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- PDB-3piq: Crystal structure of human 2909 Fab, a quaternary structure-speci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3piq
タイトルCrystal structure of human 2909 Fab, a quaternary structure-specific antibody against HIV-1
要素
  • Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
  • Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / neutralizing / HIV-1 / quaternary epitope / trimeric envelope spike
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.325 Å
データ登録者Changela, A. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Human Antibody 2909 Reveals Conserved Features of Quaternary Structure-Specific Antibodies That Potently Neutralize HIV-1.
著者: Changela, A. / Wu, X. / Yang, Y. / Zhang, B. / Zhu, J. / Nardone, G.A. / O'Dell, S. / Pancera, M. / Gorny, M.K. / Phogat, S. / Robinson, J.E. / Stamatatos, L. / Zolla-Pazner, S. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2010年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
H: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
L: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain
A: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
B: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain
C: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
D: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain
E: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
F: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain
G: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
I: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain
J: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
K: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,94312
ポリマ－284,94312
非ポリマー00
水00
1
H: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
L: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4912
ポリマ－47,4912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20990 Å2
手法PISA
2
A: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
B: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4912
ポリマ－47,4912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20240 Å2
手法PISA
3
C: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
D: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4912
ポリマ－47,4912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20930 Å2
手法PISA
4
E: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
F: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4912
ポリマ－47,4912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20150 Å2
手法PISA
5
G: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
I: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4912
ポリマ－47,4912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20900 Å2
手法PISA
6
J: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
K: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4912
ポリマ－47,4912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area21060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.373, 180.373, 222.526
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: 抗体
Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain


分子量: 24907.670 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain


分子量: 22582.885 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
配列の詳細THE NATIVE N-TERMINAL SERINE IN THE 2909 LIGHT CHAIN IS MISSING DUE TO ALTERATION OF THE SIGNAL ...THE NATIVE N-TERMINAL SERINE IN THE 2909 LIGHT CHAIN IS MISSING DUE TO ALTERATION OF THE SIGNAL PEPTIDE SEQUENCE IN THE IMMUNOGLOBULIN EXPRESSED BY TRANSIENT TRANSFECTION FROM SYNTHETIC GENE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 17% PEG 8000, 0.1M Tris-Cl (pH 8.5), 0.1M NaCl, 3% galactose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.325→50 Å / Num. obs: 49978 / % possible obs: 81.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.156 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 3.325→3.36 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique all: 1322 / Rsym value: 0.449 / % possible all: 43.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3LRS

3lrs


解像度: 3.325→22.375 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2991 2452 5.12 %RANDOM
Rwork0.2365 ---
obs0.2397 47907 77.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.166 Å2 / ksol: 0.267 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.0592 Å20 Å20 Å2
2---25.0592 Å20 Å2
3---50.1185 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.325→22.375 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19449 0 0 0 19449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00319971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57727218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8637032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043031
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033506
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.325-3.38910.3698380.343678282024
3.3891-3.45810.4289550.32171376143142
3.4581-3.5330.3463890.3221544163348
3.533-3.61480.38081080.32751678178653
3.6148-3.70480.38851070.30731875198259
3.7048-3.80450.35761060.30262107221365
3.8045-3.91590.35931110.28282337244871
3.9159-4.04160.35911270.28412557268479
4.0416-4.18510.31671490.25722734288384
4.1851-4.35150.25291630.22032906306990
4.3515-4.5480.30141850.19652987317293
4.548-4.78560.27881720.19543085325795
4.7856-5.08210.22691780.19273108328696
5.0821-5.46920.29031610.19343178333997
5.4692-6.00990.3051640.22533230339498
6.0099-6.85760.32961750.22913273344899
6.8576-8.55860.26331840.22713292347699
8.5586-22.37540.25941800.22783406358699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23<