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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pro | ||||||
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タイトル | ALPHA-LYTIC PROTEASE COMPLEXED WITH C-TERMINAL TRUNCATED PRO REGION | ||||||
要素 | (ALPHA-LYTIC PROTEASE) x 2 | ||||||
キーワード | hydrolase/hydrolase inhibitor / PRO REGION / FOLDASE / PROTEIN FOLDING / SERINE PROTEASE / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alpha-lytic endopeptidase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lysobacter enzymogenes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Sauter, N.K. / Mau, T. / Rader, S.D. / Agard, D.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998 タイトル: Structure of alpha-lytic protease complexed with its pro region. 著者: Sauter, N.K. / Mau, T. / Rader, S.D. / Agard, D.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pro.cif.gz | 140.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pro.ent.gz | 113.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pro.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3pro_validation.pdf.gz | 462.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3pro_full_validation.pdf.gz | 466.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3pro_validation.xml.gz | 28.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3pro_validation.cif.gz | 41.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/3pro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/3pro | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9972, -0.069044, -0.028735), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19815.014 Da / 分子数: 2 / 断片: MATURE PROTEASE / 変異: M158A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lysobacter enzymogenes (バクテリア) 細胞株: B834 / プラスミド: PT7PRO-3 / 細胞内の位置 (発現宿主): CULTURE FILTRATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P00778 #2: タンパク質 | 分子量: 17835.881 Da / 分子数: 2 / 断片: PRO REGION / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lysobacter enzymogenes (バクテリア) 解説: T7 EXPRESSION SYSTEM / 細胞株: B834 / プラスミド: PT7PRO-3 / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODIES / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P00778 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % 解説: STATISTICS INCLUDE 78512 MEASUREMENTS MADE ON ROTATING ANODE SOURCE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.25 / 詳細: pH 6.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 7 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: used to seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月5日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→67.4 Å / Num. obs: 255283 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.46 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 95.5 |
反射 | *PLUS Num. obs: 73741 / Num. measured all: 176771 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1TAL 解像度: 1.8→67.4 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→67.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.81 Å / Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.25 / Total num. of bins used: 50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.854 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.25 |