PDB-3pla: Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pla

タイトル

Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box C/D RNP from Sulfolobus solfataricus

要素

50S ribosomal protein L7Ae
C/D guide RNA
Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
Pre mRNA splicing protein
RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*U)-3')

キーワード

TRANSFERASE/RNA / RNA-binding / METHYLTRANSFERASE / SAM / Box C/D RNA / Guide RNA / RNA-Protein complex / TRANSFERASE-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2AQ104 methyltransferase activity / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / box C/D methylation guide snoRNP complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / rRNA methylation / tRNA processing / snoRNA binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Lin, J. / Lai, S. / Jia, R. / Xu, A. / Zhang, L. / Lu, J. / Ye, K.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structural basis for site-specific ribose methylation by box C/D RNA protein complexes.
著者: Lin, J. / Lai, S. / Jia, R. / Xu, A. / Zhang, L. / Lu, J. / Ye, K.

履歴

登録	2010年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / pdbx_entity_src_syn Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	3pla_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/3pla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/3pla	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3icxS 3id5S 3id6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5gin-1 5gio-1 5gvc-d 6ske-1 6ske-2 4ajw-d 5te8-d 2wp8-d 5gip-1 6ydu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pre mRNA splicing protein

B: Pre mRNA splicing protein

C: 50S ribosomal protein L7Ae

D: 50S ribosomal protein L7Ae

E: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase

F: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase

G: C/D guide RNA

H: C/D guide RNA

I: RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*U)-3')

J: RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*U)-3')

K: Pre mRNA splicing protein

L: 50S ribosomal protein L7Ae

M: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase

N: C/D guide RNA

O: RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*U)-3')

ヘテロ分子

303 kDa, 15 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pre mRNA splicing protein

B: Pre mRNA splicing protein

C: 50S ribosomal protein L7Ae

D: 50S ribosomal protein L7Ae

E: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase

F: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase

G: C/D guide RNA

H: C/D guide RNA

I: RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*U)-3')

J: RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
202 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

K: Pre mRNA splicing protein

L: 50S ribosomal protein L7Ae

M: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase

N: C/D guide RNA

O: RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*U)-3')

ヘテロ分子

K: Pre mRNA splicing protein

L: 50S ribosomal protein L7Ae

M: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase

N: C/D guide RNA

O: RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
202 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	241.199, 241.199, 145.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 132
2	1	1	1	B	1 - 132
3	1	1	1	K	1 - 132
1	1	2	1	A	133 - 185
2	1	2	1	B	133 - 185
3	1	2	1	K	133 - 185
1	1	3	1	A	262 - 353
2	1	3	1	B	262 - 353
3	1	3	1	K	262 - 353
1	1	4	1	C	7 - 128
2	1	4	1	D	7 - 128
3	1	4	1	L	7 - 128
1	1	5	1	E	5 - 301
2	1	5	1	F	5 - 301
3	1	5	1	M	5 - 301
1	1	6	1	G	10 - 17
2	1	6	1	H	10 - 17
3	1	6	1	N	10 - 17
1	1	7	1	G	18 - 27
2	1	7	1	H	18 - 27
3	1	7	1	N	18 - 27
1	1	8	1	G	28 - 32
2	1	8	1	H	28 - 32
3	1	8	1	N	28 - 32
1	1	9	1	I	1 - 10
2	1	9	1	J	1 - 10
3	1	9	1	O	1 - 10
1	1	10	1	A	359 - 377
2	1	10	1	B	359 - 377
3	1	10	1	K	359 - 377
1	1	11	1	A	207 - 261
2	1	11	1	B	207 - 261
3	1	11	1	K	207 - 261

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

-
タンパク質 , 3種, 9分子 ABKCDLEFM

#1: タンパク質	Pre mRNA splicing protein / NOP5 分子量: 44168.531 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-380 / 変異: M2V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: SSO0939 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/RIL+ / 参照: UniProt: Q97ZH3
#2: タンパク質	50S ribosomal protein L7Ae 分子量: 14075.301 Da / 分子数: 3 / 変異: N2D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: 98/2 / 遺伝子: rpl7ae, Ssol_1068 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/RIL+ / 参照: UniProt: D0KRE2
#3: タンパク質	Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase / FIB 分子量: 26439.375 Da / 分子数: 3 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: flpA, SSO0940, C33_014 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/RIL+ 参照: UniProt: P58032, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
RNA鎖 , 2種, 6分子 GHNIJO

#4: RNA鎖	C/D guide RNA 分子量: 12852.657 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcription / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: RNA鎖	RNA (5'-R(CPCPAPUPGPAPGPUPGPU)-3') 分子量: 3177.932 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 1種, 3分子

