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- PDB-3plu: Structure of Hub-1 protein in complex with Snu66 peptide (HINDI) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3plu
タイトルStructure of Hub-1 protein in complex with Snu66 peptide (HINDI)
要素
  • 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • Ubiquitin-like modifier HUB1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Ubiquitin-like / HUB-1 / Snu66
機能・相同性
機能・相同性情報


cell morphogenesis involved in conjugation with cellular fusion / maturation of 5S rRNA / mRNA cis splicing, via spliceosome / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / post-translational protein modification / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / protein modification process / mRNA splicing, via spliceosome / protein tag activity ...cell morphogenesis involved in conjugation with cellular fusion / maturation of 5S rRNA / mRNA cis splicing, via spliceosome / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / post-translational protein modification / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / protein modification process / mRNA splicing, via spliceosome / protein tag activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like modifier Hub1/Ubl5 / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain ...Ubiquitin-like modifier Hub1/Ubl5 / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Ubiquitin-like modifier HUB1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Mishra, S.K. / Ammon, T. / Popowicz, G.M. / Krajewski, M. / Nagel, R.J. / Ares, M. / Holak, T.A. / Jentsch, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Role of the ubiquitin-like protein Hub1 in splice-site usage and alternative splicing.
著者: Mishra, S.K. / Ammon, T. / Popowicz, G.M. / Krajewski, M. / Nagel, R.J. / Ares, M. / Holak, T.A. / Jentsch, S.
履歴
登録2010年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like modifier HUB1
B: Ubiquitin-like modifier HUB1
C: 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
D: 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3174
ポリマ－25,3174
非ポリマー00
水4,954275
1
A: Ubiquitin-like modifier HUB1
C: 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6582
ポリマ－12,6582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area5340 Å2
手法PISA
2
B: Ubiquitin-like modifier HUB1
D: 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6582
ポリマ－12,6582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area5350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.230, 36.340, 36.780
Angle α, β, γ (deg.)83.44, 89.85, 85.84
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like modifier HUB1


分子量: 10440.913 Da / 分子数: 2 / 変異: A20G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HUB1, YNR032C-A / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q6Q546
#2: タンパク質・ペプチド 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component


分子量: 2217.562 Da / 分子数: 2 / Fragment: HINDI domain / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12420
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.26 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Ammonium Chloride, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. all: 35599 / Num. obs: 33677 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 5.56 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1UBI

1ubi


解像度: 1.4→26.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.433 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22819 1686 5 %RANDOM
Rwork0.18521 ---
obs0.18737 31992 94.63 %-
all-33677 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.696 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20.11 Å2-0.05 Å2
2--0.17 Å2-0.01 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→26.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1443 0 0 275 1718
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0331.9971963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2295180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.7952665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.52715284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.488156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021056
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1770.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.2986
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0960.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.10.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1251.5939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70421471
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8853569
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9344.5492
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.1331508
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.9563276
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.27331443
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 119 -
Rwork0.242 2268 -
obs--91.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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