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万見
- PDB-3pgl: Crystal structure of human small C-terminal domain phosphatase 1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pgl
タイトルCrystal structure of human small C-terminal domain phosphatase 1 (Scp1) bound to rabeprazole
要素Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HAD family / insertion domain / CTD phosphatase / neuronal silencer / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / myosin phosphatase activity / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of neuron differentiation / protein dephosphorylation / negative regulation of protein phosphorylation / negative regulation of neurogenesis / regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome ...RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / myosin phosphatase activity / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of neuron differentiation / protein dephosphorylation / negative regulation of protein phosphorylation / negative regulation of neurogenesis / regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dullard phosphatase domain, eukaryotic / CTD small RNA polymerase II polypeptide A phosphatase-like / FCP1 homology domain / NLI interacting factor-like phosphatase / FCP1 homology domain profile. / catalytic domain of ctd-like phosphatases / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold ...Dullard phosphatase domain, eukaryotic / CTD small RNA polymerase II polypeptide A phosphatase-like / FCP1 homology domain / NLI interacting factor-like phosphatase / FCP1 homology domain profile. / catalytic domain of ctd-like phosphatases / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RZX / Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Zhang, M. / Cho, E.J. / Burstein, G. / Siegel, D. / Zhang, Y.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Selective inactivation of a human neuronal silencing phosphatase by a small molecule inhibitor.
著者: Zhang, M. / Cho, E.J. / Burstein, G. / Siegel, D. / Zhang, Y.
履歴
登録2010年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1
B: Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8875
ポリマ－41,4792
非ポリマー4083
水2,018112
1
A: Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1233
ポリマ－20,7401
非ポリマー3842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7642
ポリマ－20,7401
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.525, 78.260, 62.682
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1 / Nuclear LIM interactor-interacting factor 3 / NLI-IF / NLI-interacting factor 3 / Small C-terminal ...Nuclear LIM interactor-interacting factor 3 / NLI-IF / NLI-interacting factor 3 / Small C-terminal domain phosphatase 1 / SCP1 / Small CTD phosphatase 1


分子量: 20739.592 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTDSP1, CTDSP1 or SCP1, NIF3, NLIIF, SCP1 / プラスミド: pHIS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9GZU7, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-RZX / 2-[(R)-{[4-(3-methoxypropoxy)-3-methylpyridin-2-yl]methyl}sulfinyl]-1H-benzimidazole / Rabeprazole


分子量: 359.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21N3O3S / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% PEG 3350, 0.2 M magnesium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月26日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→64.95 Å / Num. all: 23650 / Num. obs: 21285 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1.238 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.35-2.392.20.3975630.821147.3
2.39-2.432.30.3726470.963155.5
2.43-2.482.40.3467830.909166.9
2.48-2.532.50.3618900.973174.7
2.53-2.592.70.429450.826183.3
2.59-2.652.90.3810570.97189
2.65-2.7130.35911030.918193.1
2.71-2.793.10.30811180.938196.7
2.79-2.873.30.28611770.919198.6
2.87-2.963.40.25811710.937199.4
2.96-3.073.40.19911551.087199.8
3.07-3.193.40.15911871.1421100
3.19-3.333.40.12611731.1671100
3.33-3.513.40.10612051.3591100
3.51-3.733.40.08611601.4391100
3.73-4.023.40.07411791.542199.9
4.02-4.423.40.0611831.708199.9
4.42-5.063.40.05111831.606199.7
5.06-6.373.30.05411901.497199.9
6.37-503.20.04412161.827199

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.018 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2654 1097 5.2 %RANDOM
Rwork0.2074 ---
obs0.2104 20188 89.79 %-
all-22431 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.69 Å2 / Biso mean: 32.1227 Å2 / Biso min: 4.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å20 Å20.76 Å2
2--1.49 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2928 0 27 112 3067
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9771.9664116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.125358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.78523.59156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.6515492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5361524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212347
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9291.51808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78122938
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.83431219
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.494.51178
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.407 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 40 -
Rwork0.282 784 -
all-824 -
obs--47.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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