PDB-3pby: Crystal structure of the mutant L123S of orotidine 5'-monophospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pby

タイトル

Crystal structure of the mutant L123S of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 6-azauridine 5'-monophosphate

要素

Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / tim barrel / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / 6-azauridine 5'-monophosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanobacterium thermoautotrophicum (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Iiams, V. / Wood, B.M. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site.
著者: Iiams, V. / Desai, B.J. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2010年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月12日	Group: Database references
改定 1.2	2011年10月19日	Group: Database references
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pby.cif.gz	107.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pby.ent.gz	81.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pby.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pby_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pby_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3pby_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	3pby_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/3pby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/3pby	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nqcC 3nqdC 3nqeC 3nqfC 3nqgC 3nqmC 3pbuC 3pbvC 3pbwC 3pc0C 3g18S 3lhw 3ltp 3lts 3lty 3lv5 3lv6 3nq6 3nq7 3nqa 3p5y 3p5z 3p60 3p61 3siz 3sy5 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nqf-d 3p60-d 3g1d-d 3lhz-d 3m1z-d 3g1h-6 3wjy-1 3lhv-2 3lhw-d 3qez-d 3lhy-d 4lc8-d 3g1f-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.768, 64.046, 61.611
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24858.617 Da / 分子数: 2 / 変異: R101P, L123S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanobacterium thermoautotrophicum (古細菌) 株: Delta H / 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-UP6 / 6-AZA URIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / 6-AZA-UMP / 6-アザウリジン5′-りん酸分子量: 325.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₂N₃O₉P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 8000, 0.1M Sodium cacodilate, 0.2M magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月7日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→32.376 Å / Num. all: 97097 / Num. obs: 97097 / % possible obs: 94.29 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3G18

3g18

解像度: 1.3→32.376 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1688	4858	5 %	RANDOM
R_work	0.1602	-	-	-
all	0.1606	97097	-	-
obs	0.1606	97097	94.29 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.706 Å² / k_sol: 0.402 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.2492 Å²	-0 Å²	-2.0899 Å²
2-	-	2.1495 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.0997 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→32.376 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3311	0	48	419	3778

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3523
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.125	4776
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.75	1366
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	539
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	635

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3001-1.3149	0.2389	106	0.2294	1828	X-RAY DIFFRACTION	57
1.3149-1.3303	0.265	98	0.23	2073	X-RAY DIFFRACTION	63
1.3303-1.3466	0.2338	122	0.2255	2220	X-RAY DIFFRACTION	69
1.3466-1.3636	0.2344	129	0.2148	2409	X-RAY DIFFRACTION	74
1.3636-1.3815	0.2313	139	0.2015	2588	X-RAY DIFFRACTION	81
1.3815-1.4005	0.206	128	0.1972	2897	X-RAY DIFFRACTION	88
1.4005-1.4205	0.2087	164	0.1908	3176	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4205-1.4417	0.195	184	0.1766	3240	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4417-1.4642	0.209	178	0.1686	3260	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4642-1.4882	0.1655	152	0.1662	3249	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4882-1.5139	0.1931	162	0.1585	3239	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5139-1.5414	0.1919	164	0.16	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5414-1.5711	0.1525	201	0.1559	3213	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5711-1.6031	0.1733	172	0.1528	3209	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6031-1.638	0.1808	180	0.1444	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
1.638-1.6761	0.1592	160	0.146	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6761-1.718	0.1607	183	0.1492	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
1.718-1.7644	0.1871	148	0.1509	3272	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7644-1.8164	0.1764	168	0.1506	3273	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8164-1.875	0.1551	162	0.1512	3241	X-RAY DIFFRACTION	100
1.875-1.942	0.1599	150	0.146	3302	X-RAY DIFFRACTION	100
1.942-2.0197	0.1505	184	0.1462	3243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0197-2.1116	0.1734	183	0.1474	3252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1116-2.2229	0.1533	184	0.1463	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2229-2.3622	0.1605	193	0.1504	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3622-2.5445	0.1759	153	0.1517	3290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5445-2.8004	0.1794	189	0.1571	3269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8004-3.2053	0.1611	178	0.1563	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2053-4.0372	0.131	171	0.1409	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0372-32.3859	0.1426	173	0.1625	3342	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)