PDB-3pg8: Truncated form of 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate syn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pg8

タイトル

Truncated form of 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase from Thermotoga maritima

要素

Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

キーワード

TRANSFERASE / Thermotoga maritima / DAH7PS / Shikimate pathway / aromatic biosynthesis / Tim barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / aldehyde-lyase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cross, P.J. / Dobson, R.C.J. / Patchett, M.L. / Parker, E.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Tyrosine latching of a regulatory gate affords allosteric control of aromatic amino acid biosynthesis
著者: Cross, P.J. / Dobson, R.C.J. / Patchett, M.L. / Parker, E.J.

履歴

登録	2010年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年8月22日	Group: Database references
改定 1.3	2014年11月12日	Group: Other
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pg8.cif.gz	217 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pg8.ent.gz	173.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pg8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/3pg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/3pg8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pg9C 1rzmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2no0-d 1zco-d 6wmc-d 5ujw-1 2a9j-d 6myv-4 4bbw-d 2no1-d 3l6e-3 6wmb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

ヘテロ分子

60.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.510, 55.456, 166.935
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3- ...3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3-deoxyheptonate aldolase 分子量: 29950.326 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 (DSM3109) / 遺伝子: aroF / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9WYH8, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.51 % / Mosaicity: 0.48 °
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 8%(w/v) PEG 4000, 0.1M sodium acetate, 0.02%(w/v) sodium azide, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→45.047 Å / Num. all: 32385 / Num. obs: 32385 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.42 Å² / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 12.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2-2.11	3.7	0.337	0.293	2	17558	4723	0.162	0.337	0.293	4.1	96.3
2.11-2.24	3.7	0.237	0.206	3.6	16870	4518	0.113	0.237	0.206	5.5	96.3
2.24-2.39	3.7	0.153	0.133	5.4	15661	4195	0.074	0.153	0.133	7.9	95.4
2.39-2.58	3.8	0.122	0.106	5.7	14681	3914	0.059	0.122	0.106	9.8	95.1
2.58-2.83	3.7	0.098	0.085	3.5	13449	3605	0.047	0.098	0.085	12.2	94.7
2.83-3.16	3.7	0.074	0.064	6.9	12040	3225	0.036	0.074	0.064	15.5	93.9
3.16-3.65	3.7	0.068	0.059	10.1	10601	2871	0.034	0.068	0.059	19.7	93.7
3.65-4.47	3.7	0.061	0.053	11.1	8810	2408	0.03	0.061	0.053	23	92.2
4.47-6.32	3.5	0.045	0.039	14.4	6563	1873	0.023	0.045	0.039	25.6	91.3
6.32-45.047	3.7	0.044	0.038	13.6	3914	1053	0.021	0.044	0.038	28.8	88.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.15	data processing
PHENIX	1.6.1_357	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RZM

1rzm

解像度: 2→38.57 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.8828 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2094	2006	6.2 %	Random
R_work	0.1546	-	-	-
obs	0.158	32352	93.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.075 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.59 Å² / B_iso mean: 30.2709 Å² / B_iso min: 10.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.0436 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.3396 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.296 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3940	0	39	238	4217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4121
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.995	5580
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	645
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	723
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.467	1506

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0715	0.2385	204	0.1709	3040	3244	96
2.0715-2.1545	0.2322	194	0.1558	3059	3253	96
2.1545-2.2525	0.2221	197	0.1579	3042	3239	96
2.2525-2.3712	0.2159	198	0.1473	3029	3227	95
2.3712-2.5198	0.2029	199	0.1465	3032	3231	94
2.5198-2.7143	0.2222	202	0.1573	3031	3233	95
2.7143-2.9873	0.226	204	0.1566	3022	3226	94
2.9873-3.4194	0.1991	202	0.1487	3013	3215	93
3.4194-4.3072	0.1925	202	0.1383	3021	3223	92
4.3072-38.5771	0.2014	204	0.1649	3057	3261	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2197	-1.1646	-0.0329	1.1276	0.2053	1.4017	-0.1143	-0.0248	0.165	0.0399	0.0382	-0.052	-0.1346	-0.0276	0.0759	0.1724	-0.0137	-0.0479	0.1224	0.0037	0.1946	10.5222	-2.2074	-32.0909
2	0.7771	-0.5338	0.3167	1.8299	0.3169	1.2255	-0.0108	0.0709	-0.0707	-0.09	-0.0679	0.2287	0.0231	-0.1791	0.0668	0.134	0.0027	-0.0419	0.1199	0.0014	0.1591	2.633	-7.9151	-36.7681
3	1.0542	-0.437	0.5679	1.0258	0.2233	1.0134	0.0143	-0.1419	-0.1182	0.079	0.029	0.0404	0.1025	-0.0707	-0.0503	0.1732	-0.0232	-0.04	0.1689	0.0193	0.1824	11.9222	-20.3395	-32.3871
4	1.1531	-0.2344	0.7593	1.4616	-0.1063	0.5013	-0.1661	-0.2887	0.0995	0.2559	0.1369	0.1721	-0.0362	-0.153	0.0296	0.1997	0.031	-0.0104	0.1871	0.015	0.1832	14.4099	-9.738	-19.7934
5	1.3256	-0.0512	0.8697	2.2622	1.3708	7.2031	-0.044	-0.3056	0.3009	0.2873	0.0828	-0.1994	-0.4869	-0.2562	0.1837	0.1617	0.0106	-0.0997	0.0847	0.0116	0.1821	18.7621	-3.6362	-19.5849
6	0.7313	-0.5076	-0.829	2.1324	0.0178	1.1419	-0.1436	-0.4473	0.3164	0.7126	0.075	0.5892	-0.2114	0.0293	0.0034	0.2238	-0.0258	0.0483	0.2166	-0.0258	0.2439	18.8535	-21.6071	3.7002
7	1.1553	-0.5315	-0.1882	1.0605	-0.4997	1.4729	-0.0425	-0.0785	-0.1026	-0.0643	-0.043	-0.0919	0.2217	0.2863	0.0499	0.1213	0.0102	-0.003	0.2014	0.0224	0.1725	40.9534	-33.9129	-12.5911
8	0.8335	-0.5597	-0.1466	0.5963	-0.3206	1.113	-0.0535	-0.0623	-0.1384	-0.0063	0.0294	0.1092	0.02	-0.054	0.0296	0.1494	-0.0115	-0.0122	0.1506	0.0317	0.1589	28.4554	-42.077	-3.9816
9	1.1007	-0.1336	0.0753	0.8237	-0.7098	0.9985	0.0257	0.047	-0.0129	-0.0528	-0.0108	0.1177	0.1325	-0.0791	-0.0518	0.1552	-0.0102	-0.0131	0.1535	0.0115	0.1275	22.3786	-27.8902	-12.9377
10	1.8158	-0.601	-0.6848	0.9707	-0.0094	1.9201	0.2246	0.3994	-0.0005	-0.1617	-0.2606	-0.265	0.0148	0.0277	0.0486	0.1746	0.0027	-0.0111	0.2201	0.0106	0.1655	36.7158	-26.7369	-23.3932

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 68:156)	A	68 - 156
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 157:209)	A	157 - 209
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 210:266)	A	210 - 266
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 267:304)	A	267 - 304
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 305:338)	A	305 - 338
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 68:79)	B	68 - 79
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 80:163)	B	80 - 163
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 164:201)	B	164 - 201
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 202:296)	B	202 - 296
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 297:338)	B	297 - 338

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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