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- PDB-3pf6: The structure of uncharacterized protein PP-LUZ7_gp033 from Pseud... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pf6
タイトルThe structure of uncharacterized protein PP-LUZ7_gp033 from Pseudomonas phage LUZ7.
要素hypothetical protein PP-LUZ7_gp033
キーワードstructural genomics / unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / dsDNA viruses
機能・相同性Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2290 / : / Domain of unknown function (DUF6833) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / DUF6833 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage LUZ7 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Evdokimova, E. / Liu, F. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of uncharacterized protein PP-LUZ7_gp033 from Pseudomonas phage LUZ7.
著者: Cuff, M.E. / Evdokimova, E. / Liu, F. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein PP-LUZ7_gp033
B: hypothetical protein PP-LUZ7_gp033
C: hypothetical protein PP-LUZ7_gp033
D: hypothetical protein PP-LUZ7_gp033
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8039
ポリマ－28,6264
非ポリマー1775
水6,503361
1
A: hypothetical protein PP-LUZ7_gp033
D: hypothetical protein PP-LUZ7_gp033
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3844
ポリマ－14,3132
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area6370 Å2
手法PISA
2
B: hypothetical protein PP-LUZ7_gp033
C: hypothetical protein PP-LUZ7_gp033
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4195
ポリマ－14,3132
非ポリマー1063
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area6250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.886, 40.822, 46.268
Angle α, β, γ (deg.)70.140, 84.610, 83.860
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
hypothetical protein PP-LUZ7_gp033


分子量: 7156.506 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage LUZ7 (ファージ)
遺伝子: PP-LUZ7_gp033 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): modified BL21(DE3) / 参照: UniProt: C8ZKC7
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AT THIS POSITION, THE ELECTRON DENSITY IN ALL CASES WAS CLEARLY PHE. IT WAS NOT ENGINEERED ON PURPOSE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.36 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 0.2M NaCl, 0.1M tri-sodium citrate pH 5.7, 29% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月14日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.8 % / Av σ(I) over netI: 12.48 / 数: 162142 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Χ2: 1.5 / D res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 27869 / % possible obs: 96.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.345095.510.1242.3585.4
3.454.3498.110.1011.6815.7
3.013.4598.710.1081.8665.9
2.743.0197.810.1161.8585.9
2.542.7498.110.1241.8535.9
2.392.5497.810.1241.6995.9
2.272.3997.910.1191.6335.9
2.172.2797.310.1321.7555.9
2.092.1797.310.1331.5775.9
2.022.0996.810.1471.625.9
1.952.0296.710.141.3635.9
1.91.9596.610.1681.6975.9
1.851.996.610.1541.2215.9
1.81.8595.910.1611.1195.9
1.761.895.910.1761.0875.9
1.721.7695.710.1871.0015.9
1.691.7295.410.1971.1456
1.661.6995.910.2151.1115.9
1.631.6694.810.2311.0855.7
1.61.6395.210.2451.1415.1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 27869 / Num. obs: 27869 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Χ2: 1.495 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.6-1.635.10.24513591.14195.2
1.63-1.665.70.23113561.08594.8
1.66-1.695.90.21514151.11195.9
1.69-1.7260.19713491.14595.4
1.72-1.765.90.18713941.00195.7
1.76-1.85.90.17613871.08795.9
1.8-1.855.90.16113861.11995.9
1.85-1.95.90.15413811.22196.6
1.9-1.955.90.16813801.69796.6
1.95-2.025.90.1414021.36396.7
2.02-2.095.90.14713831.6296.8
2.09-2.175.90.13314211.57797.3
2.17-2.275.90.13214181.75597.3
2.27-2.395.90.11913921.63397.9
2.39-2.545.90.12414011.69997.8
2.54-2.745.90.12414271.85398.1
2.74-3.015.90.11613941.85897.8
3.01-3.455.90.10814221.86698.7
3.45-4.345.70.10114141.68198.1
4.34-505.40.12413882.35895.5

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.6 Å / D res low: 43.43 Å / FOM : 0 / FOM acentric: 0.336 / FOM centric: 0 / 反射: 0 / Reflection acentric: 27700 / Reflection centric: 0
Phasing MAD setR cullis acentric: 1.05 / R cullis centric: 0 / 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 43.43 Å / Loc acentric: 0.1 / Loc centric: 0 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 27700 / Reflection centric: 0
Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 0 / Loc centric: 0 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _

