432	-0.1101	0.2735	0.1082	-0.4814	0.1535	-0.2716	-0.2164	-0.0756	-0.0828	0.3495	-0.0444	-0.0247	0.3232	-0.0083	0.3657	34.4365	21.5013	20.1149
18	0.9143	0.5558	-0.8396	2.6359	0.0256	0.4534	0.1007	-0.0137	-0.001	-0.41	0.0026	-0.4566	-0.2635	0.0977	-0.0834	0.3533	-0.0405	-0.0028	0.3165	0.0589	0.356	31.5162	11.5237	15.0984
19	0.8334	-0.115	-0.9942	2.2419	0.014	2.0557	0.0183	-0.0795	0.0209	-0.1468	-0.1152	-0.5214	-0.1255	0.5423	0.1212	0.2269	0.0298	-0.0242	0.3204	0.0434	0.34	30.7235	-2.2299	18.3227
20	0.2629	0.6716	-0.453	1.9655	-0.2113	4.3376	-0.9155	-0.7411	1.3755	0.4519	0.0539	-1.2289	0.73	0.9071	0.9142	0.2703	0.0563	0.0505	0.551	0.1363	0.7533	42.5742	3.3801	16.9799
21	1.4074	0.0652	-0.4104	0.9995	0.7049	2.5259	-0.2408	0.4458	-0.1402	-0.287	-0.0699	0.2956	-0.1585	-0.6419	0.2364	0.3423	0.0528	-0.0063	0.4269	-0.0541	0.3831	28.871	-35.1291	-0.1357
22	0.1874	0.269	-0.0401	1.1976	1.2651	0.907	-0.0023	-0.1129	-0.0287	0.2413	-0.0823	-0.0019	0.0936	0.1203	0.0252	0.3317	0.0799	-0.0111	0.2611	-0.0173	0.3379	39.1448	-34.9119	7.7846
23	0.6666	1.0668	1.3938	3.292	1.726	4.1931	0.4315	0.3469	-0.1333	0.0985	-0.3846	0.6337	0.6759	-0.8097	0.0609	0.4225	0.0599	0.0387	0.4426	-0.0602	0.4864	22.1806	-34.6693	7.9048
24	3.8545	0.461	0.6166	0.7623	0.0474	0.1998	0.3422	-0.6217	-0.3763	0.227	-0.1414	0.1512	0.3152	-0.0996	-0.1231	0.3593	0.081	-0.0228	0.3017	0.0123	0.2871	37.2181	-30.8841	13.3063
25	2.0739	0.5482	1.2245	0.4802	1.1454	4.0871	0.0866	0.0494	-0.896	0.118	-0.2555	0.7399	0.7394	-0.3449	0.1366	0.363	0.0482	-0.0081	0.3278	-0.0983	0.515	16.3171	-28.0363	2.8345
26	2.7097	-0.1768	0.523	0.6303	0.2329	1.139	0.0659	0.3584	0.3953	0.0297	-0.1118	0.0486	-0.1106	0.1509	0.017	0.2885	0.0553	0.0174	0.2751	0.0338	0.3129	31.0627	-19.5005	8.5246
27	1.3682	-1.1449	0.3028	2.136	-2.2439	4.5155	0.1292	0.0282	0.1107	-0.1269	-0.4638	-0.3262	0.37	0.8086	0.2305	0.2718	-0.0006	0.0038	0.3875	-0.0078	0.3952	50.3896	-24.0078	28.2859
28	2.1086	0.2285	-2.5748	7.6272	2.5996	4.4741	-0.0831	-0.0006	0.5963	0.2403	0.8711	-1.8074	-0.5799	0.2498	-0.7643	0.3458	-0.0909	-0.0356	0.5222	-0.1838	0.4963	53.6016	-16.37	37.8294
29	1.2721	-0.0691	1.1937	1.0201	0.3765	1.9829	0.1269	-0.3018	-0.1268	-0.0454	0.0364	-0.1851	0.2143	-0.1141	-0.1319	0.2656	0.0445	-0.0417	0.3222	-0.004	0.2763	40.9493	-22.5974	30.9265
30	1.1477	-1.2421	0.2891	1.8375	-0.7831	0.7084	-0.058	-0.1413	0.0149	0.4193	0.0635	-0.0872	-0.1819	0.1237	-0.0201	0.3558	0.0447	-0.024	0.3263	0.0083	0.3777	35.9624	-12.0831	23.8789
31	0.4045	-0.0035	-0.8748	1.9057	-0.6962	1.7976	0.0405	-0.0115	-0.3242	-0.267	-0.027	0.1633	0.0444	0.4507	0.0799	0.2714	-0.1069	0.023	0.2979	-0.0289	0.3956	3.9591	-35.0237	55.4777
32	0.9318	-0.5022	-1.2521	2.4822	0.0047	3.1189	0.0253	-0.1585	-0.3691	-0.4573	-0.0197	0.1831	0.1211	0.597	-0.0691	0.3374	-0.0579	-0.0043	0.2986	-0.031	0.5117	11.9341	-32.4945	51.9126
33	0.5162	-1.0388	0.101	1.9009	0.2745	1.4964	-0.1384	0.2447	-0.0824	-0.0128	0.1429	0.307	0.0374	0.3335	0.0157	0.3168	-0.0892	-0.1114	0.2793	0.016	0.5432	0.1196	-30.0565	46.4258
34	0.469	0.4176	-1.1537	4.1876	-3.5251	4.3323	-0.1995	-0.3467	-0.8844	-0.0113	-0.7725	-1.0023	0.4028	0.341	0.7331	0.3518	-0.0854	0.06	0.3664	0.0774	0.687	21.8428	-28.7473	56.3053
35	1.5454	0.1347	-0.1423	0.371	-0.1739	0.5393	-0.0012	0.2205	0.4126	-0.2238	-0.0963	-0.1091	-0.1032	0.1996	-0.0736	0.2559	-0.1016	0.0324	0.3026	-0.0827	0.4352	12.9322	-19.8474	53.7425
36	1.7886	-1.084	0.6107	0.9932	-0.9017	3.2797	-0.096	-0.0247	0.4514	-0.1052	-0.0797	0.0382	-0.043	-0.6734	0.2229	0.3712	-0.0859	0.0839	0.3499	-0.042	0.504	-6.6863	-17.388	45.4021
37	2.383	-0.2364	0.086	0.6969	-0.5612	2.062	0.0764	0.2228	1.0423	0.1386	0.2049	0.1508	-0.1414	-0.9714	-0.3897	0.3453	-0.0895	0.0001	0.6203	0.1673	0.5205	-16.0094	-25.4779	29.0244
38	0.1057	-0.0221	0.7118	1.2196	0.135	2.6479	0.0195	0.4542	-0.0861	-0.2376	0.5216	0.2124	0.008	0.1925	-0.5092	0.3228	-0.1183	-0.08	0.3723	0.0604	0.5872	-6.7772	-20.1694	29.4046
