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- PDB-3pqy: Crystal Structure of 6218 TCR in complex with the H2Db-PA224 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pqy
タイトルCrystal Structure of 6218 TCR in complex with the H2Db-PA224
要素
  • (T cell receptor ...) x 2
  • 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / H2Db / influenza / TCR / T cell / PA epitope / repertoire / viral immunity / chimeric TCR
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cap snatching / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / immune system process ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cap snatching / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / immune system process / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / endonuclease activity / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / learning or memory / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / external side of plasma membrane / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus ...: / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 21-DV12 / T cell receptor beta variable 29 / Human nkt tcr beta chain / T-cell receptor, sp3.4 alpha chain / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.192 Å
データ登録者Gras, S. / Guillonneau, C. / Turner, S.J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural basis for enabling T-cell receptor diversity within biased virus-specific CD8+ T-cell responses
著者: Day, E.B. / Guillonneau, C. / Gras, S. / La Gruta, N.L. / Vignali, D.A.A. / Doherty, P.C. / Purcell, A.W. / Rossjohn, J. / Turner, S.J.
履歴
登録2010年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年6月18日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42020年2月12日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.details ..._entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num
改定 1.52023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase
D: T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain
E: T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain
F: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase
I: T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain
J: T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain
K: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
M: 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase
N: T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain
O: T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain
P: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
Q: Beta-2-microglobulin
R: 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase
S: T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain
T: T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)376,42920
ポリマ－376,42920
非ポリマー00
水28816
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase
D: T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain
E: T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1075
ポリマ－94,1075
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase
I: T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain
J: T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1075
ポリマ－94,1075
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
M: 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase
N: T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain
O: T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1075
ポリマ－94,1075
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
P: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
Q: Beta-2-microglobulin
R: 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase
S: T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain
T: T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1075
ポリマ－94,1075
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.893, 199.063, 202.465
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 AFKPBGLQ

#1: タンパク質
H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32030.648 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 26-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887

-
T cell receptor ... , 2種, 8分子 DINSEJOT

#4: タンパク質
T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain / alpha chain of the 6218-TCR


分子量: 21609.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimeric construct with mouse variable domain and human constant domain
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Trav21-dv12 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A075B6C4, UniProt: K7N5N2
#5: タンパク質
T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain / beta chain of the 6218-TCR


分子量: 27575.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimeric construct with mouse variable domain and human constant domain
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Trbv29, B2M, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G2LB96, UniProt: K7N5M4

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 20分子 CHMR

#3: タンパク質・ペプチド
10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase


分子量: 1186.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P13175*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE OF ENTITY 3 IS THE SAME AS RESIDUES 224-233 OF POLYMERASE FROM INFLUENZA A VIRUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 10-14% PEG 3350, 0.2M KCN, 0.1M Bis Tris Propane pH 6.8, 5% glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.192→100 Å / Num. obs: 70035 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 12.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.1_357精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1YN6 and 1KGC

1yn6

1kgc


解像度: 3.192→49.608 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3161 3538 5.06 %
Rwork0.2457 --
obs0.2493 69866 97.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.468 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 348.23 Å2 / Biso mean: 86.9781 Å2 / Biso min: 13.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.0712 Å2-0 Å20 Å2
2---16.6424 Å2-0 Å2
3---11.5712 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.192→49.608 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25940 0 0 16 25956

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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