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- PDB-3pj9: Crystal structure of a Nucleoside Diphosphate Kinase from Campylo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pj9
タイトルCrystal structure of a Nucleoside Diphosphate Kinase from Campylobacter jejuni
要素Nucleoside diphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Nucleoside Diphosphate Kinase / Ndk / Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a Nucleoside Diphosphate Kinase from Campylobacter jejuni
著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年6月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase
D: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,89616
ポリマ－61,7434
非ポリマー1,15312
水5,909328
1
A: Nucleoside diphosphate kinase
D: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5449
ポリマ－30,8722
非ポリマー6727
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area13990 Å2
手法PISA
2
B: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3527
ポリマ－30,8722
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
3
A: Nucleoside diphosphate kinase
D: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子

B: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,89616
ポリマ－61,7434
非ポリマー1,15312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_646-x+1,y-1/2,-z+3/21
Buried area8190 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area24610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.672, 88.142, 110.925
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Nucleoside diphosphate kinase / NDK / NDP kinase / Nucleoside-2-P kinase


分子量: 15435.769 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj0332c, ndk / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q9PIG7, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.73 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2M NH4 Sulfate, 5% Isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: MOLECULAR REPLACEMENT / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 49704 / Num. obs: 49704 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 40.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 2433 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHENIXモデル構築
CCP4モデル構築
MrBUMP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NCK

2nck


解像度: 2.1→28.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 7.143 / SU ML: 0.086 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19199 2511 5.1 %RANDOM
Rwork0.16956 ---
obs0.17072 46976 99.15 %-
all-46976 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.152 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20 Å20 Å2
2--0.94 Å20 Å2
3----1.66 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4255 0 60 328 4643
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224413
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.9875929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1845554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.51525.238189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4215845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8561521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8541.52755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55724431
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.68431658
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.414.51498
LS精密化 シェル解像度: 2.097→2.152 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 177 -
Rwork0.192 3233 -
obs--93.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8738-1.5467-0.3242.67780.1342.3891-0.198-0.0579-0.55150.24010.04580.51050.2891-0.19480.15220.1929-0.02190.08390.09110.00380.246335.773355.886773.4847
21.7721-0.30260.24341.7516-0.26232.3681-0.07360.166-0.0051-0.1501-0.0637-0.01870.055-0.09150.13730.1679-0.00720.01220.1457-0.03470.09923.736684.194783.4572
31.1562-0.10.41941.6045-0.763.3918-0.0308-0.1996-0.00870.1717-0.1021-0.1184-0.07390.27420.13290.14920.0042-0.03840.22270.03260.104726.788488.031652.3988
43.3653-1.15050.39832.5215-0.22293.15020.09690.46470.5536-0.1262-0.2554-0.4065-0.12680.48480.15850.10030.00910.0310.22110.12050.220352.589871.579561.6995
51.2053-1.1497-0.33451.7052-0.43821.5362-0.0383-0.0063-0.0374-0.08960.11340.13860.0445-0.0012-0.07510.0633-0.0572-0.02760.05550.02170.027536.287170.79967.5935
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 137
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 137
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 137
4X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 137
5X-RAY DIFFRACTION5A - D1 - 140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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