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万見
- PDB-3p9t: SmeT-Triclosan complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p9t
タイトルSmeT-Triclosan complex
要素Repressor
キーワードTRANSCRIPTION/ANTIBIOTIC / Transcription Repressor / antibacterial / antifungal / TRANSCRIPTION-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator MAATS, C-terminal / MAATS-type transcriptional repressor, C-terminal region / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily ...Transcription regulator MAATS, C-terminal / MAATS-type transcriptional repressor, C-terminal region / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRICLOSAN / Repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Hernandez, A. / Ruiz, F.M. / Romero, A. / Martinez, J.L.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: The Binding of Triclosan to SmeT, the Repressor of the Multidrug Efflux Pump SmeDEF, Induces Antibiotic Resistance in Stenotrophomonas maltophilia.
著者: Hernandez, A. / Ruiz, F.M. / Romero, A. / Martinez, J.L.
履歴
登録2010年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Repressor
B: Repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0646
ポリマ－49,2932
非ポリマー7714
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.216, 59.310, 84.583
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Repressor


分子量: 24646.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
遺伝子: smeT / プラスミド: pTYB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q8KLP4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TCL / TRICLOSAN / トリクロサン


分子量: 289.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H7Cl3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 175 mM Li2SO4, 100 mM Tris pH 8.5, 27% v/v PEG MME 2K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月27日
放射モノクロメーター: horizontally side diffracting Silicon 111 crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→48.15 Å / Num. obs: 35800 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.02→2.13 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 5179 / Rsym value: 0.57 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2W53

2w53


解像度: 2.02→82.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 10.787 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25097 1792 5 %RANDOM
Rwork0.20473 ---
obs0.20713 33993 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.697 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.85 Å20 Å20.47 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3---2.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→82.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3307 0 44 225 3576
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0213460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8391.9834679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3765436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.5322.515163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.91415627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6551543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6251.52128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19823418
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.49531332
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0494.51255
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.072 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 114 -
Rwork0.274 2518 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.92290.12720.46131.6893-1.16213.26870.10950.08920.4084-0.0696-0.04710.01360.0091-0.0423-0.06240.31540.01150.03560.32260.04680.09462.098-7.240.732
21.07450.04690.58010.93780.12352.37110.113-0.2443-0.06040.0947-0.0942-0.15560.45010.1636-0.01880.38360.01050.00090.34960.0170.0708-19.625-2.95132.945
32.09240.6175-0.17621.36330.26752.9260.0891-0.09220.04650.1117-0.0733-0.00230.0678-0.3107-0.01580.3242-0.02350.00160.3581-0.01550.0161-29.3822.49826.56
414.0582-2.8875-1.46411.82680.50482.6256-0.5006-1.06050.1668-0.04030.3888-0.2623-0.04950.29810.11190.28520.14350.0180.7336-0.1420.20534.851-6.4614.929
51.5287-0.95750.48932.4768-0.43711.70660.13380.12320.1837-0.1304-0.1184-0.4569-0.01270.41-0.01540.305-0.00970.03360.3350.00090.1226-16.4623.0656.39
62.1879-1.23160.95675.14790.51053.39480.05850.0418-0.095-0.04540.1213-0.01120.12870.0764-0.17980.2946-0.02270.00610.2799-0.02540.0126-26.636-0.04311.103
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2A66 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3A142 - 218
4X-RAY DIFFRACTION4B10 - 69
5X-RAY DIFFRACTION5B70 - 153
6X-RAY DIFFRACTION6B154 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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