[日本語] English
万見
- PDB-3pkm: Crystal structure of Cas6 with its substrate RNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pkm
タイトルCrystal structure of Cas6 with its substrate RNA
要素
  • 5'-R(*AP*UP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*AP*A)-3'
  • 5'-R(P*UP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*AP*A)-3'
  • CRISPR-associated endoribonuclease Cas6
キーワードHYDROLASE/RNA / Cas6 / CRISPR / endonuclease / Ferridoxin fold / CRISPR processing endonuclease / repeat RNA / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR associated protein Cas6, C-terminal / CRISPR-associated protein Cas6, N-terminal / Alpha-Beta Plaits - #1890 / CRISPR-associated protein Cas6, N-terminal domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #1900 / CRISPR-associated protein, Cas6 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.103 Å
データ登録者Wang, R. / Preamplume, G. / Li, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Interaction of the Cas6 Riboendonuclease with CRISPR RNAs: Recognition and Cleavage.
著者: Wang, R. / Preamplume, G. / Terns, M.P. / Terns, R.M. / Li, H.
履歴
登録2010年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endoribonuclease Cas6
X: CRISPR-associated endoribonuclease Cas6
G: 5'-R(*AP*UP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*AP*A)-3'
R: 5'-R(P*UP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*AP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6094
ポリマ－68,6094
非ポリマー00
水00
1
A: CRISPR-associated endoribonuclease Cas6
G: 5'-R(*AP*UP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*AP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4692
ポリマ－34,4692
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
X: CRISPR-associated endoribonuclease Cas6
R: 5'-R(P*UP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*AP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1402
ポリマ－34,1402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.557, 96.557, 165.492
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25
16
26
17
27

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain X and resid 6:24
211chain A and resid 6:24
112chain X and resid 25:54
212chain A and resid 25:54
113chain X and resid 55:74
213chain A and resid 55:74
114chain X and resid 75:127
214chain A and resid 75:127
115chain X and resid 128:151
215chain A and resid 128:151
116chain X and resid 152:245
216chain A and resid 152:245
117chain G and resid 2:10
217chain R and resid 2:10

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated endoribonuclease Cas6


分子量: 31315.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: cas6, PF1131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8U1S4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 5'-R(*AP*UP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*AP*A)-3'


分子量: 3153.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 5'-R(P*UP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*AP*A)-3'


分子量: 2824.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.11 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20 mM MgCl2, 50 mM NaHepes (pH7.0), 1.4 M Ammonium Sulfate, 4% polypropylene Glycol 400 (p400), 20 mM NiCl2, and 100 mM NaCl, vapor diffusion, hanging drop, temperature 303.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月21日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 18186 / Num. obs: 15227 / % possible obs: 83.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.103→46.347 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 0.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3176 2217 10.24 %RANDOM
Rwork0.2759 ---
obs0.3085 21660 69.38 %-
all-31219 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 93.853 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-43.5926 Å20 Å2-0 Å2
2--43.5926 Å20 Å2
3----64.2769 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.103→46.347 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3816 379 0 0 4195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144384
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.1865998
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.0181680
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.151644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01687
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11X101X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12A101X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
21X251X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22A251X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.44
31X161X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32A161X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.48
41X428X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42A428X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.082
51X148X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52A148X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.646
61X760X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62A760X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.805
71G189X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
72R189X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1032-3.17070.5817670.4714492X-RAY DIFFRACTION29
3.1707-3.24440.4963640.377599X-RAY DIFFRACTION34
3.2444-3.32550.4742900.4265707X-RAY DIFFRACTION41
3.3255-3.41540.3938990.3845833X-RAY DIFFRACTION48
3.4154-3.51590.47081110.4121964X-RAY DIFFRACTION56
3.5159-3.62930.4181080.3547983X-RAY DIFFRACTION55
3.6293-3.7590.39451350.35831204X-RAY DIFFRACTION69
3.759-3.90940.37341320.31271212X-RAY DIFFRACTION69
3.9094-4.08720.3681430.28371278X-RAY DIFFRACTION74
4.0872-4.30250.31291600.27661386X-RAY DIFFRACTION79
4.3025-4.57190.30411690.26671506X-RAY DIFFRACTION85
4.5719-4.92450.32021730.2481568X-RAY DIFFRACTION89
4.9245-5.41940.2961920.24681598X-RAY DIFFRACTION92
5.4194-6.2020.34221720.27891669X-RAY DIFFRACTION94
6.202-7.80790.30962000.29021702X-RAY DIFFRACTION98
7.8079-46.35180.27362020.28811742X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る