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- PDB-3psk: Crystal Structure of the Spt6 Tandem SH2 Domain from Saccharomyce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3psk
タイトルCrystal Structure of the Spt6 Tandem SH2 Domain from Saccharomyces cerevisiae, Form Native Spt6 (1247-1451)
要素Transcription elongation factor SPT6
キーワードTRANSCRIPTION / Tandem SH2 Domain / Transcription Elongation / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription antitermination factor activity, DNA binding / regulation of mRNA 3'-end processing / nucleosome organization / poly(A)+ mRNA export from nucleus / cellular response to stress / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / transcription elongation factor complex / transcription antitermination / transcription elongation by RNA polymerase II ...transcription antitermination factor activity, DNA binding / regulation of mRNA 3'-end processing / nucleosome organization / poly(A)+ mRNA export from nucleus / cellular response to stress / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / transcription elongation factor complex / transcription antitermination / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / G1/S transition of mitotic cell cycle / euchromatin / nucleosome assembly / histone binding / transcription by RNA polymerase II / chromatin remodeling / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Spt6, S1/OB domain / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 ...: / Spt6, S1/OB domain / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 / Helix-hairpin-helix motif / Holliday-junction resolvase-like of SPT6 / Helix-turn-helix DNA-binding domain of SPT6 / Tex-like protein, HTH domain superfamily / Tex-like domain superfamily / Spt6, Death-like domain / : / Tex central region-like / Transcription elongation factor Spt6 / Spt6, SH2 domain, N terminus / Spt6, SH2 domain / SH2 domain / YqgF/RNase H-like domain superfamily / RuvA domain 2-like / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription elongation factor SPT6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Close, D. / Hill, C.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of the S. cerevisiae Spt6 core and C-terminal tandem SH2 domain.
著者: Close, D. / Johnson, S.J. / Sdano, M.A. / McDonald, S.M. / Robinson, H. / Formosa, T. / Hill, C.P.
履歴
登録2010年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation factor SPT6
B: Transcription elongation factor SPT6
C: Transcription elongation factor SPT6
D: Transcription elongation factor SPT6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,41416
ポリマ－100,2624
非ポリマー1,15312
水5,044280
1
A: Transcription elongation factor SPT6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5466
ポリマ－25,0651
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription elongation factor SPT6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5466
ポリマ－25,0651
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcription elongation factor SPT6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1612
ポリマ－25,0651
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Transcription elongation factor SPT6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1612
ポリマ－25,0651
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
B: Transcription elongation factor SPT6
ヘテロ分子

C: Transcription elongation factor SPT6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7078
ポリマ－50,1312
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area21010 Å2
手法PISA
6
A: Transcription elongation factor SPT6
ヘテロ分子

D: Transcription elongation factor SPT6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7078
ポリマ－50,1312
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_546x+1/2,-y-1/2,-z+11
Buried area1730 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area20740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.778, 105.176, 119.481
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Transcription elongation factor SPT6 / Chromatin elongation factor SPT6


分子量: 25065.430 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 1247-1451 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: SPT6, CRE2, SSN20, YGR116W, G6169 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P23615
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.17 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Tris pH5.5 25% PEG 3350 0.2M (NH4)2SO4 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月1日
放射モノクロメーター: Varimax confocal optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 58489 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 0.978 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.184.30.47857521.033199.2
2.18-2.264.30.35857311.06199
2.26-2.374.40.27557431.058199.2
2.37-2.494.40.22157811.052199.4
2.49-2.654.50.17158131.044199.6
2.65-2.854.50.12858241.008199.7
2.85-3.144.50.08958570.9611100
3.14-3.594.50.06158900.857199.9
3.59-4.524.50.04759350.826199.9
4.52-304.20.04261630.899199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.45 Å
Translation2.5 Å29.45 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PSJ

