PDB-3pdu: Crystal structure of gamma-hydroxybutyrate dehydrogenase from Geo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pdu

タイトル

Crystal structure of gamma-hydroxybutyrate dehydrogenase from Geobacter sulfurreducens in complex with NADP+

要素

3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / gamma-hydroxybutyrate dehydrogenase / succinic semialdehyde reductase / glyoxylate metabolism / Geobacter sulfurreducens / dehydrogenase/reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

organic acid catabolic process / NAD binding / NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacter sulfurreducens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Zhang, Y. / Garavito, R.M.

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2014
タイトル: Structural characterization of a beta-hydroxyacid dehydrogenase from Geobacter sulfurreducens and Geobacter metallireducens with succinic semialdehyde reductase activity.
著者: Zhang, Y. / Zheng, Y. / Qin, L. / Wang, S. / Buchko, G.W. / Garavito, R.M.

履歴

登録	2010年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	3pdu_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	3pefC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pef-2 3pef-1 3q3c-1 3obb-1 2uyy-d 3wy9-d 5w3v-d 6sm7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

B: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

C: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

D: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

E: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

F: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

G: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

H: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

243 kDa, 8 ポリマー
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1

A: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

B: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

C: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

D: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 4 ポリマー
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2

E: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

E: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

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ヘテロ分子

G: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 4 ポリマー
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3

F: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

H: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
60.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	100.034, 182.070, 147.172
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-1196- HOH
2	1	C-1231- HOH

#1: タンパク質	3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein 分子量: 29544.082 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア) 遺伝子: GSU1372 / プラスミド: pLW01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q74DE4
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1809 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG8000, 12%, Sodium Cacodylate 100 mM, Sodium Acetate 200 mM, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→28.811 Å / Num. all: 214744 / Num. obs: 208482 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
AMoRE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→28.811 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.186	6262	3 %	Random
R_work	0.1501	-	-	-
all	0.1512	214744	-	-
obs	0.1512	208482	97.26 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.451 Å² / k_sol: 0.363 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.3436 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.7219 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6217 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→28.811 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16412	0	450	1809	18671

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	17209
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.07	23292
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.321	6309
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	2609
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3043

