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- PDB-3pgm: THE STRUCTURE OF YEAST PHOSPHOGLYCERATE MUTASE AT 0.28 NM RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pgm
タイトルTHE STRUCTURE OF YEAST PHOSPHOGLYCERATE MUTASE AT 0.28 NM RESOLUTION
要素Phosphoglycerate mutase 1
キーワードTRANSFERASE (PHOSPHORYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / phosphoglycerate mutase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase 1 / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / Phosphoglycerate mutase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Campbell, J.W. / Hodgson, G.I. / Warwicker, J. / Winn, S.I. / Watson, H.C.
引用
ジャーナル: Philos.Trans.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1981
タイトル: Structure and activity of phosphoglycerate mutase.
著者: Winn, S.I. / Watson, H.C. / Harkins, R.N. / Fothergill, L.A.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: The Amino-Acid Sequence of Yeast Phosphoglycerate Mutase
著者: Fothergill, L.A. / Harkins, R.N.
#2: ジャーナル: Philos.Trans.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1981
タイトル: Structure and Activity of Phosphoglycerate Mutase
著者: Winn, S.I. / Watson, H.C. / Harkins, R.N. / Fothergill, L.A.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1974
タイトル: Structure of Yeast Phosphoglycerate Mutase
著者: Campbell, J.W. / Watson, H.C. / Hodgson, G.I.
#4: ジャーナル: Nature New Biol. / 年: 1972
タイトル: Low Resolution Structure of Yeast Phosphoglycerate Mutase
著者: Campbell, J.W. / Hodgson, G.I. / Watson, H.C.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1971
タイトル: A Preliminary X-Ray Crystallographic Investigation of Yeast Phosphoglycerate Mutase
著者: Campbell, J.W. / Hodgson, G.I. / Watson, H.C. / Scopes, R.K.
履歴
登録1982年4月6日処理サイト: BNL
置き換え1982年5月26日ID: 1PGM
改定 1.01982年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年8月14日Group: Other
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52023年5月31日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 700SHEET CAUTION. THE DEFINITION OF THE BEGINNING AND END OF HELICES AND SHEET STRANDS GIVEN BELOW ...SHEET CAUTION. THE DEFINITION OF THE BEGINNING AND END OF HELICES AND SHEET STRANDS GIVEN BELOW DEPENDS SOMEWHAT ON THE CRITERIA USED TO DEFINE A *GOOD* HYDROGEN BOND. TURNS LISTED BELOW ARE THOSE WHERE CA(1)-CA(4) IS LESS THAN 5.7 ANGSTROMS AND O(1)-N(4) IS LESS THAN 3.2 ANGSTROMS. FULL TURN DEFINITION MUST AWAIT FURTHER REFINEMENT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoglycerate mutase 1
B: Phosphoglycerate mutase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0948
ポリマ－54,3382
非ポリマー7566
水00
1
A: Phosphoglycerate mutase 1
B: Phosphoglycerate mutase 1
ヘテロ分子

A: Phosphoglycerate mutase 1
B: Phosphoglycerate mutase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,18916
ポリマ－108,6764
非ポリマー1,51312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.400, 85.900, 81.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (-1), (-1), (1))

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要素

#1: タンパク質 Phosphoglycerate mutase 1


分子量: 27168.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P00950, EC: 2.7.5.3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化最高解像度: 2.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3666 0 42 0 3708

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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