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- PDB-3pbl: Structure of the human dopamine D3 receptor in complex with eticl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pbl
タイトルStructure of the human dopamine D3 receptor in complex with eticlopride
要素D(3) dopamine receptor, Lysozyme chimera
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Structural Genomics / PSI-2 / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure / ATCG3D / 7TM / G protein-coupled receptor / GPCR / GPCR Network / Signal transduction / Hydrolase / eticlopride / dopamine / neurotransmitter / chimera / T4L fusion / Membrane protein / transmembrane / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


musculoskeletal movement, spinal reflex action / acid secretion / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gi/Go / response to histamine / regulation of potassium ion transport / Dopamine receptors / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / positive regulation of dopamine receptor signaling pathway / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway ...musculoskeletal movement, spinal reflex action / acid secretion / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gi/Go / response to histamine / regulation of potassium ion transport / Dopamine receptors / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / positive regulation of dopamine receptor signaling pathway / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / G protein-coupled receptor internalization / response to morphine / arachidonic acid secretion / dopamine metabolic process / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of dopamine secretion / positive regulation of cytokinesis / social behavior / behavioral response to cocaine / negative regulation of protein secretion / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / prepulse inhibition / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / viral release from host cell by cytolysis / negative regulation of blood pressure / positive regulation of mitotic nuclear division / peptidoglycan catabolic process / response to cocaine / learning / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / circadian regulation of gene expression / visual learning / intracellular calcium ion homeostasis / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / G alpha (i) signalling events / host cell cytoplasm / learning or memory / defense response to bacterium / response to xenobiotic stimulus / G protein-coupled receptor signaling pathway / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dopamine D3 receptor / Dopamine receptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme ...Dopamine D3 receptor / Dopamine receptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Chem-ETQ / Endolysin / D(3) dopamine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Chien, E.Y.T. / Liu, W. / Han, G.W. / Katritch, V. / Zhao, Q. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure (ATCG3D) / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Structure of the human dopamine d3 receptor in complex with a d2/d3 selective antagonist.
著者: Chien, E.Y. / Liu, W. / Zhao, Q. / Katritch, V. / Han, G.W. / Hanson, M.A. / Shi, L. / Newman, A.H. / Javitch, J.A. / Cherezov, V. / Stevens, R.C.
履歴
登録2010年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月9日Group: Structure summary
改定 1.32017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D(3) dopamine receptor, Lysozyme chimera
B: D(3) dopamine receptor, Lysozyme chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,6726
ポリマ－107,3062
非ポリマー1,3664
水00
1
A: D(3) dopamine receptor, Lysozyme chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3363
ポリマ－53,6531
非ポリマー6832
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: D(3) dopamine receptor, Lysozyme chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3363
ポリマ－53,6531
非ポリマー6832
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.828, 92.492, 176.116
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

-
要素

#1: タンパク質 D(3) dopamine receptor, Lysozyme chimera / Dopamine D3 receptor / Endolysin / Lysis protein / Muramidase


分子量: 53653.047 Da / 分子数: 2 / 変異: L119W, C1054T, C1097A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: DRD3, E
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P35462, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ETQ / 3-chloro-5-ethyl-N-{[(2S)-1-ethylpyrrolidin-2-yl]methyl}-6-hydroxy-2-methoxybenzamide / エチクロプリド


分子量: 340.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H25ClN2O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 45

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5
詳細: Lipidic cubic phase made of monoolein and 10% cholesterol, 30% PEG400, 300mM Ammonium acetate, 2% glucose, 100mM bis tris propane pH 7.5, 1mM eticlopride, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 26229 / % possible obs: 78.5 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 48.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Rsym value: 0.99 / % possible all: 32.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RH1

2rh1


解像度: 2.89→36.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8548 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2716 1318 5.1 %RANDOM
Rwork0.2432 ---
obs0.2447 25845 --
原子変位パラメータBiso mean: 76.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4913 Å20 Å20 Å2
2--0.7412 Å20 Å2
3---2.7501 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.586 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→36.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6695 0 92 0 6787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00969412
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0894622
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d22952
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1192
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes10115
X-RAY DIFFRACTIONt_it684520
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.55
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion9275
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact83304
LS精密化 シェル解像度: 2.89→3.01 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2864 48 4.23 %
Rwork0.2678 1088 -
all0.2685 1136 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.09410.46071.68582.724-0.06967.39320.0612-0.0288-0.09250.0731-0.0412-0.17580.54420.0957-0.02-0.09930.0363-0.056-0.03530.0918-0.20784.7976-14.0348-1.9304
22.08892.7453-0.56268.31542.41526.4425-0.18290.1327-0.1822-0.24880.2827-0.1628-0.0561-0.326-0.0998-0.13370.0088-0.0413-0.2610.0498-0.29385.50734.2583-43.7494
31.7410.58412.52636.4693-0.45863.4020.0521-0.2087-0.2072-0.0863-0.03910.1340.1772-0.0594-0.01290.2148-0.152-0.1520.11780.1243-0.1288-3.4354-20.3907-4.2989
42.6235-1.1982-1.67673.60531.49726.7173-0.0085-0.09290.31280.01840.0959-0.241-0.46410.1454-0.0874-0.2539-0.0591-0.0035-0.00160.0093-0.19276.332412.51492.5559
58.3154-0.69741.42485.89790.56416.8090.0102-0.3413-0.45340.13620.0312-0.04260.54420.2359-0.04130.04890.1063-0.0897-0.0127-0.1274-0.0989-13.662819.801148.5178
64.0113-0.0541-2.91046.84930.27891.78390.0376-0.13480.3897-0.0097-0.0395-0.1295-0.19380.09340.00190.26350.03930.0641-0.02720.0032-0.12114.491622.90233.4233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|32 - A|221 }A32 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1002 - A|1161 }A1002 - 1161
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|319 - A|400 }A319 - 400
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|32 - B|221 }B32 - 221
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|1002 - B|1161 }B1002 - 1161
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|319 - B|400 }B319 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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