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.9575	0.2554	524	0.2108	16816	X-RAY DIFFRACTION	81
1.9575-2.0359	0.2336	604	0.1904	19014	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0359-2.1285	0.2112	628	0.1603	20378	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1285-2.2407	0.1847	655	0.1456	20568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2407-2.381	0.1873	608	0.1442	20742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.381-2.5648	0.186	611	0.146	20776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5648-2.8227	0.1984	711	0.1528	20650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8227-3.2306	0.1773	637	0.1494	20851	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2306-4.0684	0.1741	641	0.1347	20954	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0684-28.8141	0.1642	643	0.1403	21471	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2305	0.2131	0.113	0.6689	-0.3604	1.0917	-0.0621	0.0551	-0.0196	-0.0054	-0.1011	0.1003	-0.1224	0.2039	0.1173	0.1745	-0.0317	0.016	0.1902	0.0039	0.1489	3.9045	35.513	4.0168
2	0.7823	0.1236	0.3998	0.3635	0.1567	0.332	-0.0906	0.0268	0.1731	0.0831	-0.0619	-0.0965	-0.3687	0.1962	0.0882	0.232	-0.0551	-0.0129	0.2059	-0.0006	0.1652	6.7029	41.7417	3.5499
3	0.1944	0.0251	0.3025	0.7563	0.1477	0.7707	-0.0116	0.1522	-0.0097	-0.1451	0.0054	-0.0678	-0.0995	0.2839	0.0023	0.1544	-0.0342	0.0349	0.2135	-0.0129	0.154	8.1302	29.2384	-7.2175
4	0.4672	0.1671	0.6573	0.7615	-0.1142	1.279	0.0206	0.0213	-0.0784	0.0302	0.0071	-0.0533	-0.024	0.1474	-0.0204	0.1498	-0.0237	0.0036	0.1511	0.0016	0.1476	-0.0689	25.6536	4.1703
5	0.5505	-0.0079	0.1962	0.0363	-0.0738	0.2246	-0.1152	-0.068	-0.0444	0.1109	0.0706	0.0028	-0.1178	-0.0316	0.0175	0.2042	0.0165	0.0017	0.1234	-0.0024	0.1569	-18.5835	26.533	-4.6599
6	1.107	-0.2356	0.4585	0.7857	-0.0733	0.2669	0.1068	-0.4131	0.0405	0.2036	-0.0497	0.0211	-0.1171	-0.1858	-0.0512	0.2576	0.0504	0.0212	0.2062	-0.0191	0.1571	-28.1379	34.528	2.8764
7	0.2456	0.0722	0.3889	0.5433	0.0588	0.6619	0.026	0.0008	-0.0769	-0.0983	-0.0315	-0.0491	-0.1129	-0.0733	0.0009	0.1508	0.0065	0.0037	0.11	-0.0084	0.1105	-15.1066	28.7053	-13.4282
8	0.6094	0.0976	-0.0788	0.3603	0.1053	0.7391	-0.0143	-0.1499	0.239	-0.082	0.0769	-0.0273	-0.3773	-0.0242	-0.0605	0.2521	0.0185	0.0065	0.1122	0.0004	0.1442	-20.9136	40.5721	-10.7992
9	0.7409	-0.0822	0.357	0.5229	0.2753	0.4943	-0.0345	0.2806	-0.2608	-0.0782	0.051	-0.0203	0.0082	0.1134	-0.026	0.1837	0.0346	0.0312	0.2208	-0.0537	0.1851	1.46	14.9853	-48.3665
10	0.7718	0.4262	-1.0165	1.7417	0.1193	2.0374	0.0597	0.0404	-0.4637	0.0643	-0.0767	-0.3638	0.2898	0.5158	-0.0338	0.1885	0.091	0.0277	0.253	-0.0766	0.3682	7.5409	10.5939	-45.8891
11	0.5847	0.2164	0.0816	0.7027	0.2086	1.047	0.0807	-0.0675	0.0071	0.0273	-0.0339	-0.2174	-0.1315	0.37	-0.0499	0.1765	-0.0121	0.0195	0.243	-0.0166	0.2258	4.6077	23.6161	-36.4323
12	1.2975	-0.024	-0.5901	1.0645	0.2454	0.9766	0.1298	0.2991	0.0086	-0.2162	-0.0631	-0.1549	-0.1703	0.1555	-0.0752	0.2134	0.0141	0.0375	0.1929	-0.018	0.1552	-3.323	26.3623	-46.9697
13	0.433	-0.0642	-0.1083	0.1574	0.1469	0.1754	-0.0947	0.0732	0.0593	-0.231	0.0579	0.0311	0.0085	-0.011	0.0429	0.2296	0.0185	-0.0044	0.121	-0.008	0.1625	-20.0317	24.5305	-35.8053
14	1.0862	0.3299	-0.0462	0.102	-0.0502	0.4151	0.098	0.252	-0.3328	-0.0433	-0.0385	0.0693	0.0577	-0.1588	-0.0427	0.2241	0.023	-0.0385	0.1677	-0.0617	0.2138	-32.2592	15.2459	-41.8567
15	0.1829	-0.0455	-0.044	0.0432	0.0479	0.0393	0.0252	-0.0434	-0.007	0.0396	-0.0312	-0.0795	-0.0621	-0.0058	-0.0052	0.1612	0.0148	-0.006	0.1045	-0.0207	0.126	-15.7382	22.2607	-28.1467
16	0.4939	0.014	0.3974	0.0338	0.0112	0.3485	0.0847	-0.0862	-0.2407	0.1525	0.0451	-0.0513	0.2597	0.0396	-0.134	0.2159	0.0229	-0.0281	0.1214	-0.0287	0.2239	-21.6649	10.0202	-29.1568
17	0.1705	0.0382	0.2502	0.3242	0.0926	0.5022	-0.0908	-0.3771	-0.2708	0.0603	-0.0089	0.2028	0.0634	-0.3164	0.0448	0.2	0.0084	0.0417	0.3995	0.1145	0.2929	-53.4764	14.1664	9.5249
18	1.3354	0.0119	-0.7278	0.0109	-0.1495	2.2557	-0.0246	-0.0347	-1.1888	0.0609	-0.0979	0.1599	0.3109	-0.5891	0.1076	0.3596	-0.0583	0.0763	0.3915	0.1545	0.5682	-55.3597	5.6912	6.9502
19	0.4647	-0.545	-0.018	0.9115	-0.1936	0.7905	0.0616	0.0612	-0.2494	-0.0521	-0.0147	0.325	-0.0838	-0.5134	-0.0693	0.1485	0.039	0.0214	0.391	0.071	0.2942	-58.5699	21.1309	-1.8632
20	1.1314	0.0874	-0.4009	1.2477	-0.1749	0.9635	0.0408	-0.2312	-0.067	0.2645	-0.0005	0.1947	-0.1544	-0.1524	-0.0536	0.2401	0.0533	0.0633	0.284	0.0396	0.191	-47.2852	27.0663	5.4115
21	0.5188	0.4189	-0.1091	0.3623	-0.097	0.3125	0.0151	-0.0782	-0.2775	-0.0152	0.0296	0.0175	0.0541	-0.0327	-0.0317	0.2046	0.0039	-0.0156	0.1268	0.0288	0.1562	-22.1544	17.951	-7.0396
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10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 33:58)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 59:109)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 110:157)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 158:196)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 197:227)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 228:266)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 267:287)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 2:31)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 32:46)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain C and resid 47:111)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain C and resid 112:175)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 176:196)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 197:227)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 228:266)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 267:286)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain D and resid 1:19)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain D and resid 20:54)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain D and resid 55:111)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain D and resid 112:157)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain D and resid 158:193)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain D and resid 194:222)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain D and resid 223:268)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain D and resid 269:287)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain E and resid 1:19)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain E and resid 20:46)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain E and resid 47:111)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain E and resid 112:157)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain E and resid 158:193)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain E and resid 194:227)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain E and resid 228:268)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain E and resid 269:287)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain F and resid 2:30)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain F and resid 31:46)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain F and resid 47:111)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain F and resid 112:157)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain F and resid 158:193)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain F and resid 194:227)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain F and resid 228:282)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain F and resid 283:287)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain G and resid 3:24)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain G and resid 25:60)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain G and resid 61:79)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain G and resid 80:163)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain G and resid 164:197)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain G and resid 198:227)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain G and resid 228:267)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain G and resid 268:286)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain H and resid 2:30)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain H and resid 31:46)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain H and resid 47:106)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain H and resid 107:157)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	(chain H and resid 158:193)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	(chain H and resid 194:227)
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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