#6: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2.0M (NH4)2SO4, 2% PEG 400, 10mM MgCl2, 0.1M HEPES-Na (pH 6.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→20 Å / Num. obs: 70682 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 3.15→3.2 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3ICX, 3ID6, 3ID5

3icx

3id6

3id5

解像度: 3.15→19.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 52.016 / SU ML: 0.408 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.495 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27761	3540	5 %	RANDOM
R_work	0.24776	-	-	-
obs	0.24928	66836	95.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.687 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→19.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17247	2721	78	0	20046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	20649
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.324	2.154	28505
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.538	5	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.77	24.366	804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.228	15	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.803	15	129
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	3352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	14372
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.698	1.5	10836
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.066	2	17508
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.92	3	9813
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.599	4.5	10997
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1059	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.1
1	1	B	1059	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.1
1	1	K	1059	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.1
1	1	A	1059	TIGHT THERMAL	11.52	40
1	1	B	1059	TIGHT THERMAL	8.17	40
1	1	K	1059	TIGHT THERMAL	19.28	40
2	1	A	448	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.1
2	1	B	448	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.1
2	1	K	448	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.1
2	1	A	448	TIGHT THERMAL	5.73	40
2	1	B	448	TIGHT THERMAL	7.62	40
2	1	K	448	TIGHT THERMAL	11.95	40
3	1	A	677	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.1
3	2	B	677	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.1
3	3	K	677	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.1
3	1	A	677	TIGHT THERMAL	3.87	40
3	2	B	677	TIGHT THERMAL	18.25	40
3	3	K	677	TIGHT THERMAL	16.97	40
4	1	C	927	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.1
4	1	D	927	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.1
4	1	L	927	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.1
4	1	C	927	TIGHT THERMAL	3.57	40
4	1	D	927	TIGHT THERMAL	20.91	40
4	1	L	927	TIGHT THERMAL	21.12	40
5	1	E	1855	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.1
5	1	F	1855	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.1
5	1	M	1855	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.1
5	1	E	1855	TIGHT THERMAL	15.73	40
5	1	F	1855	TIGHT THERMAL	6.94	40
5	1	M	1855	TIGHT THERMAL	21.87	40
6	1	G	175	TIGHT POSITIONAL	0.11	0.1
6	1	H	175	TIGHT POSITIONAL	0.18	0.1
6	1	N	175	TIGHT POSITIONAL	0.1	0.1
6	1	G	175	TIGHT THERMAL	23.64	40
6	1	H	175	TIGHT THERMAL	3.95	40
6	1	N	175	TIGHT THERMAL	20.26	40
7	1	G	212	TIGHT POSITIONAL	0.16	0.1
7	1	H	212	TIGHT POSITIONAL	0.29	0.1
7	1	N	212	TIGHT POSITIONAL	0.16	0.1
7	1	G	212	TIGHT THERMAL	12.03	40
7	1	H	212	TIGHT THERMAL	7.76	40
7	1	N	212	TIGHT THERMAL	17.16	40
8	1	G	105	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.1
8	1	H	105	TIGHT POSITIONAL	0.24	0.1
8	1	N	105	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.1
8	1	G	105	TIGHT THERMAL	5.29	40
8	1	H	105	TIGHT THERMAL	23	40
8	1	N	105	TIGHT THERMAL	20.88	40
9	1	C	210	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.1
9	1	I	210	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.1
9	1	J	210	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.1
9	1	C	210	TIGHT THERMAL	13.95	40
9	1	I	210	TIGHT THERMAL	6.2	40
9	1	J	210	TIGHT THERMAL	19.69	40
10	1	A	160	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.1
10	1	B	160	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.1
10	1	K	160	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.1
10	1	A	160	TIGHT THERMAL	8.16	40
10	1	B	160	TIGHT THERMAL	23.17	40
10	1	K	160	TIGHT THERMAL	15.12	40
11	1	A	439	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.1
11	1	B	439	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.1
11	1	K	439	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.1
11	1	A	439	TIGHT THERMAL	8.55	40
11	1	B	439	TIGHT THERMAL	8.77	40
11	1	K	439	TIGHT THERMAL	10.33	40

