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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3prt | ||||||
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タイトル | Mutant of the Carboxypeptidase T | ||||||
![]() | Carboxypeptidase T | ||||||
![]() | HYDROLASE / peptidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() carboxypeptidase T / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Timofeev, V.I. / Akparov, V.K. / Grishin, A.M. / Kuranova, I.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 154.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1obrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36583.203 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 99-421 / 変異: G313S, A349G, T355A, D358G, T360D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cpt / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 250分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.8 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→20 Å / Num. obs: 61748 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0102 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OBR 解像度: 1.66→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.173 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.66→1.703 Å / Total num. of bins used: 20
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