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- PDB-3pin: Crystal structure of Mxr1 from Saccharomyces cerevisiae in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pin
タイトルCrystal structure of Mxr1 from Saccharomyces cerevisiae in complex with Trx2
要素
  • Peptide methionine sulfoxide reductase
  • Thioredoxin-2
キーワードELECTRON TRANSPORT/Oxidoreductase / methionine-S-sulfoxide reductase / thioredoxin / ELECTRON TRANSPORT-Oxidoreductase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion priming complex / TP53 Regulates Metabolic Genes / L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / The NLRP3 inflammasome / vacuole fusion, non-autophagic / vacuole inheritance / sulfate assimilation ...membrane fusion priming complex / TP53 Regulates Metabolic Genes / L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / The NLRP3 inflammasome / vacuole fusion, non-autophagic / vacuole inheritance / sulfate assimilation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / disulfide oxidoreductase activity / fungal-type vacuole / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / Oxidative Stress Induced Senescence / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein-disulfide reductase activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / protein transport / cellular response to oxidative stress / Golgi membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide Methionine Sulfoxide Reductase; Chain A / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA / : / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA superfamily / Peptide methionine sulfoxide reductase / Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. ...Peptide Methionine Sulfoxide Reductase; Chain A / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA / : / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA superfamily / Peptide methionine sulfoxide reductase / Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin-2 / Peptide methionine sulfoxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ma, X.X. / Guo, P.C. / Shi, W.W. / Luo, M. / Tan, X.F. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural plasticity of the thioredoxin recognition site of yeast methionine S-sulfoxide reductase Mxr1
著者: Ma, X.X. / Guo, P.C. / Shi, W.W. / Luo, M. / Tan, X.F. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2010年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月9日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin-2
B: Peptide methionine sulfoxide reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1732
ポリマ－32,1732
非ポリマー00
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.266, 122.266, 122.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin-2 / Thioredoxin II / TR-II / Thioredoxin-1


分子量: 11197.771 Da / 分子数: 1 / 変異: C34S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TRX2 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22803
#2: タンパク質 Peptide methionine sulfoxide reductase / Peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / Peptide Met(O) reductase / Protein-methionine-S-oxide reductase


分子量: 20975.432 Da / 分子数: 1 / 変異: C23S, C25S, C44S, C68S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MXR1 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P40029, peptide-methionine (S)-S-oxide reductase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M trimethylamine N-oxide, 0.1M Tris, 20% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 8320 / % possible obs: 98 %
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PIL, 2FA4

3pil

2fa4


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 39.132 / SU ML: 0.353 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.381 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27882 393 4.7 %RANDOM
Rwork0.23443 ---
obs0.23661 7926 97.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.271 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1924 0 0 15 1939
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221966
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9881.9562657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1185238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.83624.71387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.26115341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.86157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1781.51209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.35421946
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5383757
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9654.5711
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.703→2.773 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 36 -
Rwork0.342 588 -
obs--98.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7541-1.37670.23515.21410.54656.0003-0.04120.71330.1816-0.6373-0.0030.3798-0.3697-0.22290.04420.24630.0499-0.01010.32260.07270.121-0.975-46.30915.746
26.25690.01280.07085.58110.83623.33650.1148-0.5391-0.1960.50090.0921-0.0157-0.03240.0794-0.20690.24920.0168-0.01260.27150.01070.047222.144-58.17632.034
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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