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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3piv | ||||||
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タイトル | Zebrafish interferon 1 | ||||||
要素 | Interferon | ||||||
キーワード | CYTOKINE / Interferon / zebrafish | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / type I interferon receptor binding / regulation of defense response to virus by host / response to arsenic-containing substance / response to exogenous dsRNA / cytokine activity / response to virus / defense response to virus / defense response to bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.086 Å | ||||||
データ登録者 | Hamming, O.J. / Hartmann, R. / Lutfalla, G. / Levraud, J.-P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011 タイトル: Crystal Structure of Zebrafish Interferons I and II Reveals Conservation of Type I Interferon Structure in Vertebrates. 著者: Hamming, O.J. / Lutfalla, G. / Levraud, J.P. / Hartmann, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3piv.cif.gz | 73.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3piv.ent.gz | 59.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3piv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3piv_validation.pdf.gz | 440.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3piv_full_validation.pdf.gz | 445.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3piv_validation.xml.gz | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3piv_validation.cif.gz | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/3piv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/3piv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19433.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: ifnphi1, ifn1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8AY12 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.67 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M NaCl, 20% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 6.5, 3% (v/v) Jeffamine M-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.8742 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月12日 | |||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.8742 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.086→51.29 Å / Num. all: 17632 / Num. obs: 18309 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 24.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 12.4 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.086→48.819 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 0.14 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.31 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.086→48.819 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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