PDB-3ppm: Crystal Structure of a Noncovalently Bound alpha-Ketoheterocycle ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ppm

タイトル

Crystal Structure of a Noncovalently Bound alpha-Ketoheterocycle Inhibitor (Phenhexyl/Oxadiazole/Pyridine) to a Humanized Variant of Fatty Acid Amide Hydrolase

要素

Fatty-acid amide hydrolase 1

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / protein-inhibitor complex / FAAH / oxazole / oxadiazole / endocannabinoid degradation / membrane protein / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Arachidonic acid metabolism / fatty acid amide hydrolase / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds / organelle membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Mileni, M. / Han, G.W. / Boger, D.L. / Stevens, R.C.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Fluoride-mediated capture of a noncovalent bound state of a reversible covalent enzyme inhibitor: X-ray crystallographic analysis of an exceptionally potent alpha-ketoheterocycle ...
著者: Mileni, M. / Garfunkle, J. / Ezzili, C. / Cravatt, B.F. / Stevens, R.C. / Boger, D.L.

履歴

登録	2010年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ppm.cif.gz	450.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ppm.ent.gz	369.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ppm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ppm_validation.pdf.gz	940.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ppm_full_validation.pdf.gz	948 KB	表示
XML形式データ	3ppm_validation.xml.gz	49.4 KB	表示
CIF形式データ	3ppm_validation.cif.gz	75.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3pr0C 2wj1S 2wj2 3k7f 3k83 3k84 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lj7-d 3k83-d 3pr0-d 3lj6-d 4do3-d 1mt5-1 3k84-d 3qj9-d 3qkv-d 2wap-d 1mt5-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fatty-acid amide hydrolase 1

B: Fatty-acid amide hydrolase 1

ヘテロ分子

128 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.692, 103.692, 254.705
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Fatty-acid amide hydrolase 1 / Anandamide amidohydrolase 1 / Oleamide hydrolase 1 分子量: 63111.664 Da / 分子数: 2 / 断片: deltaTM-FAAH, UNP residues 30-579 / 変異: L192F, F194Y, A377T, S435N, I491V, V495M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Faah, faah-1, Faah1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI / 参照: UniProt: P97612, fatty acid amide hydrolase

#1: タンパク質

Fatty-acid amide hydrolase 1 / Anandamide amidohydrolase 1 / Oleamide hydrolase 1

分子量: 63111.664 Da / 分子数: 2 / 断片: deltaTM-FAAH, UNP residues 30-579 / 変異: L192F, F194Y, A377T, S435N, I491V, V495M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Faah, faah-1, Faah1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI / 参照: UniProt: P97612, fatty acid amide hydrolase

-
非ポリマー , 6種, 1066分子

#2: 化合物	ChemComp-JG1 / 7-phenyl-1-[5-(pyridin-2-yl)-1,3,4-oxadiazol-2-yl]heptan-1-one / 5-(2-ピリジニル)-2-(7-フェニルヘプタノイル)-1,3,4-オキサジアゾ-ル分子量: 335.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₁N₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド分子量: 18.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-1DO / 1-DODECANOL / 1-ドデカノ-ル分子量: 186.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1054 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.72 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 30% PEG400, 100 mM Mes pH 5.5, 100 mM KCl, 200 mM NaCl, 100 mM NaF, and 8% polypropylene glycol-P400, VAPOR DIFFUSION, temperature 287K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月21日
放射	モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→33.94 Å / Num. all: 152465 / Num. obs: 151855 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 22.4 Å² / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 7439 / R_sym value: 0.454 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WJ1

2wj1

解像度: 1.78→33.94 Å / SU ML: 0.2
Isotropic thermal model: isotropic + 16 groups tls (8 each monomer)
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1764	7621	5.02 %	Copied set from model
R_work	0.1512	-	-	-
obs	0.1525	151735	99.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.846 Å² / k_sol: 0.338 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.6249 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.6249 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.2497 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→33.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8421	0	96	1054	9571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8866
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.081	12047
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.542	3400
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1343
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1559

