PDB-3pl2: Crystal structure of a 5-keto-2-deoxygluconokinase (NCgl0155, Cgl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pl2

タイトル

Crystal structure of a 5-keto-2-deoxygluconokinase (NCgl0155, Cgl0158) from Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 KITASATO at 1.89 A resolution

要素

Sugar kinase, ribokinase family

キーワード

TRANSFERASE / PFKB PFAM MOTIF / INOSITOL PHOSPHATE METABOLISM / RIBOKINASE-LIKE FOLD / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY

機能・相同性

機能・相同性情報

fructokinase / fructokinase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a 5-keto-2-deoxygluconokinase (NCgl0155, Cgl0158) from Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 KITASATO at 1.89 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2010年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月20日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pl2.cif.gz	493.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pl2.ent.gz	411.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pl2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/3pl2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/3pl2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qcvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ih0-d 3gbu-2 6pi8-d 6wb7-2 3e3a-d 3gbu-1 3men-1 5tnl-1 5g1f-d 5hkb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 375206

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sugar kinase, ribokinase family

B: Sugar kinase, ribokinase family

C: Sugar kinase, ribokinase family

D: Sugar kinase, ribokinase family

ヘテロ分子

140 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sugar kinase, ribokinase family

B: Sugar kinase, ribokinase family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Sugar kinase, ribokinase family

D: Sugar kinase, ribokinase family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.908, 79.494, 81.703
Angle α, β, γ (deg.)	101.860, 95.720, 92.110
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Sugar kinase, ribokinase family / Sugar kinases / ribokinase family / 5-keto-2-deoxygluconokinase 分子量: 35072.453 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 22-339 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: iolC, Cgl0158, cg0197 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8NTZ3, fructokinase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.200M NH4OAc, 30.00% PEG-4000, 0.1M Citrate pH 5.6, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.94645

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.94645 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.89→37.804 Å / Num. all: 87262 / Num. obs: 87262 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 25.396 Å² / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 7.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.89-1.94	2	0.438	1.2	12613	6386	0.438	95.8
1.94-1.99	2	0.316	2	12460	6314	0.316	96.1
1.99-2.05	2	0.234	3.1	11832	5985	0.234	96.1
2.05-2.11	2	0.214	3	11702	5891	0.214	96.4
2.11-2.18	2	0.158	4.6	11400	5754	0.158	96.5
2.18-2.26	2	0.137	5.1	10947	5524	0.137	96.6
2.26-2.34	2	0.121	5.8	10585	5337	0.121	96.8
2.34-2.44	2	0.102	6.9	10327	5196	0.102	97
2.44-2.55	2	0.077	8.5	9900	4986	0.077	97.1
2.55-2.67	2	0.07	7.8	9386	4722	0.07	97.4
2.67-2.82	2	0.055	12.2	9016	4535	0.055	97.5
2.82-2.99	2	0.046	13.7	8531	4287	0.046	97.8
2.99-3.19	2	0.041	15.8	7971	4011	0.041	97.7
3.19-3.45	2	0.037	15.5	7546	3789	0.037	97.9
3.45-3.78	3.5	0.076	7	12092	3476	0.076	98.4
3.78-4.23	3.8	0.067	8.1	11828	3146	0.067	98.5
4.23-4.88	3.8	0.06	8.2	10497	2760	0.06	98.7
4.88-5.98	3.8	0.057	9.8	8961	2359	0.057	98.9
5.98-8.45	3.9	0.054	8.2	7070	1814	0.054	99
8.45-37.804	3.9	0.06	8.2	3868	990	0.06	97.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0110	精密化
SCALA	3.3.15	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QCV

2qcv

解像度: 1.89→37.804 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 7.55 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2252	4384	5 %	RANDOM
R_work	0.1805	-	-	-
obs	0.1828	87222	96.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.38 Å² / B_iso mean: 37.5491 Å² / B_iso min: 18.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	0.42 Å²	0.14 Å²
2-	-	-0.49 Å²	0.53 Å²
3-	-	-	0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→37.804 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9480	0	13	577	10070

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	9993
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	6682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.574	1.963	13666
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.327	3	16313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.691	5	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.535	24.072	474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.591	15	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.737	15	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	11452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.681	1.5	6287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.182	1.5	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.211	2	10143
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.938	3	3706
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.121	4.5	3479

LS精密化シェル

解像度: 1.89→1.939 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	325	-
R_work	0.245	5912	-
all	-	6237	-
obs	-	-	93.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2321	0.0715	-0.4478	0.9813	-0.9135	1.5706	0.0521	0.3076	0.0242	-0.1017	0.0155	0.1823	0.1631	-0.1038	-0.0676	0.1137	0.0519	0.0114	0.1647	0.016	0.0588	25.565	60.517	36.316
2	0.974	0.1063	0.3169	1.1532	0.4744	1.8441	-0.0173	-0.0814	-0.0771	-0.0252	0.0008	-0.0887	0.101	0.1715	0.0165	0.037	0.0547	0.0278	0.0914	0.0486	0.0403	34.981	61.603	77.848
3	0.8589	0.3912	-0.2647	2.6399	-1.179	1.3457	0.1498	-0.0532	-0.0536	0.26	-0.0005	0.3405	-0.1629	-0.0381	-0.1493	0.0573	0.0233	0.0259	0.0627	0.0262	0.1233	24.373	23.166	72.705
4	1.1522	-0.6242	-0.4478	1.1272	1.445	2.8656	0.0526	0.1284	0.1566	-0.1265	0.0417	-0.0927	-0.2649	0.2048	-0.0943	0.0432	0.0103	0.0132	0.1249	0.0192	0.0295	43.53	21.773	33.97

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 315
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 315
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	6 - 315
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	6 - 314

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)