解像度 (Å)R cullis acentricLoc acentricReflection acentric
10.18-43.431.120.374
5.76-10.181.010.3490
4.02-5.760.990.41184
3.09-4.020.910.32143
2.5-3.0910.23445
2.11-2.51.030.24948
1.82-2.111.140.16754
1.6-1.821.30.18662
Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se / Occupancy iso: 0

IDB isoFract xFract yFract zOccupancy
115.23380.9230.550.6713.147
215.51550.9730.2010.7932.779
316.35740.8870.7970.3582.749
416.09241.446-0.0241.0543.122
519.57830.8690.5870.5632.961
617.25840.4160.5270.5862.969
718.07880.9380.8760.0522.624
821.4150.4170.4680.5023.508
918.58331.4430.0881.0852.835
1022.01950.990.9980.0012.339
1125.38960.70.6710.061.848
1224.87471.1690.5750.8391.276
1328.93751.2630.5570.8261.875
1420.23280.550.6220.0931.062
1526.30140.6010.690.0731.245
1626.4111.140.6020.8911.074
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centricReflection acentricReflection centric
10.18-43.4300.3250740
5.76-10.1800.37104900
4.02-5.7600.353011840
3.09-4.0200.348021430
2.5-3.0900.386034450
2.11-2.500.383049480
1.82-2.1100.337067540
1.6-1.8200.282086620
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 27700
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
5.96-10064.50.84501
4.8-5.9658.20.925509
4.2-4.854.90.928503
3.78-4.259.60.932589
3.47-3.7863.50.918636
3.22-3.4759.60.931699
3.02-3.2258.20.909739
2.85-3.0257.50.909786
2.71-2.8554.90.903813
2.58-2.71590.903883
2.48-2.5858.20.91905
2.38-2.48560.91955
2.3-2.38570.911966
2.22-2.360.20.9081037
2.15-2.2254.10.9091032
2.09-2.1554.10.9031086
2.03-2.0960.30.8881095
1.98-2.0360.60.8841140
1.93-1.9860.80.8741163
1.88-1.9362.10.8831185
1.84-1.8862.70.8771221
1.8-1.8461.70.8821225
1.76-1.861.90.8611259
1.73-1.76660.8541312
1.69-1.7364.90.8571286
1.66-1.6963.80.8461342
1.63-1.6667.10.7971351
1.6-1.6369.90.7651482

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法6.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→31.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.1915 / WRfactor Rwork: 0.1551 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9364 / SU B: 2.67 / SU ML: 0.044 / SU R Cruickshank DPI: 0.0799 / SU Rfree: 0.0793 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.079
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1647 1409 5.1 %RANDOM
Rwork0.1346 ---
all0.1361 27737 --
obs0.1361 27737 96.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.16 Å2 / Biso mean: 17.5547 Å2 / Biso min: 5.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å2-0.05 Å20.5 Å2
2---0.57 Å21.39 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→31.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 5 361 2188
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211941
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.9542637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87633188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0615242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.42423.18791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.57615324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.9041513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8271.51196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2431.5469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49621933
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3643745
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8614.5704
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.162 90 -
Rwork0.146 1849 -
all-1939 -
obs--93.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0171-0.0123-0.00421.1618-0.57541.413-0.0128-0.0338-0.02620.0081-0.0299-0.04490.00140.01280.04270.01230.0039-0.00050.0129-0.01040.01819.053731.058926.1147
21.02090.0154-0.09140.7329-0.40741.8596-0.0147-0.0186-0.0234-0.0040.0261-0.01420.0266-0.0973-0.01140.01140.0029-0.00510.0121-0.00870.0174-4.424839.69432.2479
31.91370.5149-0.05251.1971-0.36621.68130.004-0.044-0.02120.03020.00980.0510.0108-0.1071-0.01380.01440.0051-0.00420.0165-0.00810.0138-5.237139.56381.2957
41.97760.47160.36561.1938-0.421.59830.0173-0.0398-0.04760.0131-0.0297-0.09510.03490.08130.01240.01460.00450.00070.0113-0.00560.020210.227431.831625.6473
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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