39	2.0306	0.7223	1.4435	1.6815	-0.3618	1.4775	-0.4075	0.4758	0.7273	0.4029	0.1632	0.0478	-0.8696	0.2182	0.2396	0.3174	-0.1476	-0.0532	0.4247	0.0422	0.606	-0.1474	-11.2533	38.5731
40	5.5377	2.985	3.3878	5.8127	-0.3351	3.4105	0.5588	1.0597	0.1328	1.5111	0.8958	0.0723	0.0838	-0.1544	-0.8202	0.6018	0.0141	0.0844	0.469	0.0822	0.3974	-6.2742	-7.7995	28.3191

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1242:1251)	A	1242 - 1251
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 1252:1264)	A	1252 - 1264
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 1265:1306)	A	1265 - 1306
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 1307:1340)	A	1307 - 1340
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 1341:1361)	A	1341 - 1361
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 1362:1375)	A	1362 - 1375
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 1376:1394)	A	1376 - 1394
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 1395:1410)	A	1395 - 1410
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 1411:1433)	A	1411 - 1433
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 1434:1440)	A	1434 - 1440
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 1242:1258)	B	1242 - 1258
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 1259:1298)	B	1259 - 1298
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 1299:1307)	B	1299 - 1307
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 1308:1329)	B	1308 - 1329
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 1330:1350)	B	1330 - 1350
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 1351:1361)	B	1351 - 1361
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 1362:1378)	B	1362 - 1378
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 1379:1408)	B	1379 - 1408
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 1409:1433)	B	1409 - 1433
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 1434:1440)	B	1434 - 1440
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 1252:1264)	C	1252 - 1264
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 1265:1280)	C	1265 - 1280
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 1281:1292)	C	1281 - 1292
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 1293:1305)	C	1293 - 1305
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain C and resid 1306:1322)	C	1306 - 1322
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 1323:1350)	C	1323 - 1350
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 1351:1371)	C	1351 - 1371
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 1372:1381)	C	1372 - 1381
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 1382:1411)	C	1382 - 1411
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain C and resid 1412:1436)	C	1412 - 1436
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain D and resid 1252:1276)	D	1252 - 1276
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain D and resid 1277:1292)	D	1277 - 1292
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain D and resid 1293:1305)	D	1293 - 1305
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain D and resid 1306:1319)	D	1306 - 1319
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain D and resid 1320:1340)	D	1320 - 1340
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain D and resid 1341:1356)	D	1341 - 1356
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain D and resid 1357:1373)	D	1357 - 1373
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain D and resid 1379:1410)	D	1379 - 1410
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain D and resid 1411:1433)	D	1411 - 1433
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain D and resid 1434:1438)	D	1434 - 1438

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)