3psj


解像度: 2.1→28.229 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.03 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2134 1931 3.43 %Random
Rwork0.1841 ---
obs0.1851 56332 95.93 %-
all-58263 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.727 Å2 / ksol: 0.423 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 179.27 Å2 / Biso mean: 50.7154 Å2 / Biso min: 19.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3119 Å2-0 Å20 Å2
2---2.9742 Å2-0 Å2
3---4.2861 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.229 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6444 0 60 280 6784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6878998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049946
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7062464
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.17350.26411790.22414996517589
2.1735-2.26050.2441900.20715119530992
2.2605-2.36340.26991810.20045219540093
2.3634-2.48790.26071860.20255358554495
2.4879-2.64370.23951920.19045407559996
2.6437-2.84760.22611950.1945467566297
2.8476-3.13380.24291950.1885560575598
3.1338-3.58650.2162000.18025651585199
3.5865-4.51560.17362030.157257135916100
4.5156-28.23120.19752100.18985911612199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.281.95110.08214.5086-0.87931.3633-1.00590.70550.4026-0.92540.4792-0.6677-0.1573-0.16310.45740.3406-0.0195-0.00930.3074-0.02540.398741.3392-8.642959.5431
20.30910.0448-0.20213.0456-0.08021.94560.0558-0.2519-0.04480.1336-0.1846-0.57380.25950.36830.12310.29320.00340.02770.3239-0.02310.33240.5599-8.804444.2
32.60060.1310.32580.67281.23241.8255-0.2170.03620.0932-0.23010.1171-0.1318-0.35030.12910.05170.2834-0.0432-0.02150.2567-0.0160.265333.5286-0.37444.9505
40.1674-0.2130.64990.9285-0.36331.54330.0411-0.05240.0184-0.10840.0120.15660.0109-0.1242-0.01590.2145-0.0286-0.00550.24690.00130.303628.5547-16.153146.1648
51.0191-0.85040.47761.42680.31550.50370.06990.08710.2196-0.2687-0.3141-0.1167-0.2118-0.36590.23410.27370.0666-0.03520.2782-0.04690.260118.26125.856335.2856
65.4842-1.60131.76915.1432-1.57053.62620.1406-0.08450.09870.79950.01960.3096-0.38920.2234-0.11270.4480.1702-0.02980.4622-0.0690.493810.564723.372139.4746
72.45080.5875-0.08451.7607-1.51910.74450.1131-0.33130.55680.40520.06870.238-0.1552-0.4234-0.08540.39750.12950.00070.3416-0.07830.411613.113511.831342.0905
80.0938-0.4115-0.23483.8498-0.11880.9204-0.1253-0.04830.21631.10790.19180.7316-0.5736-0.2662-0.09570.58290.27650.16270.50410.00510.5585.328715.572645.4601
90.0798-0.0153-0.12691.93040.32051.4796-0.2211-0.296-0.31750.06930.2130.7994-0.3132-0.81580.04210.26820.07480.00060.42660.01250.47599.6677-1.028540.2667
100.08430.2155-0.4280.6405-0.58153.5341-0.08770.72451.211-0.05030.01050.48490.2747-0.9725-0.13640.37890.1594-0.04390.6998-0.15710.9323-1.53256.453141.8108
110.48730.60220.55410.30760.41791.1167-0.0155-0.2588-0.0448-0.03390.0140.3622-0.210.23090.06640.3011-0.0063-0.01710.3551-0.01310.4309-1.5134-9.46497.9941
120.83450.4297-0.18390.7423-0.63020.6668-0.2160.1090.060.0570.11210.1754-0.1902-0.16490.07790.21680.0445-0.0420.2334-0.01980.30954.7239-0.963714.867
131.02060.9080.64952.28340.31560.8934-0.27950.10050.1575-0.19710.3464-0.1714-0.29560.47380.01720.32640.006-0.05680.2885-0.00520.242511.361.777713.9763
141.8298-0.49930.52950.0567-0.18491.491-0.06660.1865-0.21050.08440.14190.06580.33060.0023-0.06140.29210.0098-0.01670.2288-0.01460.34669.4392-17.88810.1741
151.21381.71731.46473.25911.80571.70890.3303-0.10670.00560.6173-0.25370.19980.4511-0.0231-0.11060.3317-0.0019-0.03980.2713-0.00290.29216.3359-7.339522.5751
162.5030.02950.2112.5070.56180.20710.0282-0.62610.28570.56020.09580.1679-0.15-0.26370.03130.3203-0.0847-0.01590.43290.03580.266725.714511.916623.2107
171.32070.7769-0.34282.61820.4560.6432-0.11010.27350.1082-0.48140.1535-0.2716-0.2164-0.0756-0.08280.3495-0.0444-0.02470.3232-0.00830.365734.436521.501320.1149
180.91430.5558-0.83962.63590.02560.45340.1007-0.0137-0.001-0.410.0026-0.4566-0.26350.0977-0.08340.3533-0.0405-0.00280.31650.05890.35631.516211.523715.0984
190.8334-0.115-0.99422.24190.0142.05570.0183-0.07950.0209-0.1468-0.1152-0.5214-0.12550.54230.12120.22690.0298-0.02420.32040.04340.3430.7235-2.229918.3227
200.26290.6716-0.4531.9655-0.21134.3376-0.9155-0.74111.37550.45190.0539-1.22890.730.90710.91420.27030.05630.05050.5510.13630.753342.57423.380116.9799
211.40740.0652-0.41040.99950.70492.5259-0.24080.4458-0.1402-0.287-0.06990.2956-0.1585-0.64190.23640.34230.0528-0.00630.4269-0.05410.383128.871-35.1291-0.1357
220.18740.269-0.04011.19761.26510.907-0.0023-0.1129-0.02870.2413-0.0823-0.00190.09360.12030.02520.33170.0799-0.01110.2611-0.01730.337939.1448-34.91197.7846
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243.85450.4610.61660.76230.04740.19980.3422-0.6217-0.37630.227-0.14140.15120.3152-0.0996-0.12310.35930.081-0.02280.30170.01230.287137.2181-30.884113.3063
