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- PDB-3pdk: crystal structure of phosphoglucosamine mutase from B. anthracis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pdk
タイトルcrystal structure of phosphoglucosamine mutase from B. anthracis
要素Phosphoglucosamine mutase
キーワードISOMERASE / 4-domain architecture / mixed a/b fold / phosphohexomutase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglucosamine mutase / phosphoglucosamine mutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoglucosamine mutase, bacterial type / : / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III ...Phosphoglucosamine mutase, bacterial type / : / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain II / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain III / Alpha-D-phosphohexomutase, conserved site / Phosphoglucomutase and phosphomannomutase phosphoserine signature. / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain I / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha I/II/III / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain superfamily / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain I / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Phosphoglucosamine mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Mehra-Chaudhary, R. / Mick, J. / Tanner, J.J. / Henzl, M. / Beamer, L.J.
引用
ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Bacillus anthracis Phosphoglucosamine Mutase, an Enzyme in the Peptidoglycan Biosynthetic Pathway.
著者: Mehra-Chaudhary, R. / Mick, J. / Beamer, L.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Crystallization and initial crystallographic analysis of phosphoglucosamine mutase from Bacillus anthracis.
著者: Mehra-Chaudhary, R. / Neace, C.E. / Beamer, L.J.
履歴
登録2010年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoglucosamine mutase
B: Phosphoglucosamine mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,80810
ポリマ－102,0482
非ポリマー7608
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area33030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.064, 86.064, 266.844
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

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要素

#1: タンパク質 Phosphoglucosamine mutase


分子量: 51023.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: BAS0158, BA_0157, GBAA_0157, glmM / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81VN7, phosphoglucosamine mutase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate, 2.0 M Na/K phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→89.09 Å / Num. obs: 32427 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.83 % / Biso Wilson estimate: 93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.01 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3157 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2F7L

2f7l


解像度: 2.7→43.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 34.546 / SU ML: 0.301 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28052 1626 5.1 %RANDOM
Rwork0.21438 ---
all0.21759 32427 --
obs0.21759 30462 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 85.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.35 Å22.17 Å20 Å2
2--4.35 Å20 Å2
3----6.52 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.497 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6435 0 40 17 6492
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226561
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8651.9798912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3575887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.33325.486257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.546151028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7481524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.21043
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5251.54372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98726922
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.88432189
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0364.51990
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1468medium positional0.320.5
B1195loose positional0.575
A1468medium thermal0.662
B1195loose thermal0.9510
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.452 122 -
Rwork0.362 2234 -
obs--99.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.64284.42081.25088.10811.58145.31290.3768-0.47940.54781.0027-0.21030.2347-0.0893-0.1854-0.16650.44360.03440.0230.0554-0.04030.098816.9826-5.202927.9405
21.00521.2253-0.25185.7709-1.5663.5459-0.06250.02-0.02440.12370.038-0.05130.21130.00510.02450.2302-0.03820.04410.011-0.01940.048419.7122-21.641231.9711
32.13141.4632-1.12226.07820.05663.56240.1473-0.34620.07841.0722-0.16140.26830.0370.02450.01410.6581-0.08060.05710.08250.00290.089716.8955-25.919553.2541
411.06953.0201-2.529310.0762-2.6251.04280.47740.90710.7401-1.0946-0.5288-0.8546-0.0732-0.05110.05131.16110.20890.40110.25090.18730.3895-5.6709-12.765357.4923
511.73051.5733-1.31623.6551-1.8453.4544-0.06371.38530.3522-0.83430.38890.5938-0.9161-0.5805-0.32520.90080.1115-0.11760.23550.06190.1114.82-5.66955.7937
64.0338-0.3894-3.27111.23890.44785.2827-0.22140.0571-0.1829-0.2320.0528-0.00450.2724-0.05740.16860.3884-0.0910.00670.09060.02020.109526.9121-16.45920.5951
73.9358-0.46140.66642.6493-1.89852.7322-0.4020.37430.0199-0.63370.2345-0.10950.4962-0.0940.16750.5253-0.29020.09760.2253-0.08370.118532.0685-13.8157-20.8681
827.3989-1.6066-16.96146.59982.660915.44591.3367-1.4983.97940.57090.22820.362-1.06310.0223-1.56490.4117-0.18950.16650.4739-0.31640.854636.143710.641-15.1181
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2A42 - 241
3X-RAY DIFFRACTION3A242 - 369
4X-RAY DIFFRACTION4A370 - 446
5X-RAY DIFFRACTION5B3 - 41
6X-RAY DIFFRACTION6B42 - 242
7X-RAY DIFFRACTION7B243 - 369
8X-RAY DIFFRACTION8B370 - 446

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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