+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3e3a | ||||||
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Title | The Structure of Rv0554 from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
Components | POSSIBLE PEROXIDASE BPOC | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / alpha/beta hydrolase / Peroxidase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Johnston, J.M. / Baker, E.N. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2010 Title: Structural and functional analysis of Rv0554 from Mycobacterium tuberculosis: testing a putative role in menaquinone biosynthesis. Authors: Johnston, J.M. / Jiang, M. / Guo, Z. / Baker, E.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3e3a.cif.gz | 121.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3e3a.ent.gz | 94.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3e3a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3a | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 260 / Label seq-ID: 32 - 291
|
-Components
#1: Protein | Mass: 32254.492 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Strain: H37 Rv / Gene: bpoC, MT0580, Rv0554 / Plasmid: pProEX / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: O06420, UniProt: P9WNH1*PLUS, Oxidoreductases; Acting on a peroxide as acceptor; Peroxidases #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / pH: 4.92 Details: 0.1M Sodium acetate pH 4.92, 7.5% MPD, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-1 / Wavelength: 0.97907 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 5, 2005 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97907 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→50 Å / Num. obs: 29742 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 19.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.748 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.9 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_RTP |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35→36.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / SU B: 18.869 / SU ML: 0.191 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.256 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.99 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→36.54 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 1982 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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