252.07390.54821.22450.48021.14544.08710.08660.0494-0.8960.118-0.25550.73990.7394-0.34490.13660.3630.0482-0.00810.3278-0.09830.51516.3171-28.03632.8345
262.7097-0.17680.5230.63030.23291.1390.06590.35840.39530.0297-0.11180.0486-0.11060.15090.0170.28850.05530.01740.27510.03380.312931.0627-19.50058.5246
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310.4045-0.0035-0.87481.9057-0.69621.79760.0405-0.0115-0.3242-0.267-0.0270.16330.04440.45070.07990.2714-0.10690.0230.2979-0.02890.39563.9591-35.023755.4777
320.9318-0.5022-1.25212.48220.00473.11890.0253-0.1585-0.3691-0.4573-0.01970.18310.12110.597-0.06910.3374-0.0579-0.00430.2986-0.0310.511711.9341-32.494551.9126
330.5162-1.03880.1011.90090.27451.4964-0.13840.2447-0.0824-0.01280.14290.3070.03740.33350.01570.3168-0.0892-0.11140.27930.0160.54320.1196-30.056546.4258
340.4690.4176-1.15374.1876-3.52514.3323-0.1995-0.3467-0.8844-0.0113-0.7725-1.00230.40280.3410.73310.3518-0.08540.060.36640.07740.68721.8428-28.747356.3053
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361.7886-1.0840.61070.9932-0.90173.2797-0.096-0.02470.4514-0.1052-0.07970.0382-0.043-0.67340.22290.3712-0.08590.08390.3499-0.0420.504-6.6863-17.38845.4021
372.383-0.23640.0860.6969-0.56122.0620.07640.22281.04230.13860.20490.1508-0.1414-0.9714-0.38970.3453-0.08950.00010.62030.16730.5205-16.0094-25.477929.0244
380.1057-0.02210.71181.21960.1352.64790.01950.4542-0.0861-0.23760.52160.21240.0080.1925-0.50920.3228-0.1183-0.080.37230.06040.5872-6.7772-20.169429.4046
392.03060.72231.44351.6815-0.36181.4775-0.40750.47580.72730.40290.16320.0478-0.86960.21820.23960.3174-0.1476-0.05320.42470.04220.606-0.1474-11.253338.5731
405.53772.9853.38785.8127-0.33513.41050.55881.05970.13281.51110.89580.07230.0838-0.1544-0.82020.60180.01410.08440.4690.08220.3974-6.2742-7.799528.3191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1242:1251)A1242 - 1251
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 1252:1264)A1252 - 1264
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 1265:1306)A1265 - 1306
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 1307:1340)A1307 - 1340
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 1341:1361)A1341 - 1361
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 1362:1375)A1362 - 1375
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 1376:1394)A1376 - 1394
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 1395:1410)A1395 - 1410
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 1411:1433)A1411 - 1433
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 1434:1440)A1434 - 1440
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 1242:1258)B1242 - 1258
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 1259:1298)B1259 - 1298
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 1299:1307)B1299 - 1307
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 1308:1329)B1308 - 1329
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 1330:1350)B1330 - 1350
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 1351:1361)B1351 - 1361
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 1362:1378)B1362 - 1378
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 1379:1408)B1379 - 1408
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 1409:1433)B1409 - 1433
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 1434:1440)B1434 - 1440
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 1252:1264)C1252 - 1264
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 1265:1280)C1265 - 1280
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 1281:1292)C1281 - 1292
24X-RAY DIFFRACTION24(chain C and resid 1293:1305)C1293 - 1305
25X-RAY DIFFRACTION25(chain C and resid 1306:1322)C1306 - 1322
26X-RAY DIFFRACTION26(chain C and resid 1323:1350)C1323 - 1350
27X-RAY DIFFRACTION27(chain C and resid 1351:1371)C1351 - 1371
28X-RAY DIFFRACTION28(chain C and resid 1372:1381)C1372 - 1381
29X-RAY DIFFRACTION29(chain C and resid 1382:1411)C1382 - 1411
30X-RAY DIFFRACTION30(chain C and resid 1412:1436)C1412 - 1436
31X-RAY DIFFRACTION31(chain D and resid 1252:1276)D1252 - 1276
32X-RAY DIFFRACTION32(chain D and resid 1277:1292)D1277 - 1292
33X-RAY DIFFRACTION33(chain D and resid 1293:1305)D1293 - 1305
34X-RAY DIFFRACTION34(chain D and resid 1306:1319)D1306 - 1319
35X-RAY DIFFRACTION35(chain D and resid 1320:1340)D1320 - 1340
36X-RAY DIFFRACTION36(chain D and resid 1341:1356)D1341 - 1356
37X-RAY DIFFRACTION37(chain D and resid 1357:1373)D1357 - 1373
38X-RAY DIFFRACTION38(chain D and resid 1379:1410)D1379 - 1410
39X-RAY DIFFRACTION39(chain D and resid 1411:1433)D1411 - 1433
40X-RAY DIFFRACTION40(chain D and resid 1434:1438)D1434 - 1438

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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