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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pin | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mxr1 from Saccharomyces cerevisiae in complex with Trx2 | ||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT/Oxidoreductase / methionine-S-sulfoxide reductase / thioredoxin / ELECTRON TRANSPORT-Oxidoreductase complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane fusion priming complex / protein deglutathionylation / L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / TP53 Regulates Metabolic Genes / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / The NLRP3 inflammasome / vacuole inheritance / vacuole fusion, non-autophagic ...membrane fusion priming complex / protein deglutathionylation / L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / TP53 Regulates Metabolic Genes / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / The NLRP3 inflammasome / vacuole inheritance / vacuole fusion, non-autophagic / sulfate assimilation / disulfide oxidoreductase activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / fungal-type vacuole / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / deoxyribonucleotide biosynthetic process / Oxidative Stress Induced Senescence / protein-disulfide reductase activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / protein transport / cellular response to oxidative stress / Golgi membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Ma, X.X. / Guo, P.C. / Shi, W.W. / Luo, M. / Tan, X.F. / Chen, Y. / Zhou, C.Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Structural plasticity of the thioredoxin recognition site of yeast methionine S-sulfoxide reductase Mxr1 著者: Ma, X.X. / Guo, P.C. / Shi, W.W. / Luo, M. / Tan, X.F. / Chen, Y. / Zhou, C.Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pin.cif.gz | 111.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pin.ent.gz | 86.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pin.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/3pin ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/3pin | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11197.771 Da / 分子数: 1 / 変異: C34S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TRX2 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22803 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20975.432 Da / 分子数: 1 / 変異: C23S, C25S, C44S, C68S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MXR1 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P40029, peptide-methionine (S)-S-oxide reductase |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M trimethylamine N-oxide, 0.1M Tris, 20% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 8320 / % possible obs: 98 % |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3PIL, 2FA4 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 39.132 / SU ML: 0.353 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.381 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.271 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.703→2.773 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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