LS精密化シェル

解像度: 3.15→3.23 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	276	-
R_work	0.308	4702	-
obs	-	-	93.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9017	0.04	-0.4967	2.2481	0.29	0.5957	0.0607	-0.2267	-0.1323	0.1084	-0.034	0.2041	0.1228	-0.2341	-0.0267	0.1841	-0.0814	0.0653	0.2307	0.0925	0.1125	59.485	-34.4832	30.0042
2	2.5141	-0.0778	-0.2524	0.304	0.0143	0.2206	0.0309	0.0963	-0.2482	0.1028	0.0532	0.0205	0.144	0.0156	-0.0841	0.167	0.0375	-0.076	0.0771	0.0177	0.1099	121.9036	-46.0274	24.6997
3	1.9821	0.3328	-0.6859	1.339	0.3617	1.8812	0.1013	0.0658	-0.4316	0.1323	-0.0852	0.0338	0.0796	0.0353	-0.0161	0.097	-0.0107	-0.0671	0.017	-0.034	0.2136	95.1081	-55.7843	9.9496
4	2.5332	-0.1391	-0.1867	2.9214	0.889	0.5322	0.1289	0.2379	-0.114	-0.0739	-0.0615	-0.5317	-0.0202	0.1286	-0.0674	0.0592	0.105	-0.0105	0.271	0.0183	0.1407	159.3994	-33.4861	-3.5282
5	2.263	0.5372	-0.8159	0.382	-0.3875	0.8933	0.1072	-0.1697	-0.0649	0.2231	-0.0015	-0.0139	-0.009	-0.0223	-0.1057	0.2594	0.0023	-0.0385	0.1072	0.04	0.049	107.6665	-30.3476	33.8177
6	2.0025	0.0645	0.1974	0.9839	-0.2602	0.9859	-0.0059	-0.0887	0.0369	0.0661	-0.0239	-0.0245	0.0159	-0.038	0.0298	0.1313	0.021	-0.0317	0.095	-0.0124	0.0095	122.284	-11.1151	12.4085
7	0.9314	0.0114	-1.0445	0.7762	-0.6795	2.0393	-0.0353	0.2954	-0.2579	-0.2	0.0119	0.0541	0.0886	-0.1686	0.0233	0.17	0.0238	-0.0031	0.3694	-0.3559	0.3625	161.3264	-108.3823	-48.4201
8	0.482	-0.2205	-0.109	0.7929	0.9551	2.3961	-0.0958	0.0187	-0.0068	-0.0205	-0.1	0.2151	-0.1545	0.0139	0.1958	0.1291	0.0788	0.0258	0.1182	-0.0521	0.2211	152.6042	-73.644	4.4724
9	2.2805	-0.7932	-0.6988	1.8719	-0.181	1.7993	-0.0647	0.1773	-0.1023	-0.1094	-0.011	0.1914	-0.1241	-0.1618	0.0757	0.0722	0.0525	-0.0681	0.1391	-0.1633	0.249	134.5278	-83.6107	-20.3678
10	3.1431	-0.1686	-0.7096	1.7676	0.1648	1.8001	-0.0624	0.2687	-0.4926	0.1076	0.1545	0.2466	0.137	-0.2059	-0.0921	0.1663	-0.1053	-0.043	0.1235	0.0079	0.2776	68.9543	-56.183	5.4106
11	1.8536	0.0283	-0.2605	1.6708	0.2201	2.8803	0.0486	0.1388	0.158	-0.0692	0.0086	-0.1615	0.0078	0.1428	-0.0572	0.0225	-0.02	-0.0048	0.1269	0.0394	0.0439	140.8944	-4.9095	-5.3798
12	1.8335	0.7103	-0.4184	2.1565	0.2031	1.7183	-0.163	0.2706	0.009	-0.4119	0.1037	0.1291	0.0147	-0.2581	0.0593	0.1235	0.0731	-0.1265	0.3096	-0.2501	0.2578	129.9118	-96.9945	-42.8492
13	1.3685	0.1415	0.0867	1.2395	0.1602	1.155	-0.0197	-0.0133	0.0399	0.0704	0.0936	0.1279	-0.0386	-0.077	-0.0739	0.1146	-0.0438	0.0495	0.1219	0.054	0.0749	77.4022	-19.1364	14.5207
14	1.207	-0.06	0.14	1.7426	0.0866	0.6535	0.0469	0.1732	-0.1656	-0.1434	-0.0056	-0.0591	0.0626	0.1055	-0.0413	0.0915	0.112	-0.0288	0.1706	-0.0627	0.0357	133.6333	-42.7109	-10.8628
15	0.9189	0.3499	0.1114	0.9416	-0.721	1.6531	0.001	0.0582	-0.3075	-0.1552	-0.0197	0.0057	0.1608	-0.0232	0.0186	0.0925	0.0556	-0.0144	0.1556	-0.2224	0.4797	155.3098	-118.9887	-22.6709
16	0.6268	-0.5947	0.5087	1.7654	-0.9417	0.5897	-0.1671	-0.0597	-0.0285	0.2203	0.1565	-0.0248	-0.171	-0.0827	0.0107	0.2389	0.0889	-0.0363	0.1152	-0.0145	0.0562	117.9286	20.6778	4.4724
17	1.7859	0.117	0.5015	0.0331	-0.0279	1.3464	-0.0137	0.1801	0.1725	0.02	-0.0043	0.0434	-0.125	0.079	0.018	0.1493	-0.0147	-0.0176	0.1217	0.0386	0.0881	120.9379	-3.8592	2.2183
18	0.6499	-0.0838	0.1587	0.1018	-0.2222	0.495	0.053	-0.039	-0.103	0.0019	0.0229	0.0249	0.0099	-0.04	-0.0759	0.16	-0.0473	-0.0007	0.102	-0.0082	0.1303	97.8578	-28.0861	14.2046
19	1.2622	0.843	0.2878	1.2507	-0.6523	1.5301	0.0917	0.154	-0.2518	-0.2011	0.0846	0.1277	0.2063	0.0743	-0.1763	0.2078	-0.0523	-0.1243	0.0928	-0.1113	0.3691	89.2713	-57.3737	-1.1422
20	0.1466	-0.1468	0.0068	0.1483	-0.014	0.0384	0.058	0.0582	-0.1239	-0.0604	-0.0677	0.122	0.0477	0.0679	0.0097	0.1833	0.0169	-0.0308	0.1952	-0.031	0.1081	118.3639	-37.8606	4.6724
21	43.4006	-2.4188	-2.9949	15.3917	-2.1158	2.2819	-0.0088	-1.1969	-2.5905	-0.2726	-0.5266	-0.1249	0.3869	-0.071	0.5354	0.34	-0.0282	0.0606	0.2464	-0.126	0.3883	90.8055	-69.6793	-6.9248
22	35.2152	-26.8294	9.6138	54.2041	-21.0325	8.1909	0.3354	-0.8893	-0.8994	0.9412	0.2686	1.4036	-0.3852	-0.0868	-0.6041	0.5823	0.2519	0.1616	0.2532	-0.0714	0.3839	167.3122	-127.538	31.5869
23	0.6382	0.1625	-0.1044	0.2008	0.0518	0.0562	-0.045	0.035	-0.2668	0.0019	-0.1026	0.1314	0.0246	-0.0536	0.1476	0.2232	0.1339	0.1275	0.1776	-0.1005	0.4651	144.3064	-109.9049	7.0706
24	0.1237	0.0832	-0.0506	0.0836	-0.0388	0.022	0.0154	0.0014	-0.0434	0.04	-0.01	0.0739	-0.0059	0.0097	-0.0054	0.1152	0.1091	0.0565	0.1693	-0.0944	0.4226	151.3689	-102.8407	-8.0878
25	23.6688	-24.9978	3.1972	28.6679	-5.6394	2.6993	0.0411	0.0361	0.184	-0.045	-0.1285	-0.1611	0.0351	0.084	0.0874	0.0838	0.0664	0.0463	0.2558	-0.3134	0.6365	111.4958	-79.5353	-25.3368

