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万見
- PDB-2avu: Structure of the Escherichia coli FlhDC complex, a prokaryotic he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2avu
タイトルStructure of the Escherichia coli FlhDC complex, a prokaryotic heteromeric regulator of transcription
要素
  • Flagellar transcriptional activator flhC
  • Transcriptional activator flhD
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR / C4-type Zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum assembly / transcription regulator complex / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Flagellar transcriptional activator FlhC / Flagellar transcriptional activator (FlhC) / Flagellar transcriptional activator fold / Flagellar transcriptional activator FlhD / Flagellar transcriptional activator FlhD / Flagellar transcriptional activator FlhD superfamily / Flagellar transcriptional activator (FlhD) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar transcriptional regulator FlhD / Flagellar transcriptional regulator FlhC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wang, S. / Fleming, R.T. / Westbrook, E.M. / Matsumura, P. / McKay, D.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the Escherichia coli FlhDC Complex, a Prokaryotic Heteromeric Regulator of Transcription.
著者: Wang, S. / Fleming, R.T. / Westbrook, E.M. / Matsumura, P. / McKay, D.B.
履歴
登録2005年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional activator flhD
B: Transcriptional activator flhD
C: Transcriptional activator flhD
D: Transcriptional activator flhD
E: Flagellar transcriptional activator flhC
F: Flagellar transcriptional activator flhC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6438
ポリマ－96,5126
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15670 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area29720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.137, 151.137, 114.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細The biological assembly of the complex is a hexamer which consists of four molecules of FlhD and two molecules of FlhC in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional activator flhD


分子量: 13333.386 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: flhD, flbB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8S9
#2: タンパク質 Flagellar transcriptional activator flhC


分子量: 21589.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: flhC, flaI / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ABY7
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.967.8
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2981蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7sodium chloride, sodium acetate, ethylene imine polymer, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
2982蒸気拡散法7.5polyethylene glycol, magnesium acetate, sodium hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.97964
シンクロトロンALS 8.2.220.97964
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 3151CCD
ADSC QUANTUM 3152CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979641
21
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 29628 / Num. obs: 29451 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4.2 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2936 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→37.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 624811.21 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1412 4.9 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.22 29685 --
obs0.217 28854 97.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.4622 Å2 / ksol: 0.331171 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 77.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.15 Å214.35 Å20 Å2
2--1.15 Å20 Å2
3----2.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.59 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→37.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5314 0 2 0 5316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 223 5.1 %
Rwork0.351 4185 -
obs-2922 89.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep-kludge.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion-kludge.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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