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万見
- PDB-3plf: Reverse Binding Mode of MetRD peptide complexed with c-Cbl TKB domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3plf
タイトルReverse Binding Mode of MetRD peptide complexed with c-Cbl TKB domain
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase CBL
  • MetRD peptide
キーワードPROTEIN BINDING/LIGASE / c-Cbl TKB domain / Met / reverse binding / PROTEIN BINDING-LIGASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / regulation of Rap protein signal transduction / flotillin complex / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / Regulation of KIT signaling / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / mast cell degranulation / Interleukin-6 signaling / response to starvation ...regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / regulation of Rap protein signal transduction / flotillin complex / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / Regulation of KIT signaling / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / mast cell degranulation / Interleukin-6 signaling / response to starvation / response to testosterone / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / protein monoubiquitination / protein autoubiquitination / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / ephrin receptor binding / phosphotyrosine residue binding / FLT3 signaling by CBL mutants / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / response to activity / response to gamma radiation / Regulation of signaling by CBL / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / EGFR downregulation / cellular response to nerve growth factor stimulus / Spry regulation of FGF signaling / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Negative regulation of MET activity / cytokine-mediated signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / receptor tyrosine kinase binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / SH3 domain binding / male gonad development / protein polyubiquitination / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Clathrin-mediated endocytosis / growth cone / ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to ethanol / cellular response to hypoxia / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein ubiquitination / cilium / cadherin binding / membrane raft / symbiont entry into host cell / focal adhesion / calcium ion binding / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. ...Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / UBA-like superfamily / EF-hand / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Recoverin; domain 1 / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / SH2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase CBL
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Sun, Q. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2011
タイトル: An adjacent arginine, and the phosphorylated tyrosine in the c-Met receptor target sequence, dictates the orientation of c-Cbl binding
著者: Sun, Q. / Ng, C. / Guy, G.R. / Sivaraman, J.
履歴
登録2010年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月5日Group: Database references
改定 1.32017年10月4日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_detector / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MetRD peptide
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL
C: MetRD peptide
D: E3 ubiquitin-protein ligase CBL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,36510
ポリマ－79,1434
非ポリマー2226
水10,521584
1
A: MetRD peptide
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7186
ポリマ－39,5712
非ポリマー1464
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14760 Å2
手法PISA
2
C: MetRD peptide
D: E3 ubiquitin-protein ligase CBL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6474
ポリマ－39,5712
非ポリマー762
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.743, 104.483, 60.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D
12A
22C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLEULEUBB49 - 34927 - 327
21GLYGLYLEULEUDD49 - 34927 - 327
12ARGARGALAALAAA1002 - 10055 - 8
22ARGARGALAALACC1002 - 10055 - 8

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド MetRD peptide


分子量: 1379.345 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This is a designed peptide (two residues switched position) based on human Met protein sequence.
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase CBL / Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene / Proto-oncogene c-Cbl / RING finger protein 55 / Signal ...Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene / Proto-oncogene c-Cbl / RING finger protein 55 / Signal transduction protein CBL


分子量: 38192.090 Da / 分子数: 2 / Fragment: TKB domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: c-Cbl / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P22681, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.65 % / Mosaicity: 0.673 °
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bis-tris propane, 50mM ammonium sulfate, pH 6.5, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker AXIOM 200 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. all: 48545 / Num. obs: 48545 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 0.4 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.92-1.992.90.20345750.273192.5
1.99-2.073.10.16446640.325194.2
2.07-2.163.20.13347830.354195.7
2.16-2.283.40.11247910.376196.7
2.28-2.423.50.09148650.393198
2.42-2.613.70.07649020.359199.4
2.61-2.8740.0749770.368199.8
2.87-3.284.50.06349510.4221100
3.28-4.145.20.0649880.4741100
4.14-505.90.05750490.475199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BUX

3bux


解像度: 1.92→47.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.1889 / WRfactor Rwork: 0.1681 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.9004 / SU B: 5.31 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.1097 / SU Rfree: 0.1242 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1802 2462 5.1 %RANDOM
Rwork0.1591 ---
all0.1602 ---
obs0.1602 46063 97.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.64 Å2 / Biso mean: 26.9618 Å2 / Biso min: 8.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å2-0.24 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3---0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→47.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5022 0 6 584 5612
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0225152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6271.9616954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.515606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.05723.279244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.76515930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5011536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213878
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1511.53042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.26224916
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.05832110
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1144.52038
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.22935152
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1B2471LOOSE POSITIONAL0.315
1B2471LOOSE THERMAL2.7910
2A40LOOSE POSITIONAL0.35
2A40LOOSE THERMAL1.8610
LS精密化 シェル解像度: 1.923→1.973 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 147 -
Rwork0.188 3138 -
all-3285 -
obs--88.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1077-0.02240.00530.0714-0.03160.0806-0.00170.01040.00520.00210.0014-0.0025-0.00250.00140.00030.00040.0004-0.00060.0203-0.00190.010614.58461.00590.7374
20.02-0.0109-0.00260.0607-0.00120.00060.00130.0073-0.00170.002-0.0017-0.0084000.00050.00210.0002-0.00020.01780.00140.011411.5538-0.328330.2172
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B49 - 349
2X-RAY DIFFRACTION2D49 - 349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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