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- PDB-3pp7: Crystal structure of Leishmania mexicana pyruvate kinase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pp7
タイトルCrystal structure of Leishmania mexicana pyruvate kinase in complex with the drug suramin, an inhibitor of glycolysis.
要素Pyruvate kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TIM Barrel / Glycolysis / ADP/ATP binding / Cytosol / symmetric drug / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / pyrene-1,3,6,8-tetrasulfonic acid / Chem-SVR / Pyruvate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Morgan, H.P. / Auld, D.S. / McNae, I.W. / Nowicki, M.W. / Michels, P.A.M. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The trypanocidal drug suramin and other trypan blue mimetics are inhibitors of pyruvate kinases and bind to the adenosine site.
著者: Morgan, H.P. / McNae, I.W. / Nowicki, M.W. / Zhong, W. / Michels, P.A. / Auld, D.S. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2010年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月3日Group: Database references
改定 1.32011年9月21日Group: Database references
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,83410
ポリマ－108,6732
非ポリマー2,1608
水7,855436
1
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
ヘテロ分子

A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,66820
ポリマ－217,3474
非ポリマー4,32116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.770, 129.480, 165.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pyruvate kinase / PK


分子量: 54336.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
株: BEL46 / 遺伝子: PYK / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: Q27686, pyruvate kinase

-
非ポリマー , 5種, 444分子

#2: 化合物 ChemComp-PTK / pyrene-1,3,6,8-tetrasulfonic acid / 1,3,6,8-pyrenetetrasulfonic acid / 1,3,6,8-ピレンテトラスルホン酸


分子量: 522.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H10O12S4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-SVR / 8,8'-[CARBONYLBIS[IMINO-3,1-PHENYLENECARBONYLIMINO(4-METHYL-3,1-PHENYLENE)CARBONYLIMINO]]BIS-1,3,5-NAPHTHALENETRISULFON IC ACID / SURAMIN / スラミン


分子量: 1297.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H40N6O23S6 / コメント: 薬剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.2
詳細: 7 12 % PEG 8,000, 20 mM triethanolamine-HCl buffer (pH 7.2), 50 mM MgCl2, 100 mM KCl and 10% glycerol, EVAPORATION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月11日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→49.57 Å / Num. obs: 54542 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2.35 / Observed criterion σ(I): 2.35 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.024 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 7772 / Rsym value: 0.146 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PKL

1pkl


解像度: 2.35→44.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 13.328 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23119 2761 5.1 %RANDOM
Rwork0.19144 ---
obs0.19342 51776 98.01 %-
all-54537 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.735 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→44.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7519 0 89 436 8044
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0227730
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1241.96610484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4435984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.59524.751341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.684151325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.91548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215806
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4391.54895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84827910
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.23532835
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1454.52574
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 785 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.020.05
tight thermal0.040.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 192 -
Rwork0.222 3710 -
obs--96.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.07720.1791-0.32650.5984-0.24091.2744-0.0245-0.0318-0.1248-0.01780.0073-0.2260.07830.28110.01720.10550.0225-0.01630.1817-0.05320.202740.952231.95672.4569
23.279-0.05283.03874.34450.66878.78040.1706-0.03490.16870.2831-0.1392-0.1938-0.01680.0649-0.03140.2123-0.10560.01310.0982-0.07180.122939.612960.692626.7778
30.93520.2012-0.36061.10540.02241.59140.04020.03710.1412-0.04560.0288-0.1289-0.3010.1811-0.0690.1791-0.0501-0.00460.1234-0.0260.199732.276648.19414.6159
41.00210.1344-0.01360.6324-0.00111.7114-0.0451-0.0007-0.031-0.0230.0497-0.06760.0428-0.0085-0.00450.16920.005-0.00880.1437-0.01930.208726.560230.12670.9733
52.0565-0.0304-0.37630.77010.03271.2258-0.02330.4533-0.1277-0.21510.12450.02050.1596-0.0334-0.10110.1708-0.0164-0.00160.1975-0.04690.14129.132327.6725-17.5805
60.74690.1555-0.22780.3648-0.03831.66280.025-0.1727-0.00590.14520.0349-0.0827-0.04-0.0044-0.05990.19140.0196-0.05960.18010.01060.169715.778429.542737.7618
78.23752.9987-4.71661.2275-1.71922.7881-0.5282-1.128-1.6243-0.2271-0.3888-1.03230.49781.00770.9171.3070.7476-0.00281.65950.06111.78538.42080.456430.0609
80.9503-0.02680.00180.7826-0.19341.48480.0169-0.1378-0.14560.05420.0386-0.05180.2060.0316-0.05550.19780.0115-0.05140.12740.02770.167817.312820.918528.2654
92.2443-0.250.46111.2781-0.02112.58970.0273-0.1443-0.11570.0080.06040.10850.1853-0.2013-0.08780.1564-0.0047-0.02840.18060.0340.1855-2.26127.969526.5127
104.2766-0.17520.42380.21290.09456.2131-0.1619-0.5688-0.04290.16020.19680.15540.0696-0.8453-0.03480.17730.1670.05230.37140.07640.2187-10.204635.706531.2956
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2A87 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3A188 - 298
4X-RAY DIFFRACTION4A299 - 424
5X-RAY DIFFRACTION5A425 - 498
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 86
7X-RAY DIFFRACTION7B87 - 189
8X-RAY DIFFRACTION8B190 - 367
9X-RAY DIFFRACTION9B368 - 445
10X-RAY DIFFRACTION10B446 - 498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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