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- PDB-3pei: Crystal Structure of Cytosol Aminopeptidase from Francisella tula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pei
タイトルCrystal Structure of Cytosol Aminopeptidase from Francisella tularensis
要素Cytosol aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta sandwich / aminopeptidase / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial leucyl aminopeptidase / leucyl aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / manganese ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, N-terminal / Cytosol aminopeptidase family, N-terminal domain / Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases ...Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, N-terminal / Cytosol aminopeptidase family, N-terminal domain / Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Probable cytosol aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Cytosol Aminopeptidase from Francisella tularensis
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosol aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,31425
ポリマ－53,9531
非ポリマー1,36224
水6,593366
1
A: Cytosol aminopeptidase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,885150
ポリマ－323,7156
非ポリマー8,170144
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area47100 Å2
ΔGint-253 kcal/mol
Surface area97040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.483, 161.483, 105.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
詳細hexamer is generated by x,y,z x,x-y,-z+1/2 -y+1,x-y,z -x+y+1,y,-z+1/2 -x+y+1,-x+1,z -y+1,-x+1,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytosol aminopeptidase


分子量: 53952.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal HIS-Tag vector
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
株: SCHU S4 / 遺伝子: FTT_1318c, pepA / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q5NFC1, leucyl aminopeptidase

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非ポリマー , 7種, 390分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M potassium iodide, 20 % PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 22700 / Num. obs: 22700 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 40.15 Å2 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 1106 / Rsym value: 0.524 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXモデル構築
RESOLVEモデル構築
BUCCANEERモデル構築
PHENIX精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE位相決定
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 17.473 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1159 5.1 %RANDOM
Rwork0.165 ---
all0.167 21500 --
obs0.167 21500 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0.03 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3475 0 76 366 3917
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_refined_d0.0110.0223669
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_refined_deg1.3391.9894930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_1_deg5.9235471
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_2_deg38.91525.948153
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_3_deg19.09215668
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_4_deg20.6891513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0820.2563
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_refined0.0060.022679
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONf_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONf_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONf_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_it4.4831.52317
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONf_mcangle_it7.59523702
X-RAY DIFFRACTIONf_scbond_it9.22331352
X-RAY DIFFRACTIONf_scangle_it12.054.51228
X-RAY DIFFRACTIONf_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONf_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 94 -
Rwork0.221 1514 -
obs-1608 98.17 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 61.5127 Å / Origin y: 20.4598 Å / Origin z: 11.1835 Å
111213212223313233
T0.0826 Å2-0.0083 Å20.0091 Å2-0.0435 Å2-0.0603 Å2--0.0856 Å2
L0.0788 °2-0.2214 °2-0.0258 °2-0.8839 °2-0.072 °2--0.3552 °2
S0.0182 Å °-0.0044 Å °0.0088 Å °-0.0089 Å °-0.0252 Å °0.0347 Å °0.03 Å °-0.0231 Å °0.007 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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