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 132
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	133 - 261
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	262 - 377
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	3 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	133 - 261
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	262 - 377
7	X-RAY DIFFRACTION	7	K	3 - 132
8	X-RAY DIFFRACTION	8	K	133 - 261
9	X-RAY DIFFRACTION	9	K	262 - 377
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	7 - 128
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	7 - 128
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	7 - 128
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	5 - 231
14	X-RAY DIFFRACTION	14	F	5 - 231
15	X-RAY DIFFRACTION	15	M	5 - 231
16	X-RAY DIFFRACTION	16	G	1 - 8
17	X-RAY DIFFRACTION	16	H	33 - 40
18	X-RAY DIFFRACTION	17	G	9 - 17
19	X-RAY DIFFRACTION	17	H	28 - 32
20	X-RAY DIFFRACTION	18	G	18 - 27
21	X-RAY DIFFRACTION	18	I	1 - 10
22	X-RAY DIFFRACTION	19	G	28 - 32
23	X-RAY DIFFRACTION	19	H	9 - 17
24	X-RAY DIFFRACTION	20	H	18 - 27
25	X-RAY DIFFRACTION	20	J	1 - 10
26	X-RAY DIFFRACTION	21	G	33 - 35
27	X-RAY DIFFRACTION	22	N	6 - 8
28	X-RAY DIFFRACTION	23	N	9 - 17
29	X-RAY DIFFRACTION	23	N	28 - 32
30	X-RAY DIFFRACTION	24	N	18 - 27
31	X-RAY DIFFRACTION	24	O	1 - 10
32	X-RAY DIFFRACTION	25	N	33 - 36

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)