PDB-3pp2: Crystal structure of the pleckstrin homology domain of ArhGAP27

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pp2

タイトル

Crystal structure of the pleckstrin homology domain of ArhGAP27

要素

Rho GTPase-activating protein 27

キーワード

HYDROLASE ACTIVATOR / ph domain / GTPase activator / pleckstrin homology domain / structural genomics consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

protein heterooligomerization / regulation of small GTPase mediated signal transduction / small GTPase-mediated signal transduction / CDC42 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / receptor-mediated endocytosis / SH3 domain binding / actin filament binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.421 Å

データ登録者

Shen, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Nedyalkova, L. / Li, Y. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. ...

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the pleckstrin homology domain of ArhGAP27
著者: Shen, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Nedyalkova, L. / Li, Y. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H.

履歴

登録	2010年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pp2.cif.gz	113.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pp2.ent.gz	87 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pp2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pp2_validation.pdf.gz	462.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pp2_full_validation.pdf.gz	465.3 KB	表示
XML形式データ	3pp2_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	3pp2_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3pp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3pp2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4i0b-d 3iwz-2 3lk7-d 2gzw-2 3sxy-d 4i0a-d 2bdm-d 2xrn-d 6o6j-d 5ddy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (6) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (3) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Rho GTPase-activating protein 27

B: Rho GTPase-activating protein 27

ヘテロ分子

28.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Rho GTPase-activating protein 27

B: Rho GTPase-activating protein 27

ヘテロ分子

A: Rho GTPase-activating protein 27

B: Rho GTPase-activating protein 27

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
57.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.243, 98.243, 66.909
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-998- UNX
2	1	A-101- HOH

#1: タンパク質	Rho GTPase-activating protein 27 / CIN85-associated multi-domain-containing Rho GTPase-activating protein 1 / Rho-type GTPase- ...CIN85-associated multi-domain-containing Rho GTPase-activating protein 1 / Rho-type GTPase-activating protein 27 分子量: 13894.833 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 491-613 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGAP27, CAMGAP1, SH3D20, PP905 / プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q6ZUM4
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	... ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	EXPERIMENTAL CONSTRUCT SUBJECTED TO PROTEOLYSIS: ...EXPERIMENTAL CONSTRUCT SUBJECTED TO PROTEOLYSIS: MAVRTKTLDKAGVLHRTKTADKGKRLRKKHWSASWTVLEGGVLTFFKDSKTSAAGGLRQPSKFSTPEYTVELRGATLSWAPKDKSSRKNVLELRSRDGSEYLIQHDSEAIISTWHKAIAQGIQELSAELPPEESESSRVDFGSSERLGSWQEKEEDARPNAAAPALGPVGLESDLSKVRHKLRKFLQRRPTLQSLREKGYIKDQVFGCALAALCERERSRVPRFVQQCIRAVEARGLDIDGLYRISGNLATIQKLRYKVDHDERLDLDDGRWEDVHVITGALKLFFRELPEPLFPFSHFRQFIAAIKLQDQARRSRCVRDLVRSLPAPNHDTLRMLFQHLCRVIEHGEQNRMSVQSVAIVFGPTLLRPEVEETSMPMTMVFQNQVVELILQQCADIFPPHHHHHHH

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.4 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, 1:100 w/w endoproteinase Glu-C V8, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.42→30 Å / Num. obs: 136029 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Χ²: 1.726 / Net I/σ(I): 12.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.42-1.44	3.7	0.872	6499	1.255	95.9
1.44-1.47	4.6	0.792	6824	1.238	99.7
1.47-1.5	5.2	0.673	6776	1.269	100
1.5-1.53	5.5	0.511	6806	1.279	100
1.53-1.56	5.6	0.437	6894	1.272	100
1.56-1.6	5.6	0.34	6730	1.294	100
1.6-1.64	5.6	0.304	6823	1.283	100
1.64-1.68	5.6	0.243	6802	1.319	100
1.68-1.73	6.8	0.316	6860	2.035	100
1.73-1.79	8.8	0.388	6829	2.731	100
1.79-1.85	10.6	0.336	6837	2.265	100
1.85-1.93	11.3	0.248	6805	2.036	100
1.93-2.01	11.4	0.163	6811	1.712	100
2.01-2.12	11.4	0.125	6804	1.591	100
2.12-2.25	11.4	0.093	6813	1.543	100
2.25-2.43	11.4	0.08	6800	1.657	100
2.43-2.67	11.4	0.067	6842	1.882	100
2.67-3.06	11.3	0.052	6840	1.868	100
3.06-3.85	11.2	0.038	6803	1.872	100
3.85-30	11.2	0.028	6831	1.384	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

解像度: 1.421→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / Matrix type: sparse / WR_factor R_free: 0.197 / WR_factor R_work: 0.177 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.607 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1919	3100	4.427 %	THIN SHELLS (SFTOOLS)
R_work	0.1708	66920	-	-
obs	0.172	70020	99.766 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.24 Å² / B_iso mean: 19.239 Å² / B_iso min: 10.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.419 Å²	0.209 Å²	0 Å²
2-	-	0.419 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.628 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.421→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1717	0	102	128	1947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	1908
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.669	1.978	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.924	3	3222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.798	5	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.608	23.467	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.721	15	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.528	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.947	1.5	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.536	1.5	465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.14	2	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.156	3	773
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.198	4.5	751
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.593	3	3226

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.421-1.458	0.25	204	0.236	4869	0.237	5109	99.295	0.211
1.458-1.498	0.204	203	0.185	4780	0.186	4992	99.82	0.16
1.498-1.541	0.209	218	0.161	4669	0.164	4896	99.816	0.135
1.541-1.589	0.174	197	0.146	4535	0.148	4743	99.768	0.124
1.589-1.641	0.17	178	0.138	4382	0.139	4573	99.716	0.114
1.641-1.698	0.177	252	0.14	4201	0.142	4461	99.821	0.118
1.698-1.762	0.168	148	0.142	4122	0.143	4281	99.743	0.119
1.762-1.834	0.154	138	0.139	3971	0.14	4128	99.54	0.119
1.834-1.915	0.166	210	0.146	3764	0.147	3989	99.624	0.129
1.915-2.008	0.183	218	0.147	3567	0.149	3792	99.815	0.134
2.008-2.116		0	0.15	3609	0.15	3616	99.806	0.14
2.116-2.244	0.164	208	0.155	3228	0.155	3444	99.768	0.148
2.244-2.397	0.201	165	0.172	3072	0.173	3241	99.877	0.169
2.397-2.588	0.193	139	0.178	2861	0.179	3005	99.834	0.18
2.588-2.833	0.192	240	0.192	2549	0.192	2791	99.928	0.197
2.833-3.164	0.182	75	0.186	2442	0.186	2517	100	0.202
3.164-3.647	0.191	72	0.176	2186	0.176	2258	100	0.197
3.647-4.45	0.178	121	0.162	1800	0.163	1921	100	0.192
4.45-6.225	0.246	68	0.177	1449	0.18	1517	100	0.224
6.225-30	0.255	46	0.253	864	0.253	910	100	0.322

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関連情報:EMDBヘッダ

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