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.8002	0.2932	244	0.2756	4677	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8002-1.8214	0.2896	249	0.2522	4805	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8214-1.8436	0.2595	261	0.2227	4737	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8436-1.8669	0.2363	267	0.2112	4761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8669-1.8915	0.2344	252	0.1898	4764	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8915-1.9174	0.1981	242	0.1722	4780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9174-1.9448	0.1967	226	0.1632	4785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9448-1.9738	0.1857	244	0.1619	4799	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9738-2.0047	0.2067	253	0.1536	4778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0047-2.0375	0.1805	251	0.1502	4815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0375-2.0727	0.1813	251	0.1449	4759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0727-2.1104	0.1836	247	0.143	4808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1104-2.1509	0.1636	252	0.1411	4769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1509-2.1948	0.1754	255	0.1363	4800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1948-2.2426	0.1451	276	0.1395	4755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2426-2.2947	0.185	236	0.1423	4836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2947-2.3521	0.1801	265	0.1427	4786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3521-2.4157	0.1901	269	0.1411	4784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4157-2.4867	0.1624	269	0.135	4752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4867-2.567	0.1712	243	0.1424	4851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.567-2.6587	0.1739	269	0.1468	4798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6587-2.7651	0.1973	258	0.1513	4807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7651-2.8909	0.1724	248	0.1516	4861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8909-3.0432	0.1756	239	0.1566	4865	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0432-3.2337	0.1702	273	0.1501	4814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2337-3.4831	0.1495	258	0.1469	4838	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4831-3.8332	0.1562	247	0.1374	4872	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8332-4.3869	0.1735	254	0.137	4859	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3869-5.5232	0.1483	267	0.1335	4859	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5232-33.9473	0.184	256	0.1727	4940	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8273	0.0721	0.385	0.9411	0.3527	0.435	-0.048	0.4349	-0.0302	-0.3739	-0.0432	0.2082	-0.0576	-0.0704	0.0645	0.2877	-0.027	-0.0949	0.3525	0.0248	0.2005	23.2008	-33.8612	-14.42
2	1.0338	-0.3517	0.2695	1.6312	-0.4897	0.7429	-0.0961	0.1938	0.0945	-0.2367	0.0267	0.2746	-0.2312	-0.1918	0.0357	0.1882	0.0243	-0.064	0.1958	0.0467	0.1733	24.918	-19.2981	-5.1822
3	0.1482	-0.2547	-0.2063	1.9378	0.6086	0.5699	0.0256	0.1208	-0.0464	-0.0357	-0.1238	0.2632	0.0359	-0.2947	0.0993	0.1576	-0.0128	-0.0206	0.2445	-0.015	0.1904	23.2645	-37.2489	0.4736
4	0.2122	-0.0671	0.1099	0.4714	0.1597	0.4161	-0.0095	0.0993	-0.0147	-0.0759	0.0062	0.0286	-0.018	-0.0084	-0.001	0.1426	-0.0129	-0.0029	0.1758	0.0075	0.1267	34.101	-33.5383	2.597
5	0.2034	0.133	0.2039	0.072	0.1323	0.7582	-0.0198	-0.0013	0.022	0.0052	-0.0137	0.0406	-0.1087	-0.0525	0.0266	0.1623	0.0099	0.0057	0.1661	0.0257	0.161	29.1939	-24.349	14.2577
6	0.2445	0.0898	-0.0552	0.7656	0.1208	0.6196	-0.0035	0.0271	-0.0333	-0.0131	0.0134	-0.0937	0.0043	0.1321	-0.0006	0.0837	-0.0168	0.0093	0.1446	0.0095	0.1147	48.5264	-34.8416	10.9307
7	1.6524	-0.4314	-1.1985	0.3893	0.2544	1.5111	-0.0614	-0.0972	-0.1753	-0.0119	-0.0979	-0.1231	0.2776	0.2012	0.1333	0.1614	0.0462	0.0285	0.1589	0.0239	0.1811	48.4145	-54.7916	16.417
8	0.4207	-0.0053	-0.0247	0.4514	-0.1555	0.7156	0.0019	0.0283	0.0242	-0.0453	0.0146	-0.0674	-0.0437	0.1257	-0.0076	0.1145	-0.0188	0.0179	0.1615	0.0038	0.1263	50.2792	-30.0279	8.8301
9	0.1796	0.1339	0.2375	0.3026	-0.1496	0.7784	0.0605	-0.1151	-0.0475	0.0413	-0.2304	-0.0347	-0.0622	-0.1118	0.1323	0.1606	-0.0044	-0.027	0.2599	-0.0026	0.1723	40.843	-38.4508	64.3126
10	0.7146	0.4592	0.0731	0.8862	0.1986	0.7297	-0.0385	-0.1336	0.0831	0.163	0.0299	-0.08	-0.2022	0.0557	0.0144	0.1667	-0.0175	-0.0063	0.1808	-0.0306	0.16	33.8897	-24.4606	57.7939
11	0.0147	-0.0517	-0.0445	1.4403	-0.1975	0.2295	0.039	-0.0235	0.0121	0.0379	-0.0895	-0.2253	-0.0183	0.1358	0.0458	0.1006	-0.0031	-0.0069	0.1634	0.0087	0.1498	41.8873	-39.5421	48.7588
12	0.1143	-0.0477	0.0527	0.2338	-0.1012	0.347	-0.0071	-0.0347	-0.0417	-0.0008	-0.0005	-0.0135	0.0166	-0.0059	0.0047	0.1094	-0.0033	0.0059	0.1528	0.0008	0.1399	30.3095	-39.31	47.062
13	0.1585	-0.0333	0.2053	0.1726	-0.1807	0.6648	0.0017	-0.0046	0.0514	-0.0022	0.0108	0.038	-0.0582	0.0101	0.005	0.1433	-0.0078	0.0064	0.1601	0.0022	0.1491	30.8664	-26.5377	37.8408
14	0.3619	0.0669	-0.0494	0.4113	-0.0182	0.4272	-0.0176	0.0346	-0.0158	-0.0035	0.0263	0.0743	0.0325	-0.1153	-0.0087	0.0782	-0.0135	0.0118	0.1339	-0.0035	0.1078	17.2915	-44.3381	38.1685
15	1.6743	0.3447	-0.8718	0.1403	-0.3352	0.7583	-0.1751	0.2517	-0.3421	-0.0425	-0.0203	-0.0066	0.2618	-0.1922	0.1967	0.1806	-0.0574	0.0627	0.1154	-0.0694	0.1974	24.2353	-61.0169	28.7098
16	0.5223	0.096	-0.1111	0.3483	-0.0985	0.3406	0.0064	0.0109	0.007	0.0045	0.015	0.0434	-0.0099	-0.0859	-0.0176	0.0402	-0.0032	0.0087	0.1105	0.0017	0.0784	13.7315	-40.9369	41.0943

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 33:70)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 71:134)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 135:165)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 166:276)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 277:315)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 316:410)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 411:451)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 452:578)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 33:70)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 71:134)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 135:165)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 166:276)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 277:315)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 316:410)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 411:451)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 452:577)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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