PDB-6wah: Crystal Structure of SmcR L139R from Vibrio vulnificus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wah

タイトル

Crystal Structure of SmcR L139R from Vibrio vulnificus

要素

LuxR family transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / quorum-sensing / transcription factor / DNA-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Newman, J.D. / Russell, M.M. / Gonzalez-Gutierrez, G. / van Kessel, J.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: The DNA binding domain of the Vibrio vulnificus SmcR transcription factor is flexible and binds diverse DNA sequences.
著者: Newman, J.D. / Russell, M.M. / Fan, L. / Wang, Y.X. / Gonzalez-Gutierrez, G. / van Kessel, J.C.

履歴

登録	2020年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月30日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wah.cif.gz	342.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wah.ent.gz	281 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wah.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wah	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6waeC 6wafC 6wagC 6waiC 3kz9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wai-2 6wag-2 3kz9-2 6wag-1 5x3r-2 5x3r-1 6wai-1 6waf-d 1t33-d 3on4-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LuxR family transcriptional regulator

B: LuxR family transcriptional regulator

C: LuxR family transcriptional regulator

D: LuxR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LuxR family transcriptional regulator

B: LuxR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: LuxR family transcriptional regulator

D: LuxR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.971, 98.998, 129.106
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	LuxR family transcriptional regulator / SmcR / SmcR-like protein / TetR/AcrR family transcriptional regulator / VvpR 分子量: 25961.398 Da / 分子数: 4 / 変異: L139R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) 遺伝子: smcR, vvpR, CRN32_08135, CRN52_17705, D8T54_02235, D8T65_23975, JS86_16400 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L8G8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M of Lithium Sulfate, 0.1 M Imidazole buffer pH 7.6-8 and 6-10% PEG3350 PH範囲: 7.6 - 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→46.22 Å / Num. obs: 33302 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.98 / R_pim(I) all: 0.155 / R_rim(I) all: 0.373 / R_sym value: 0.315 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.55→2.63 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4024 / CC_1/2: 0.786 / R_pim(I) all: 0.588 / R_rim(I) all: 1.512 / R_sym value: 1.265 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15_3459: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3kz9

3kz9

解像度: 2.55→46.218 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.75

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3031	1566	4.74 %
R_work	0.228	-	-
obs	0.2315	33033	99.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→46.218 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6550	0	13	161	6724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6690
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.856	9068
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.024	3144
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1019
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1181

