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- PDB-3pmq: Crystal structure of the outer membrane decaheme cytochrome MtrF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pmq
タイトルCrystal structure of the outer membrane decaheme cytochrome MtrF
要素Decaheme cytochrome c MtrF
キーワードELECTRON TRANSPORT / greek key / c type cytochrome / outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #180 / : / Decaheme cytochrome c component MtrF-like domain III / : / Decaheme cytochrome c component MtrC/MtrF N-terminal domain / Decahaem cytochrome, c-type, OmcA/MtrC / : / Outer membrane cytochrome MtrC/MtrF-like, domains II/IV / : / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 ...Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #180 / : / Decaheme cytochrome c component MtrF-like domain III / : / Decaheme cytochrome c component MtrC/MtrF N-terminal domain / Decahaem cytochrome, c-type, OmcA/MtrC / : / Outer membrane cytochrome MtrC/MtrF-like, domains II/IV / : / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / Multiheme cytochrome superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Extracellular respiratory system surface decaheme cytochrome c component MtrF
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Clarke, T.A. / Edwards, M.J. / Richardson, D.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structure of a bacterial cell surface decaheme electron conduit.
著者: Clarke, T.A. / Edwards, M.J. / Gates, A.J. / Hall, A. / White, G.F. / Bradley, J. / Reardon, C.L. / Shi, L. / Beliaev, A.S. / Marshall, M.J. / Wang, Z. / Watmough, N.J. / Fredrickson, J.K. / ...著者: Clarke, T.A. / Edwards, M.J. / Gates, A.J. / Hall, A. / White, G.F. / Bradley, J. / Reardon, C.L. / Shi, L. / Beliaev, A.S. / Marshall, M.J. / Wang, Z. / Watmough, N.J. / Fredrickson, J.K. / Zachara, J.M. / Butt, J.N. / Richardson, D.J.
履歴
登録2010年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年5月31日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decaheme cytochrome c MtrF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,07712
ポリマ－70,8521
非ポリマー6,22511
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)256.640, 256.640, 256.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Decaheme cytochrome c MtrF


分子量: 70852.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Shewanella oneidensis (バクテリア) / 細胞内の位置: outer membrane / 株: MR-1 / 参照: UniProt: Q8EG32
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 9.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 87.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM N-(2-Acetamido)iminodiacetate pH 6.5, 15 % ethylene glycol, 1.1 M ammonium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 45477 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 94.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 6605

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→40 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3212 2296 5.06 %RANDOM
Rwork0.3049 ---
obs0.3057 45357 98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.16 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 85.365 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4395 0 431 0 4826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055027
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1176933
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.1592816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004878
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.26960.3821220.34212564X-RAY DIFFRACTION94
3.2696-3.34560.41521240.31732585X-RAY DIFFRACTION95
3.3456-3.42930.37271270.32182613X-RAY DIFFRACTION95
3.4293-3.5220.33771410.30372649X-RAY DIFFRACTION97
3.522-3.62560.33061570.29762607X-RAY DIFFRACTION97
3.6256-3.74260.32361480.2922668X-RAY DIFFRACTION98
3.7426-3.87640.28691440.27212700X-RAY DIFFRACTION99
3.8764-4.03150.32791510.27962688X-RAY DIFFRACTION99
4.0315-4.2150.30691490.27992718X-RAY DIFFRACTION99
4.215-4.43710.27541600.27432729X-RAY DIFFRACTION99
4.4371-4.7150.30151510.2762709X-RAY DIFFRACTION99
4.715-5.07880.3271430.28532735X-RAY DIFFRACTION99
5.0788-5.58950.31421540.30972736X-RAY DIFFRACTION100
5.5895-6.39740.31291500.31662749X-RAY DIFFRACTION100
6.3974-8.05650.31491470.32162776X-RAY DIFFRACTION100
8.0565-57.39570.34261280.34552835X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.1647 Å / Origin y: 87.873 Å / Origin z: -71.6896 Å
111213212223313233
T0.2834 Å20.0162 Å2-0.4673 Å2-0.1413 Å2-0.2084 Å2--0.82 Å2
L0.9646 °20.7596 °20.8273 °2-0.3439 °20.68 °2--2.1272 °2
S-0.5011 Å °0.1736 Å °0.9293 Å °-0.169 Å °-0.3013 Å °0.4421 Å °-0.5085 Å °-0.0986 Å °0.8058 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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