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万見
- PDB-3pn1: Novel Bacterial NAD+-dependent DNA Ligase Inhibitors with Broad S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pn1
タイトルNovel Bacterial NAD+-dependent DNA Ligase Inhibitors with Broad Spectrum Potency and Antibacterial Efficacy In Vivo
要素DNA ligase
キーワードLigase/Ligase Inhibitor / ATP grasp fold / ligase / DNA / bacteria / Ligase-Ligase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (NAD+) / DNA ligase (NAD+) activity / DNA replication / DNA repair / DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA ligase-like, N-terminal NAD+-binding domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold ...DNA ligase-like, N-terminal NAD+-binding domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation / NAD-dependent DNA ligase, N-terminal / NAD-dependent DNA ligase adenylation domain / NAD-dependent DNA ligase OB-fold domain / Ligase N family / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / DNA ligase/mRNA capping enzyme / Helix hairpin bin / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Dna Ligase; domain 1 / Helix Hairpins / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(butylsulfanyl)adenosine / Chem-IWH / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mills, S. / Eakin, A. / Buurman, E. / Newman, J. / Gao, N. / Huynh, H. / Johnson, K. / Lahiri, S. / Shapiro, A. / Walkup, G. ...Mills, S. / Eakin, A. / Buurman, E. / Newman, J. / Gao, N. / Huynh, H. / Johnson, K. / Lahiri, S. / Shapiro, A. / Walkup, G. / Wei, Y. / Stokes, S.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2011
タイトル: Novel Bacterial NAD+-Dependent DNA Ligase Inhibitors with Broad-Spectrum Activity and Antibacterial Efficacy In Vivo.
著者: Mills, S.D. / Eakin, A.E. / Buurman, E.T. / Newman, J.V. / Gao, N. / Huynh, H. / Johnson, K.D. / Lahiri, S. / Shapiro, A.B. / Walkup, G.K. / Yang, W. / Stokes, S.S.
履歴
登録2010年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4113
ポリマ－35,8001
非ポリマー6122
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.806, 137.806, 56.023
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 DNA ligase / Polydeoxyribonucleotide synthase [NAD+]


分子量: 35799.574 Da / 分子数: 1 / 断片: Adenylation Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: ligA, lig, ligN, HI_1100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43813, DNA ligase (NAD+)
#2: 化合物 ChemComp-IVH / 2-(butylsulfanyl)adenosine / 2-(ブチルチオ)アデノシン


分子量: 355.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H21N5O4S
#3: 化合物 ChemComp-IWH / 1-(2,4-dimethylbenzyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide


分子量: 256.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.89 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3500, 350mM sodium potassium tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→25.95 Å / Num. obs: 36612 / % possible obs: 99 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→25.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.456 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2312 1827 5 %RANDOM
Rwork0.2014 ---
obs0.2029 36612 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.95 Å2 / Biso mean: 27.4439 Å2 / Biso min: 8.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2515 0 43 215 2773
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0222616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0521.9923560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7665317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.13324.048126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.17115428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7981521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2691.51591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.17522573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.38631025
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2144.5987
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 127 -
Rwork0.296 2467 -
all-2594 -
obs--97.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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