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5501-2.6324	0.3734	147	0.311	2738	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6324-2.7265	0.355	145	0.2853	2777	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7265-2.8356	0.3363	147	0.2671	2807	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8356-2.9646	0.367	137	0.2625	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9646-3.1209	0.348	145	0.258	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1209-3.3164	0.3595	126	0.2354	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3164-3.5724	0.3282	142	0.2235	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5724-3.9317	0.2663	138	0.2095	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9317-4.5002	0.2599	147	0.1853	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5002-5.6682	0.2524	142	0.2042	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6682-46.218	0.2786	150	0.2189	3049	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5347	2.9601	0.5822	3.5981	0.306	1.1888	0.238	-0.6129	0.0678	0.1316	-0.6442	-0.218	-0.1272	0.1036	0.2762	0.392	-0.0253	-0.0724	0.471	-0.0181	0.4315	34.1249	24.5331	-1.5022
2	2.4758	0.0983	0.5474	1.8588	0.8343	2.5414	0.0129	0.056	0.1725	0.0829	-0.058	0.1299	-0.1372	-0.1955	0.0267	0.2545	0.0636	-0.0143	0.4174	-0.0471	0.2749	17.1677	8.4581	-13.0424
3	1.6645	0.7827	-0.4001	1.6948	-0.7971	2.2937	0.4618	0.1272	0.4114	0.5556	-0.0454	-0.5471	-0.2455	-0.0746	-0.2084	0.688	0.3736	0.1126	0.1799	0.2784	0.6227	59.8093	-2.6104	-11.5944
4	8.9653	-2.7973	-1.1708	5.1508	-0.5457	3.5301	-0.6728	-0.7489	-0.1324	0.1547	0.5115	0.2588	-0.1416	-0.7974	0.0987	0.2787	-0.0351	-0.0434	0.5795	-0.0316	0.3133	53.034	-0.4943	-18.0099
5	3.251	2.1681	-0.6682	3.0806	-2.0025	5.676	0.0734	0.3669	0.9187	0.3074	-0.2149	-0.0494	-0.9043	0.297	0.2967	0.3331	0.0945	-0.0253	0.7334	0.0255	0.4987	57.4896	7.0393	-17.2315
6	4.4706	2.2645	0.0689	4.896	1.1582	2.691	-0.2543	0.9237	-0.0832	-0.4079	0.4203	-0.3751	0.1726	0.3921	-0.1833	0.2417	0.0658	0.0159	0.7973	0.0271	0.3202	43.5289	0.1709	-26.7719
7	0.1829	-0.5234	-0.6548	2.252	0.3846	5.7484	0.1602	0.0761	0.0458	-0.1904	-0.0113	0.3873	0.7683	-0.8324	-0.0993	0.3071	0.0281	0.0085	0.5375	0.0914	0.4049	27.6295	-10.7326	-24.2868
8	4.0192	-0.251	-0.0348	1.9258	0.22	2.8318	-0.0177	-0.3851	0.5889	0.0294	0.0911	-0.0777	-0.0923	0.5857	-0.105	0.2464	0.0355	0.0187	0.8102	0.0035	0.3354	38.2456	5.6588	-21.8189
9	9.1008	0.0204	0.9854	1.7397	-0.2401	2.5544	0.322	1.1307	-0.3895	0.2691	-0.1458	0.1114	-0.1751	-0.6295	-0.2706	0.3714	0.0158	0.0061	0.5471	-0.0383	0.2746	26.3291	-1.6179	-34.5503
10	3.2177	-0.6712	3.3304	1.02	-1.5786	5.568	0.096	0.0892	-0.0936	-0.1981	-0.0758	0.1579	0.6448	-0.4475	0.0593	0.3356	0.0493	-0.0141	0.4877	0.0594	0.3002	22.2816	0.5506	-25.3695
11	3.2261	1.8178	2.4646	3.0306	1.9583	4.9033	0.0508	-0.3621	-0.6138	-0.1757	0.0994	-0.3939	-0.1504	-0.5667	-0.1826	0.3639	-0.1664	-0.007	0.4122	-0.0018	0.3033	24.1671	-7.5483	-11.795
12	2.401	0.3753	-0.93	8.7983	0.1867	0.3785	0.2225	0.515	-0.6372	-1.3497	0.5254	0.6231	0.1457	-0.3666	-0.4582	0.5446	0.0301	-0.1405	0.6402	-0.2075	0.5036	12.1748	-9.0232	-28.7492
13	2.7897	0.7262	1.1888	2.9002	0.8411	2.3479	0.0034	-0.5723	0.058	-0.2246	0.092	-0.0782	-0.2168	-0.4346	-0.1088	0.4238	-0.119	-0.0582	0.5542	-0.0796	0.4116	20.12	-23.8037	0.2845
14	2.7686	0.2344	0.1971	1.8915	0.1224	2.9977	-0.0013	0.2245	0.0483	0.092	-0.0371	0.0303	-0.2124	-0.029	0.0305	0.2431	-0.0087	0.0191	0.1849	-0.0622	0.2167	0.2104	-40.4152	-10.2742
15	3.4319	0.3923	-1.4219	2.2992	1.1482	4.3806	-0.1653	-1.7333	0.708	0.3203	0.4549	-0.3416	-0.1063	0.1558	-0.2923	0.3749	-0.0039	-0.0259	0.8099	-0.1449	0.4576	38.5997	-48.7079	-15.7791
16	3.7889	-0.8699	-0.0651	1.6961	-0.6383	2.9834	-0.0244	0.2753	-0.0228	-0.0088	0.1048	-0.1985	0.1501	0.4661	-0.0314	0.2938	0.0268	0.0567	0.3845	-0.0235	0.2394	16.8374	-51.18	-25.0492
17	2.9122	0.4446	0.1978	1.7949	-0.9485	2.1823	-0.0744	-0.1596	-0.2016	-0.082	0.0054	0.0113	0.1751	-0.0499	0.1127	0.3143	-0.0158	0.0529	0.3741	-0.1032	0.2717	3.3279	-53.7567	-20.586

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 82 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 83 through 205 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 2 through 13 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 14 through 32 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 33 through 59 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 60 through 82 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 83 through 105 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 106 through 133 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 134 through 149 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 150 through 177 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 178 through 196 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 197 through 203 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 3 through 59 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 60 through 205 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 5 through 59 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 60 through 149 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 150 through 203 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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