PDB-3bhq: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGUL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bhq

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (MLR_4833) FROM MESORHIZOBIUM LOTI MAFF303099 AT 1.54 A RESOLUTION

要素

Transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / PUTATIVE TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / BACTERIAL REGULATORY PROTEINS / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2 / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mesorhizobium loti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of TetR-family transcriptional regulator (NP_105615.1) from Mesorhizobium loti at 1.54 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bhq.cif.gz	108.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bhq.ent.gz	83.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bhq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/3bhq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/3bhq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3dpj-3 3dpj-1 3dpj-4 3dpj-2 6hnx-1 3p9t-d 6r1p-1 6g8h-2 5myw-1 6hod-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 379524

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator

B: Transcriptional regulator

ヘテロ分子

48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.534, 64.221, 142.613
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Transcriptional regulator 分子量: 23864.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / 株: MAFF303099 / 遺伝子: NP_105615.1, mlr4833 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q98D70
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	REMARK 999 SEQUENCE: THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION REMARK 999 TAG ...REMARK 999 SEQUENCE: THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION REMARK 999 TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE REMARK 999 LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: NANODROP, 1.0M LiCl, 10.0% PEG 6000, 0.1M Citrate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.91840, 0.97953

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月26日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9184	1
2	0.97953	1

反射

解像度: 1.54→29.841 Å / Num. obs: 74962 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 18.884 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 3.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.54-1.58	3.7	0.546	1.4	20194	5496	0.546	100
1.58-1.62	3.7	0.45	1.6	19630	5341	0.45	100
1.62-1.67	3.7	0.375	2	19106	5183	0.375	100
1.67-1.72	3.7	0.324	2.3	18628	5057	0.324	100
1.72-1.78	3.7	0.265	2.7	18061	4902	0.265	100
1.78-1.84	3.7	0.233	3.1	17488	4758	0.233	100
1.84-1.91	3.7	0.194	3.6	16764	4576	0.194	100
1.91-1.99	3.7	0.16	4.2	16147	4403	0.16	100
1.99-2.08	3.7	0.124	5.4	15615	4253	0.124	100
2.08-2.18	4.8	0.126	5.2	19399	4074	0.126	100
2.18-2.3	6.3	0.123	5.4	24621	3879	0.123	100
2.3-2.43	7.3	0.12	5.4	26660	3665	0.12	100
2.43-2.6	7.3	0.116	5.5	25218	3460	0.116	100
2.6-2.81	7.3	0.107	5.8	23565	3237	0.107	100
2.81-3.08	7.3	0.095	6.4	21624	2980	0.095	100
3.08-3.44	7.3	0.081	7.3	19793	2710	0.081	99.9
3.44-3.98	7.3	0.066	8.5	17653	2412	0.066	99.8
3.98-4.87	7.2	0.067	7.1	14829	2056	0.067	99.6
4.87-6.89	7.1	0.067	8.3	11387	1606	0.067	99
6.89-29.841	6.7	0.082	5	6088	914	0.082	96.5

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.54→29.841 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 2.789 / SU ML: 0.049 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.07
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.194	3774	5 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
obs	0.174	74864	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.285 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.85 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→29.841 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3130	0	59	435	3624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	3442
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.572	1.971	4653
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.472	3	5934
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.307	5	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.512	23.158	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.918	15	645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.722	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	534
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3839
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	726
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	742
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.143	0.2	2432
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.076	0.2	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.135	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.169	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.103	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.179	3	2421
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.437	3	865
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.534	5	3405
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.886	8	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.687	11	1216

LS精密化シェル

解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	236	-
R_work	0.249	5253	-
all	-	5489	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3483	0.3793	-0.3539	0.3357	-0.01	0.3269	0.0148	0.0924	0.0819	0.0137	0.0328	0.0142	-0.0994	-0.1163	-0.0476	-0.0401	0.0116	0.0165	-0.0163	-0.0096	-0.0561	37.1148	21.5177	21.6754
2	0.4086	0.1876	-0.2821	0.9	-0.245	0.628	-0.0148	0.0041	-0.0561	0.0309	-0.0114	0.0645	0.0925	0.0551	0.0263	-0.0682	-0.0077	0.0157	-0.0833	-0.0001	-0.0742	54.5046	3.5509	16.8833

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 207	7 - 208
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	6 - 207	7 - 208

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)