PDB-3pfl: CRYSTAL STRUCTURE OF PFL FROM E.COLI IN COMPLEX WITH SUBSTRATE AN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pfl

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF PFL FROM E.COLI IN COMPLEX WITH SUBSTRATE ANALOGUE OXAMATE

要素

PROTEIN (FORMATE ACETYLTRANSFERASE 1)

キーワード

LYASE/TRANSFERASE / GLYCYL RADICAL ENZYME / TRANSFERASE / GLUCOSE METABOLISM / LYASE-TRANSFERASE COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

formate C-acetyltransferase / formate C-acetyltransferase activity / glucose metabolic process / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Becker, A. / Fritz-Wolf, K. / Kabsch, W. / Knappe, J. / Schultz, S. / Wagner, A.F.V.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure and mechanism of the glycyl radical enzyme pyruvate formate-lyase.
著者: Becker, A. / Fritz-Wolf, K. / Kabsch, W. / Knappe, J. / Schultz, S. / Volker Wagner, A.F.

履歴

登録	1999年5月14日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pfl.cif.gz	308.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pfl.ent.gz	250.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pfl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pfl_validation.pdf.gz	458 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pfl_full_validation.pdf.gz	500.8 KB	表示
XML形式データ	3pfl_validation.xml.gz	62.4 KB	表示
CIF形式データ	3pfl_validation.cif.gz	87.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/3pfl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/3pfl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cm5C 2pflC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2pfl-d 1h17-1 1mzo-d 1h16-1 1h18-d 1cm5-d 6dxb-d 6w0p-2 1pwh-d 5u89-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN (FORMATE ACETYLTRANSFERASE 1)

B: PROTEIN (FORMATE ACETYLTRANSFERASE 1)

ヘテロ分子

171 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	159.210, 159.210, 160.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9119, 0.4058, 0.061), (0.407, 0.8756, 0.2603), (0.0522, 0.2622, -0.9636)
ベクター: 131.4801, -52.4403, 172.396)

#1: タンパク質	PROTEIN (FORMATE ACETYLTRANSFERASE 1) / PYRUVATE FORMATE-LYASE 分子量: 85327.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09373, formate C-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸分子量: 89.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %

結晶化

pH: 7.3 / 詳細: pH 7.3

結晶化

*PLUS

手法: microdialysis

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	10 mg/ml	protein	1	1
2	25 mM	Mops/NH3	1	1
3	50 mM		1	1	NH4Cl
4	10 mM	dithiothreitol	1	1
5	3 mM		1	1	NaN3
6	16 %(w/v)	PEG1000	1	1
7	25 mM	Mops/NH3	1	2
8	50 mM		1	2	NH4Cl
9	1 mM	dithiothreitol	1	2
10	1 mM	EDTA	1	2
11	3 mM		1	2	NaN3
12	2 mM		1	2	MgCl2
13	24-30 %(w/v)	PEG1000	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8467
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 日付: 1999年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8467 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 61282 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 56.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.088
反射	PLUS Num. measured all*: 333383

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	CNS 0.5	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→50 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Data cutoff high rms absF: 626424.91 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: DISORDERED REGIONS (RESIDUES A1-A3 AND B1-B3) WERE MODELED STEREOCHEMICALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	2927	4.8 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.212	61282	96.1 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 37.33 Å² / k_sol: 0.314 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.44 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.4 Å	0.33 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.44 Å	0.35 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11976	0	12	527	12515

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.79
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.27	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.99	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.07	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.92	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.76 Å / R_factor R_free error: 0.016 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	471	4.7 %
R_work	0.295	9454	-
obs	-	-	94.9 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	OXM.PAR	OXM.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	22.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.79

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関連情報:EMDBヘッダ

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