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万見
- PDB-3pqk: Crystal Structure of the transcriptional repressor BigR from Xyle... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pqk
タイトルCrystal Structure of the transcriptional repressor BigR from Xylella fastidiosa
要素Biofilm growth-associated repressor
キーワードTRANSCRIPTION / helix-turn-helix motif / winged-helix fold / transcriptional repressor / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix domain / : / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Helix-turn-helix domain / : / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Biofilm growth-associated repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Xylella fastidiosa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Benedetti, C.E. / Guimaraes, B.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Plant Pathogenic Bacteria Utilize Biofilm Growth-associated Repressor (BigR), a Novel Winged-helix Redox Switch, to Control Hydrogen Sulfide Detoxification under Hypoxia.
著者: Guimaraes, B.G. / Barbosa, R.L. / Soprano, A.S. / Campos, B.M. / de Souza, T.A. / Tonoli, C.C. / Leme, A.F. / Murakami, M.T. / Benedetti, C.E.
履歴
登録2010年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月3日Group: Database references
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biofilm growth-associated repressor
B: Biofilm growth-associated repressor
C: Biofilm growth-associated repressor
D: Biofilm growth-associated repressor
E: Biofilm growth-associated repressor
F: Biofilm growth-associated repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3976
ポリマ－69,3976
非ポリマー00
水2,396133
1
A: Biofilm growth-associated repressor
B: Biofilm growth-associated repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1322
ポリマ－23,1322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10870 Å2
手法PISA
2
C: Biofilm growth-associated repressor
D: Biofilm growth-associated repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1322
ポリマ－23,1322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area11000 Å2
手法PISA
3
E: Biofilm growth-associated repressor
F: Biofilm growth-associated repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1322
ポリマ－23,1322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area10820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.230, 34.230, 140.830
Angle α, β, γ (deg.)90.03, 90.00, 120.03
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Biofilm growth-associated repressor


分子量: 11566.209 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 13-114 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xylella fastidiosa (バクテリア) / 遺伝子: bigR, XF_0767 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9PFB1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.76 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 0.97954 / 波長: 0.97954, 0.9795, 0.9797, 0.9282
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月20日
放射モノクロメーター: Si 111 DCM / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979541
20.97951
30.97971
40.92821
反射解像度: 2.09→45 Å / Num. all: 32752 / Num. obs: 30801 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 30.48 Å2 / Net I/σ(I): 11.33
反射 シェル解像度: 2.09→2.22 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHARP位相決定
BUSTER2.9.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.09→18.49 Å / SU R Cruickshank DPI: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2422 1539 5 %RANDOM
Rwork0.2095 ---
obs0.2111 30782 93.95 %-
all-30782 --
原子変位パラメータBiso mean: 37.4 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.282 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→18.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4603 0 0 133 4736
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0146512
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0362902
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16802
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1322
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes6695
X-RAY DIFFRACTIONt_it465120
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.55
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.66
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion6405
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact55804
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.16 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2768 145 4.98 %
Rwork0.2461 2769 -
all0.2476 2914 -
obs--93.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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